1. 청구법인이 2004～2006사업연도에 전임노조원 OOO 등 3인에게 급여로 지급하였다는 금액 168,563,800원과 2004사업연도 미달사납금 6,649,000원 등의 익금산입 및 사외유출 여부와 그 귀속자 등을 재조사하여 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 익금에 산입한 금액이 있는 경우 그 금액을 귀속자에 따라 소득처분하는 것으로 하여 소득금액변동통지 대상금액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

가. 청구법인은1971.5.11. 개업하여 ‘택시운수업’을 영위하는법인으로, 청구법인과 택시기사 사이의 합의에 의하여 택시기사는 1일 운송수입금액과 관계없이 청구법인에게 일정금액(이하 “정액사납금”이라 한다)을 납부하고, 청구법인은 택시기사에게 1일 25리터의 유류를 제공하며, 1일 25리터를 초과하는 유류비(이하 “초과유류비”라 한다)는 택시기사(이하 “정액제기사”라 한다)가 부담하기로 하는 내용의 이른 바 ‘정액사납금제’ 방식의 단체협약을 체결하고, 동 단체협약에 따라 택시기사의 수입금액을 관리한 후, 각 사업연도 법인세 신고시 정액사납금만 청구법인의 수입금액으로 신고하고, 정액사납금을 초과하는 금액(이하 “초과사납금”이라 한다)은 수입금액으로 신고하지 아니하였으나, 정액제기사의 초과유류비 등은 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다.

나.처분청은 2009.1.12.부터 2009.2.13.까지 청구법인에 대하여 2003～2006사업연도 법인세 조사를 실시하고,청구법인이 청구법인으로부터 택시를 임차하여 자신이 유류비를 부담한 후, 일정금액의 사납금만 납부하고 나머지 수입금액은 전부 자신이 갖기로 하기로 약정한 기사(이하 “도급제기사”라 한다)와 관련하여 과다계상한 수입금액을 익금불산입하고, 이와 관련된 경비를 손금불산입하는 한편, 정액제기사와 관련된 초과사납금을 익금산입하는 등의 방법으로 청구법인의 수입금액 및 소득금액을 조정하여 2009.4.16. 청구법인에게 부가가치세 2004년 제1기 937,090원, 2004년 제2기 660,200원, 2005년 제1기 4,240,860원, 2005년 제2기 6,807,160원, 2006년 제1기 7,639,060원, 법인세 2005사업연도 138,582,660원, 2006사업연도 66,383,550원, 갑종근로소득원천세 2005년 귀속 9,229,050원, 2006년 귀속 9,229,050원을 경정·고지하는 한편, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 중 665,414,453원(2003년 43,287,856원, 2004년 326,754,572원, 2005년 248,836,710원, 2006년 46,535,315원)을 대표자에 대한 상여 등으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다.

