청구법인은 대구직할시 북구 OO동 OOOOO에 사업장을 두고 주정을 제조하는 법인으로서 88년 제1기 부가치세 과세기간에 주정의 제조를 위해 매입한 면세재화에 대한 의제매입세액을 공제하여 부가가치세를 수정신고한데 대하여,

처분청은 주세법에 의한 주류제조에 공하는 면세재화는 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 의하여 의제매입세액이 공제되지 아니한다 하여 88.12.29자로 의제매입세액 공제를 거부하는 처분을 하자 청구법인이 이에 불복하여 88.1.31 심사청구를 거쳐 89.4.4 이 건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구법인 주장

부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 규정은 별표 3에 게기된 제조업에 대하여는 같은항에서 정한 율(100분5)을 적용하지 아니한다는 취지로서 소정의 제조업에 대한 공제율을 별도로 규정하고 있지 않은 관계로 의제매입세액 공제 자체가 불가능하므로 전시 규정은 모법인 부가가치세법 제17조 제3항에 위반되는 무효의 규정인 바,

청구법인의 의제매입세액 공제신청을 배제한 처분청의 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항의 위임여부를 논하나 살피건대,

부가가치세법 제17조 제3항에 의한 의제매입세액 공제규정은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 되어 있고, 위 법조의 위임을 받은 동법 시행령 제62조 제1항의 규정이 “매입세액으로서 공제할 수 있는 금액”의 계산방법을 당시 재무부령에 위임하고 있는 관계에 있으므로 이에 근거한 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 규정 본문에서는 의제매입세액 공제율을 5%로서 일반적인 경우를 규정하고 동 단서에서 특별한 경우에는 0% 즉 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화를 규정한 것은 위임범위를 벗어났다든가 상위법과 상반된 규정이라 할 수 없고, 결과적으로 동 시행규칙을 적용한 당초처분은 적법하다는 의견이다.

4. 쟁점

본건 심판청구는 청구법인이 신고한 88년 제1기 부가가치세 과세기간의 의제매입세액이 공제되는지 여부에 그 쟁점이 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 이 건 과세당시의 관련규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법시행규칙 제19조 제1항에서는 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”고 한다음, 단서에서 “다만, 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표3에 기재된 제조업에 대하여는 같은항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바,

이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세익공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다.

그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.

왜냐하면, 부가가치세법 제17조 제3항이 (...대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다)고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이 (...매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다)고 하고 있는 바,

부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하여야할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만, 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항본문이 정한 원칙적 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할금액 계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으나, 위 단서 규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다.

또한 처분청에서 위 단서의 규정은 공제율을 영(0)으로 정한 것이라고 하나 동 단서규정의 표현 문구로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한것으로는 인정되지 아니하며, 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액 공제를 불가능하게 되는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다(대법원 전원합의부 판결 86누734, 87.12.22 의 다수 대법원 판례 동지).

따라서 처분청이 청구법인의 의제매입세액 공제신고를 거부한 처분은 위법한 처분이라 하겠으므로 청구법인이 신고한 해당 의제매입세액은 공제되어야 할 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.