가. 원고의 과세면세사업 겸영 1) 원고는 1984. 5. 18. 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률과 서울특별시 농수산물도매시장 조례에 따라 설립된 지방공사로서 가락시장(소재지 : 서울 송파구 가락동 600 일대), 서울친환경유통센터, 강서시장, 양곡시장 등의 사업장을 운영하고 있다. 2) 원고는 위 가락시장 사업장(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)에서 조세특례제한법제106조 제1항 제6호, 같은 법률 시행령 제106조 제7항 제21호, 제8항, 같은 법률 시행규칙 제48조 제1항 및 별표 10 제21호에 따라 부가가치세가 면세되는 도매시장관리사업 및 그 부대사업(이하 ‘면세사업’이라 한다)과 임대업, 주차장업 등의 과세사업(이하 ‘과세사업’이라 한다)을 겸영하고 있다.

나. 가락시장 현대화 사업 1) 원고는 2010. 7. 1. 서울특별시장으로부터 도시계획시설(시장) 사업시행자로 지정받고(서울특별시 고시 제2010-246호), 그 무렵 이 사건 사업장에서 ‘가락시장 현대화 사업’을 3단계로 나누어 시행하는 내용의 자체 계획을 입안하였다. 2) 위 자체 계획은 이 사건 사업장 중 아래 각 해당 부지에서 1단계(기간 : 2011년 ~ 2013년, 부지 : 30,389.16㎡), 2단계(기간 : 2013년 ~ 2015년, 부지 : 77,424.50㎡), 3단계(기간 : 2015년 ~ 2018년, 부지 : 155,328.54㎡)로 나누어 판매동, 관리업무동, 청과동으로 사용할 건물 등을 신축하는 것을 내용으로 하고 있고, 총 예정사용면적은 405,597.02㎡, 면세사업에 관련된 예정사용면적은 144,868.99㎡이다.

- 단계별 사업부지 - 3) 원고는 위 자체 계획 수립 후 서울특별시장에게 ‘가락시장 현대화 사업’ 중 1단계 사업에 관하여 사업 실시 계획 인가 신청을 하여 2011. 2. 17. 인가 결정을 받았다(서울특별시 고시 제2011-47호). 4)...

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