다. 이후, 처분청은 OOO지방국세청이 실시한 업무감사에서 청구법인의 초과사납금 등 수입금액 누락 및 도급제기사 관련 부당계상 비용 등에 대하여 처분청이 법인세 결정시 부당과소신고금액을 일반과소신고금액으로 결정하여 가산세를 부족하게 징수하였다고 지적함에 따라,2009.8.3. 청구법인에게 법인세 2005사업연도 7,677,660원, 2006사업연도 5,884,470원을 추가로 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)택시운송업의 업무특성상 정액제기사들은 회사의 통제나 감독으로부터 완전히 벗어나 독자적인 영업활동을 수행하므로 배차이후 회사에서 수입금액을 관리할 수 없고, 회사측과 합의된 계약의 내용에 따라 정액사납금을 회사분으로 입금하고 나머지 초과사납금은 회사에 일단 납입하였다가 매월 급여를 지급받을 때 정산하게 되며, 장거리운행 및 계약운행 등을 할 때는 미터기를 작동하지 아니하는 경우가 있는가 하면, 교대시간에 교대지를 향해 빈차로 운행하면서 미터기를 승차로 조작하는 사례가 빈번하여 미터기상의 수입금액은 기사들 뿐만 아니라 회사의 입장에서도 전혀 신경을 쓰지 아니하는 형식적인 숫자에 불과한 것으로 간주하는 바, 신뢰할 수 없는 미터기상의 수입금액에 근거하여 산정한 2004～2006사업연도 초과사납금 5억3,194만원(이하 “쟁점초과사납금”이라 한다)에 대한 부가가치세 및 지급조서 미제출가산세의 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 2005년 3월 결산시 발생한 마이너스 초과사납금 6,649,840원(이하 “쟁점미달사납금”이라 한다)은 기준사납금 이하의 금액으로 기준사납금에 이미 포함되어 신고된 금액이므로 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하여야 하고, 2004～2006사업연도에 전임노조원인 정액제기사에게 지급된 급여 1억6,856만원(택시미터기상의 금액이며, 이하 “쟁점노조원급여”라 한다)은 전임노조원에게 귀속된 사실이 확인되어 기사 상여로 소득처분되었으므로 정액제기사에 대한 시간공제분 급여와 마찬가지로 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점초과사납금은 임금협정상 회사에 입금되지 아니하고 택시기사의 자유로운 처분에 맡기거나, 회사에 입금되었다가 추후 급여 지급시 택시기사에게 귀속되는 형식으로 정산되고 있는 바, 그 실제 성격은 초과사납금 상당액이 택시기사에게 귀속되는 근로의 대가로서 기사급여로 보는 것이 타당하고, 여객자동차운수사업법에서 택시기사로부터 운행요금 전액을 납입받아 관리하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 택시운수업의 특성상 쟁점초과사납금을 납입받아 관리하는 것이 힘들다는 이유만으로 쟁점초과사납금을 택시운수업 수입금액에서 제외할 수는 없는 바, 택시미터기상의 수입금액에 근거하여 산정한 쟁점초과사납금에 대한 부가가치세 및 지급조서 미제출가산세의 부과처분은 타당하다.

(2) 처분청은 청구법인의 택시운행기록인 미터기운송요금을 기준으로 운송수입금액을 결정하면서 쟁점미달사납금을 익금불산입함과 동시에 기사의 급여에서 공제하였는 바, 쟁점미달사납금은 기사가 부담하였으나 사용처가 확인되지 않는 금액이고, 전임노조원은 정액제기사의 경우 차량운행으로 운송수입금액이 발생하더라도 그 수입금액 전액을 청구법인에게 납입하지 아니하고 본인에게 귀속시키고 있어 설사 인정근무일수에 상당하는 과다·신고된 사납금이 있다고 하더라도 택시미터기상에 나타나는 운송요금을 기준으로 결정한 청구법인의 수입금액에 영향을 미치지 아니하므로 쟁점미달사납금과 쟁점노조원급여를 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①쟁점초과사납금을 매출누락액으로 보아 부가가치세 및 지급조서 미제출가산세를 부과한 처분의 당부

② 쟁점미달사납금과 쟁점노조원급여를 대표자 상여처분 대상금액에서 차감할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

제21조 【경 정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

다.사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사자료에 의하면 청구법인의 수입 및 지출구조는 아래와 같다.

(가) 도급제기사

1) 사납금 : 1일(오전 35,000원, 오후 55,000원) 또는

월 170만원～250만원 (기준금액)

2) 유류비 : 회사부담 없음

3) 급 여 : 없음

(나) 정액제기사

<일반 기사 >

1) 사납금 : 오전 86,000원, 오후 96,000원 (기준금액)

기준금액 초과사납금은 기사에게 정산지급하고,

미달사납금은 기사 부담

2) 유류비 : 회사에서 1일 25ℓ 제공, 초과유류비는 기사 부담

3) 급 여 : 월 90만원 지급 (기준금액)

4) 벌과금등 : 회사가 대납하고, 급여에서 공제

<전임노조원 >

1) 사납금 : 없음 (수입금액 전액을 기사가 가져감)

2) 유류비 : 회사에서 1일 25ℓ 제공, 초과유류비는 기사 부담

3) 급 여 : 월 90만원 지급 (기준금액)

(2) 청구법인의 2003～2006사업연도 수입금액 및 소득금액의 신고내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구법인의 수입금액 및 소득금액 신고내용

(3) 처분청이 이 건 세무조사 과정에서 지적한 청구법인의 수입금액 및 소득금액 계산내역상의 오류 등은 아래와 같다.

