가. 청구인은 1965.2.25. OOO전 567㎡, 같은 리 111-1 전 2㎡, 같은 리 112 전 665㎡ 합계 1,234㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 취득하고 2019.6.13. OOO양도하였으며, 그 취득가액을 환산가액으로 산정OOO하고, 산출세액 OOO전액을 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액으로 하여 2019.7.8. 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 전체토지 중 OOO전 567㎡, 같은 리 112 전 665㎡ 합계 1,232㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2006.6.4. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다)에 따른 주거지역에 편입된 사실을 확인하고, 그 이후 발생한 양도소득 해당분에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 단서에 따라 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 청구인에게 2019.11.14. 및 2019.11.21. 2019년 귀속 양도소득세 OOO(신고불성실가산세 OOO납부불성실가산세 OOO포함) 및 개인지방소득세 OOO경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.29. 및 2020.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 전체토지는 30여년간 개발제한구역으로 지정되어 있어 재산권 행사에 불이익을 받아 왔고, 전체토지의 주거지역 편입 여부에 관계 없이 청구인의 이를 양도할 당시 지가는 청구인의 양도가액 수준으로 자연히 상승하였을 것이며, 농지가 주거지역에 편입되었다고 하더라도 그 지상에 주택·창고 등을 건축시 농지전용부담금 부과가 제외되지 아니하며, 지목이 산인 토지도 농지로 8년 이상 자경시 양도소득세 감면이 적용되고 있음에도 불구하고, 청구인이 보유기간 동안 계속하여 농지로 자경하다가 양도한 전체토지 중 쟁점토지에 대하여 주거지역 편입을 이유로 처분청이 그 이후 양도소득 해당분을 산출하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제함으로써 청구인이 여타의 농지 소유자들 보다 상대적으로 과중한 양도소득세를 부담하도록 한 것은 불공정하므로 부당하다.

(2) 전체토지 중 OOO은 주택가 옆에 4미터 포장도로에 위치한 토지이고, 그 인근에 소재한 같은 리 164-1은 산속에 농로가 부실한 곳에 위치해 있으므로 만일 감정평가시 같은 리 111이 평당 OOO만원 내지 OOO만원 가량 높을 것이므로 위 인근 필지가 금번에 고속도로 부지로 수용되면서 지급된 보상액인 평당 OOO에 전체토지의 면적(372평)을 곱한 금액을 청구인의 전체토지 양도가액에서 공제하여 양도소득세를 산출하여야 한다.

(3) 평당 시세가 OOO만원 내지 OOO만원에 육박하는 농지에 대하여도 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되고 있는데 청구인의 전체토지 양도가액은 그 보다 훨씬 낮고, 청구인이 이를 보유한 수십년 동안 개발제한구역으로 지정되어 재산권 행사에 불이익을 받아 왔으며, 쟁점토지 시세 상승은 주거지역 편입 때문이 아니라 청구인이 이를 오랜 기간 동안 보유하여 자연적으로 이루어진 것이고, 청구인이 세무사에게 위임하여 전체토지에 대한 양도소득세 신고를 한 점과 과세형평 등을 감안할 때, 처분청이 청구인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 제69조 제1항 단서에서 8년 이상 재촌·자경한 농지라 할지라도 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 경우에는 그 날까지 발생한 양도소득분에 대하여만 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하도록 명시하고 있고, 그에 따른 감면대상 양도소득금액을 계산하는 산식을 조특법 시행령 제66조 제7항에서 규정하고 있는바, 처분청은 이에 따라 주거지역에 편입된 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 적법하게 산출하여 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분을 하였다.

농지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되고, 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로 그 이후 부분까지 농지로서 양도소득세 감면혜택을 부여할 경우 위 법률의 취지에도 벗어나며, 위 단서 조항에 대하여 위헌 판결이 이루어진 사실도 없으므로 처분청이 위 법령에 따라 쟁점토지에 대하여 주거지역 편입 이후 발생한 양도소득 해당분을 산출하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다(대법원 2017.3.30. 선고 2016두57038 판결, 같은 뜻임).

(2) 「소득세법」제97조 제1항 제1호 및 그 가목 및 나목에서 양도가액에 공제할 필요경비 중 취득가액은 실지거래가액으로 하고, 이를 확인할 수 없는 경우에 취득당시 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는바, 전체토지의 인근에 위치한 토지가 금번에 수용(양도)되어 해당 토지 소유자에게 지급된 보상금을 청구인이 전체토지를 취득할 당시의 취득가액으로 볼 수 없다.

(3) 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세 감면을 과다하게 적용하여 양도소득세를 과소하게 신고·납부하였고, 상기 법령 등에 대한 청구인의 자의적인 해석과 판단은 이 건 가산세 부과를 감면할 정당한 사유로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지가 주거지역 편입 이후 발생한 양도소득에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 인근 토지의 평당 수용보상금에 전체토지의 평수를 곱한 금액을 청구인의 그 양도가액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 가산세 부과가 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 소득세법

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

(3) 조세특례제한법

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다

(4) 조세특례제한법 시행령

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」제95조 제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.