2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 코코아제품 및 설탕과자 제조업 등을 영위하는 법인으로서 2009. 2. 20. 원고의 임가공 거래처인 주식회사 ○○월드(이하 '피합병법인'이라 한다)와 상속세 및 증여세법상 비상장주식 평가방법을 준용하여 합병비율을 1:0.7로 하는 합병계약을 체결하고, 2009. 2. 25. 합병계획 승인을 위한 주주총회를 거쳐 2009. 4. 1. 주식 21,000주를 합병대가로 교부하는 내용으로 흡수합병을 하였다.

나. 원고는 이 과정에서 피합병법인의 자산 및 부채를 장부가액으로 인수하면서 피합병법인의 순자산가액과 합병대가(합병신주의 발행가액)의 차액인 916,951,670원을 영업권(이하 '이 사건 영업권'이라 한다)으로 회계장부에 계상한 후, 이 사건 영업권에 관하여 익금산입의 세무조정을 하지 않고 2009 사업연도 법인세를 신고하였다.

다. ○○지방국세청장은 원고에 대한 법인세 사후검증을 실시하여 이 사건 영업권을 합병평가차익으로 보도록 피고에게 과세자료를 통보하였고, 피고는 이에 따라 이 사건영업권 916,951,670원을 2009 사업연도의 익금에 산입하였으며, 영업권 감가상각비137,542,750원을 손금에 산입하여 2015. 3. 19. 원고에게 2009 사업연도 법인세281,208,430원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 한편, 피고는 이 사건 영업권에 대한 감가상각비 183,390,324원을 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 각 사업연도의 손금으로 산입하여 2010 사업연도 법인세 40,345,873원, 2011 사업연도 법인세 40,345,874원, 2012 사업연도 법인세 36,678,067원, 2013 사업연도 법인세 36,678,067원 합계 154,047,880원의 환급결정을 하였다.

마. 원고는 이의신청을 거쳐 2015. 12. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 29. 이를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

영업권은 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하'구 법인세법 시행령'이라 한다) 제24조 제4항에 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 제한적으로 세법상 영업권으로 인정된다. 곧, 영업권이 ① 피합병법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치(무형의 재산적 가치)가 있고, ② 당해 영업권을 평가하여 승계한 경우에 한한다.

그런데 원고는 피합병법인의 자산 및 부채를 장부가액으로 승계받았고, 원고와 피합병법인이 특수관계에 있어 불공정합병 문제를 피하기 위하여 상속세 및 증여세법상의 주식가치평가액을 기준으로 합병비율을 산정하였을 뿐, 피합병법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등의 사업상 가치를 평가하여 승계한 사실이 없으며, 피합병법인은 초과수익력이 없다. 그럼에도 불구하고 이 사건 영업권을 세법상 영업권으로 인정한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리(대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등)

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하'구 법인세법'이라 한다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다(제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호). 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 '상호 등'이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).

이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.

합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.

세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한'영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건'은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.

합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.

합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유ㆍ무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금(구 법인세법 제16조 제1항 제2호 가목) 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.

2) 구체적인 판단

가) 합병차익이 합병평가차익의 과세 요건으로 될 수 없음은 앞서 본 바와 같다.

그러므로 합병 시 영업권의 가액을 구 법인세법상 합병평가차익으로 과세할 수 있는지는 합병차익의 존부가 아니라 앞서 본 법리에 따라 합병법인이 피합병법인의 무형의 재산에 대한 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있는지를 살펴보아야 한다.

나) 갑 제2, 3, 4호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래 사실을 인정할 수 있다.

(1) 피합병법인은 ① 2008년 말 기준 자산총계 657,893,000원 중 현금성 자산과 매출채권 등 당좌자산이 약 93.5%인 615,131,000원을 차지하고, 유형자산은 3,791,000원에 불과함에도 매년 평균 7.23%라는 높은 영업이익률을 보였으며, ② 세무상으로도 연속하여 상당한 규모의 소득금액을 신고하였고, ③ 합병 무렵인 2008 사업연도의 이익잉여금, 매출액, 영업이익, 당기순이익 등에 비추어 경영상황이 상당히 양호하였다. 이러한 사정은 관련 규정에 따라 피합병법인 주식의 순손익가치를 계산할 때 반영되었다.

(2) 원고는 현금성 자산과 매출채권 등 당좌자산이 많고 영업이익률이 높은 피합병법인과의 합병을 통하여 자금 유동성 확보하고 영업이익률을 향상시킬 필요가 있었다.

(3) 원고는 합병대가와 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액의 차액인 916,951,670원을 회계장부에 영업권으로 계상하였다.

다) 위와 같은 이 사건 합병의 경위와 동기, 이 사건 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 이 사건 합병 이후의 정황 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 당시 피합병법인이 가지고 있던 거래관계 등 무형의 재산에 전체로서 사업상 가치를 인정하여 대가를 지급하고 합병하였다고 봄이 상당하다. 특히 합병비율에 관하여는 관련 법령에 따를 필요가 있고, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니다.

라) 따라서 이 사건 영업권은 법인세법상 익금에 산입되어야 하는 합병평가차익에 해당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

■ 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)

제16조(배당금 또는 분배금의 의제)

① 다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자에 전입함으로써 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우를 제외한다.

가.「상법」 제459조제1항제1호・제1호의2・제1호의3・제2호・제3호 및 제3호의2의 규정에 의한 자본준비금(제17조제1항제1호 단서의 규정에 따른 초과금액과 대통령령이 정하는 합병평가차익등 및 분할평가차익등을 제외하며, 자기주식 또는 자기출자지분의 소각익의 경우에는 소각당시 제52조제2항의 규정에 의한 시가가 취득가액을 초과하지 아니하는 경우로서 소각일부터 2년이 경과한 후 자본에 전입하는 것에 한한다)

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입)

① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 합병평가차익 이라 한다)을 제외한다.

■ 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것)

제12조(합병평가차익 등의 계산)

① 법 제16조제1항제2호가목에서 대통령령이 정하는 합병평가차익 등 이라 함은 「상법」 제459조제1항제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 합병차익 이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호・제3호(법 제16조제1항제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조제1항제1호다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액중 피합병법인의 장부가액(제14조제1항제1호다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조제1항제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는 「상법」 제459조제2항의 규정에 의한 준비금의 승계가 있는 경우에도 그 승계가 없는 것으로 보아 이를 계산한다.

제15조(주식발행액면초과액 등)

① 법 제17조제1항 각 호의 규정에 의한 수익은 각각 「상법」 제459조제1항제1호・제1호의2・제1호의3・제2호・제3호 및 제3호의2에 해당하는 금액으로 한다.

② 법 제17조제1항제3호 단서에서 대통령령이 정하는 합병평가차익 이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제24조(감가상각자산의 범위)

① 법 제23조제2항에서 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산 이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 감가상각자산 이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

④ 제1항 제2호 가목의 영업권중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.

끝.