(가) 도급제기사 관련

1) 사납금 : 정액제 기사와 중복 등 일부 수입금액 과다신고

2) 유류비 : 도급제기사 부담분을 회사경비로 계상

3) 급 여 : 도급제기사에 대한 가공급여 계상

(나) 정액제기사 관련

1) 사납금 : 기준금액을 수입금액으로 신고하고, 초과사납금은 수입금액으로 신고하지 아니함

2) 유류비 : 회사부담분(1일 25ℓ) 및 기사부담분(초과유류비)를

모두 회사경비로 계상

3) 급 여 : 기준금액을 급여로 계상

4) 벌과금등 : 회사가 대납하고, 급여에서 공제후, 세무조정으로 손금불산입

(4) 이상의 조사내용을 반영한 처분청의 청구법인에 대한 수입금액 및 소득금액 재조정 내역은 <별지>와 같으며, 그 구체적인 내역은 아래와 같다.

(가) 도급제기사 관련

1) 사납금 : 실제 발생한 도급료를 수입금액으로 보고, 과다신고한 수입금액 2,115백만원을 익금불산입하는 한편 대표자 상여처분 대상금액에서 차감

2) 유류비 : 도급제기사 부담분 유류비를 손금불산입하는 한편, 대표자 상여처분 대상금액에 가산

3) 급 여 : 도급제기사에 대한 가공급여를 손금불산입하는 한편, 대표자 상여처분 대상금액에 가산

(나) 정액제기사 관련

1) 사납금 : 택시미터기 운송요금을 기준으로 수입금액을 산정하여 초과사납금을 익금산입하고, 미달사납금은 익금불산입 및 같은 금액을 손금불산입하는 한편, 초과사납금 상당액은 기사에게 소득처분하고, 미달사납금 상당액은 기사가 부담하였으나 그 사용처가 확인되지 않은 것으로 보아 대표자 상여처분 대상금액에 가산

2) 유류비 : 회사부담분만 손금산입하고, 초과유류비는 청구법인이 기 손금으로 계상하였으므로, 같은금액을 기사로부터 회수한 것으로 보아 잡수입으로 익금산입 후, 대표자 상여처분 대상금액에 가산

3) 급 여 : 기준금액 및 시간공제분 등을 손금으로 인정하면서, 정액제기사가 차량운행 중 고장 등으로 운행을 할 수 없는 경우에 기준사납금에서 1시간당 11,000원을 공제하여 주는 내용의 이른 바 시간공제 해당금액을 추가로 확인하여 손금산입 후, 해당 기사에게 소득처분한 다음, 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하고,전임노조원에게 실제 귀속된 금액(택시미터기 기준)을 확인하여 손금산입 후, 해당 기사에게 소득처분하였으나대표자 상여처분 대상금액에서는 차감하지 아니함

4) 벌과금 등 : 회사가 대납하고 기사로부터 회수한 기사부담분벌과금 등을 잡수입으로 익금산입후, 대표자 상여처분 대상금액에 가산

(5) 청구법인은 2010.5.12.(수) 개최된 조세심판관회의에 출석하여 쟁점초과사납금을 매출누락액으로 보아 부가가치세 및 지급조서 미제출가산세를 부과한 처분이 부당하므로 취소되어야 한다는 의견과 함께 쟁점미달사납금과 쟁점노조원급여를 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하여 달라는 취지의 의견진술을 하였고, 처분청의 조사담당자도 의견진술을 통하여쟁점초과사납금을 매출누락액으로 본 것은 정당하고, 청구법인이 신고한 장부와 증빙자료를 신뢰하기 어려워 처분청이 조사한 자료에 의하여 청구법인의 수입금액 및 소득금액을 재계산하면서 손금을 초과하는 익금 중 그 사용처가 확인되지 않는 금액을 대표자 상여처분 대상금액에 포함하는 방식으로 소득처분을 하였으므로 쟁점미달사납금과 쟁점노조원급여를 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다는 취지의 의견진술을 하였다.

