가. 청구법인은 2005년 제2기, 2006년 제1기 및 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 공급대가 967,846천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서를 교부받아 부가가치세 및 법인세를 신고하였다가, 2007.6.11. 위 공급가액을 익금산입하고 사내유보로 처분한 후 법인세 과세표준을 수정신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 가공매입분인 쟁점금액을 회수하지 아니한 것으로 보아 쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였고, 청구법인이 근로소득세를 원천징수 납부하지 아니함에 따라 「소득세법」제85조 제3항의 규정에 의하여 2008.6.12. 청구법인에게 2006년 귀속 원천징수분 근로소득세 318,336,100원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.11. 이의신청을 거쳐 2008.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 과세전적부심사청구시 사외유출된 쟁점금액 967,846천원을 2007.1.12.부터 2007.6.22.까지 전액 회수한 것으로 소명하였다가, 이를 다시 2006.1.16.부터 2006.10.16.까지 532,186천원, 2007.1.12.부터 2007.5.25.까지 435,660천원을 회수한 것으로 달리 소명하였던 것은 당시 청구법인이 사외유출로 인한 대표자 상여처분을 면하기 위하여는 쟁점금액(967,846천원) 전액을 청구법인의 통장에 입금하여야 하는 것으로 잘못 알고 2007.1.12.부터 같은 해 6월말까지 쟁점금액 상당액을 회수하여 수정신고하였기 때문이며, 청구법인은 사외유출된 쟁점금액을 처분청의 경정이 있을 것을 안 시점(2007.5.31.) 이전에 모두 회수하였고, 회수한 쟁점금액 중 532,186천원(OOO은 2006년에 대표이사인 이OOO이 OOO로부터 반환받아 이 중 424,000천원은 청구법인의 통장에 입금하였고, 108,186천원은 현금으로 유입(대표이사 가지급금 변제처리)하여 모두 청구법인의 업무에 사용하였으며, 쟁점금액 중 나머지 435,660천원은 2006년말에 법인자금을 지출함이 없이 현금으로 변제처리함에 따라 법인에 현금잉여액이 발생하여 우선 대표이사 일시가수금으로 처리하고 2007년에 대표이사 이OOO이 청구법인의 통장에 입금하여 이를 인출함이 없이 청구법인의 업무에 사용하였으므로 청구법인이 쟁점금액을 회수하지 아니한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분하여 과세한 이 건 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 과세전적부심사청구시 사외유출된 쟁점금액을 2007.1.12.부터 2007.6.22.까지 전액 회수하였다고 소명하였다가, 다시 2006.1.16.부터 2006.10.16.까지 532,186천원, 2007.1.12.부터 2007.5.25.까지 435,660천원으로 나누어 회수하였다고 주장하는 등 쟁점금액을 실제 회수하였다는 청구주장에 대하여 그 신뢰성을 인정하기 어려우며, 「법인세법 시행령」제106조 제4항에 의하면, 법인이 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알기 전에 사외유출된 금액의 회수 및 수정신고를 모두 완료하여야만 사내유보 처분이 가능한 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인의 수정신고는 2007.5.30. OOO세무서장으로부터 과세자료 소명 안내문을 수령한 날 이후인 2007.6.11.에 접수되었으므로 쟁점금액에 대하여 사내유보 처분을 인정하지 아니하고 대표자 상여로 소득처분하여 근로소득세를 부과한 이 건 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 가공매입액인 쟁점금액을 익금산입하여 법인세를 수정신고한 것과 관련하여, 쟁점금액이 회수되지 아니한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

④ 내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 아래 <표1>와 같이 쟁점금액에 대한 회수내역을 제시하고 있는 바, 쟁점금액 967,846천원 중 2006년에 OOO에 송금한 금액으로 장부상 가지급금으로 처리한 금액 532,186천원은 2006년 청구법인의 통장에 ‘현금’으로 기재되어 입금된 176,000천원, 청구법인의 대표자OOO 명의로 입금된 248,000천원 및 금융증빙 없는 현금유입 108,186천원 등으로 회수한 것으로 나타나고, 쟁점금액 중 나머지 가수금으로 처리한 435,660천원에 대하여는 2007년 청구법인의 대표자가 청구법인의 통장에 입금하여 회수한 것으로 이 건 심리자료에 나타난다.

OOO

(2) 상기 쟁점금액의 회수내역과 관련하여 청구법인은 2006년에 회수한 532,186천원에 대하여 동 금액을 가지급금으로 회계처리한 후 대표자가 이를 회수하여 청구법인 통장에 입금하였다며 가지급금 원장 및 청구법인의 통장사본을 제출하였으며, 처분청은 이에 대하여상기 회수금액 532,186천원 중 현금입금액 176,000천원 및 현금유입액 108,186천원, 합계 284,186천원에 대하여 청구법인의 대표자OOO로부터 이를 회수하였는지 여부가 가지급금 원장 외에 객관적인 증빙에 의하여 입증되지 아니한다는 의견을 제시하고 있다.