(6) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)택시운송업을 영위하는 법인의 운송수입금액 중 일부 수입금액이 당해 법인의 수입금액에 계상되지 아니하고 택시기사에게 귀속된 경우에는 그 금액을 법인의 과세소득금액 계산상 익금에 산입함과 동시에 동 금액을 택시기사에 대한 급여로 보아 손금산입하는 것이고, 이 경우 부가가치세 과세표준은 택시기사에게 귀속된 수입금액을 포함한 택시운송수입금액 전액을 기준으로 산정하는 것이 타당하다 할 것이다OOO.

(나) 이 건의 경우, 청구법인은 청구법인이 쟁점초과사납금을 관리하기 어려운 상태에 있었으므로 청구법인의 수입금액에서 제외하여야 한다는 취지의 주장을 하고 있으나, 운송회사의 초과사납금 상당액은 그 운송회사의 수입금액으로 보아야 하고, 청구법인이 초과사납금과 대응되는 초과유류비를 청구법인의 손금으로 계상하였으므로 처분청이 쟁점초과사납금에서 부가가치세 상당액을 차감한 금액을 매출누락액으로 보아 해당 사업연도 익금 및 부가가치세 과세표준에 산입하고 청구법인이 택시기사들에게 급여로 지급한 금액을 운송원가로서 손금에 산입하는 등의 방법으로 청구법인의 소득금액을 조정하여 청구법인에게 이 건 부가가치세와 법인세 및 갑종근로소득세(원천분)를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점미달사납금과 쟁점노조원급여를 이 건 대표자 상여처분 대상금액에서 차감하여야 한다고 주장한다.

(나) 먼저, 이 건 처분청의 대표자 상여처분 대상금액 산정방식을 살펴보면, 처분청은 청구법인이 당초 신고한 장부와 증빙자료가 신빙성이 없다고 보아 처분청이 조사한 내용에 따라 청구법인의 수입금액과 소득금액을 재계산하면서 관련 법령에 따른상여처분 대상금액 산정방법과는 다르게 전체 익금산입한 금액을 사용처 소명대상으로 보고, 그 중 사용처가 확인된 금액은 손금산입함과 동시에 귀속자에 대한 상여 등으로 소득처분하는 한편, 대표자 상여처분 대상금액에서도 이를 차감하였고, 법인에게 귀속되었으나 사용처가 불분명하다고 판단한 금액은 대표자 상여처분 대상금액에 가산하였음을 알 수 있다.

(다) 한편, 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항에 의하면, 법인소득금액 계산상 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타사외유출 등으로 소득처분을 하고, 그 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여처분을 하도록 하고 있다. 따라서, 이 건 처분청의 대표자 상여처분은 관련 법령에 따른 처분으로 보기 어려운 점이 있다.

(라) 소득처분은 위 법령에 따라 행하여져야 할 것인 바, 이 건 쟁점에 대하여 다시 살펴보면, 쟁점미달사납금의 경우 처분청이 기사가 부담한 것으로 보아 익금불산입한 후 손금불산입하여 동 금액을 대표자 상여 등으로 소득처분하였으나, 청구법인이 당초 기준사납금에 포함하여 신고한 점이 있으므로 익금산입(손금불산입) 및 소득처분의 대상인지 여부가 불분명한 점이 있고, 쟁점노조원급여의 경우 청구법인이 전임노조원에 대하여도 기준사납금을 수입금액으로, 급여 기준금액을 손금으로 각각 신고하였으나, 처분청이 쟁점노조원급여를 급여 기준금액을 초과하는 부외경비로 보아 다시 손금산입하고 전임노조원에게 소득자료를 파생한 점이 있으므로 익금에 산입한 금액이 없어 「법인세법」 제67조와는 무관한 것으로 보이는 점이 있다.

(마) 따라서, 처분청은 쟁점미달사납금과 쟁점노조원급여 등이 익금에 산입된 금액(손금불산입된 금액)인지 여부와 사외유출 여부 및 그 귀속자 등을 재조사하고, 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항에 따라 소득처분할 것인지 여부를 다시 판단하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.