(3)청구법인이 제출한 가지급금 원장에 의하면, 2006년도 가지급금 증감내역은 아래 <표2>와 같은 바, 처분청이 이를 근거로 계산한 가지급금적수금액은 80,366백만원이나, 청구법인의 2006년도 법인세 과세표준신고서상 가지급금적수금액은 48,417백만원이 기재된 것으로 나타난다.

OOO

(4) 청구법인은 쟁점금액 중 2007년에 회수한 435,660천원 관련하여 동 금액을 2006년에 우선 대표이사 일시가수금으로 회계처리한 후 2007년에 대표자로부터 회수하였다며 가수금 원장 및 청구법인의 통장사본을 제출하였는 바, 처분청은 이에 대하여 청구법인의 대표자 명의로 2007.1.12.부터 2007.5.25.까지 총 22회에 걸쳐 합계 434,872천원이 청구법인의 통장에 입금된 것으로 조사하였으며, 청구법인의 수정후 가수금 원장에 의하면, 2006년 및 2007년 가수금 증감내역은 아래 <표3>과 같이 나타나고, 2007.1.1. 전기오류수정이익 변제처리로 435,660천원이 차변에 기재되어 있으며, 수정전 가수금 원장에 의하면, 2007.6.22. 가공매입분 사외유출액 환수액대체로 967,846천원이 차변에 기재된 것으로 조사하였다.

OOO

(5) 처분청의 전산자료 등 이 건 심리자료에 의하면, OOO세무서장은 2007.5.29. 청구법인에게 쟁점금액과 관련한 과세자료 소명 안내문을 발송하였고, 청구법인은 2007.5.31. 동 안내문을 수령한 후, 2007.6.11. 쟁점금액을 익금산입 및 사내유보 처분하여 처분청에 법인세 과세표준 수정신고서를 제출한 것으로 나타난다.

(6) 청구법인의 과세전적부심사청구서 등에 의하면, 청구법인은 과세전적부심사청구시 2007.6.25. OOO세무서로부터 OOO가 세무조사를 받고 있다는 사실을 전화로 통보받았으므로 법인세의 경정이 있을 것임을 안 때는 2007.6.25.이며, 그 이전인 2007.1.12.부터 2007.6.22.까지 16회에 걸쳐 쟁점금액을 모두 대표자로부터 회수하였다고 주장하며 대표자 명의로 입금내역이 기재된 통장 거래내역을 제시하였다가, 심리과정에서 2007.5.31. 청구법인이 과세자료 소명 안내문을 수령한 사실이 등기우편물수령증에 의하여 확인된 후 2007.12.12. 위 과세전적부심사청구를 취하한 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 2006년에 회수하였다는 532,186천원 중 284,186천원(현금입금 176,000천원 및 현금유입 108,186천원)에 대하여 가지급금 원장 외에 대표자로부터 유입되었는지 여부를 확인할 수 있는 증빙이 제시되지 아니하고, 가지급금 원장에 의한 가지급금적수금액이 법인세 신고내역과 다르게 나타나 동 가지급금 상당액이 실제로 회수되었는지 여부가 불분명하여 보이는 점, 청구법인이 2007년에 대표자로부터 회수하였다는 435,660천원은 2006년말 청구법인이 대표이사 가수금에 계상한 후 그 상대계정인 현금이 2007년에 유입된 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도 동 가수금은 청구법인이 대표이사에게 변제하여야 할 채무가 되어 이를 대표이사 상여로 소득처분함이 타당한 것으로 판단되는 점OOO, 청구법인의 수정전 및 수정후 가수금 원장에 의하면, 위 가수금(435,660천원)과의 상계에 의한 사외유출금액 회수는 청구법인이 쟁점금액 관련 과세자료 소명 안내문을 수령(2007.5.31.) 후 수정신고시(2007.6.11.) 또는 2007.6.22. 이후 이루어진 것으로 보이므로 「법인세법 시행령」제106조 제4항 단서에 따른 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 수정신고한 경우에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 당초 과세전적부심사청구시 쟁점금액을 2007.1.12.부터 2007.6.22.까지 전액 회수하였다고 주장하다가, 청구이유를 변경하여 2006년 및 2007년으로 나누어 회수하였다고 주장하여 청구주장에 신빙성이 없어 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 가공매입분인 쟁점금액을 회수하지 아니한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분하여 과세한 이 건 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.