처분청은 청구인이 1998.12.31. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지외 2필지 토지 11,587㎡ 및 지상건축물 3,160.1㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용재산으로 보아 취득세와 등록세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하였으나, 이 사건 부동산 취득일부터 2년이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액(202,111,200원)을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 3,638,000원, 농어촌특별세 333,470원, 등록세 5,457,000원, 지방교육세 1,000,450원, 합계 10,428,920원(가산세 포함)을 2002.8.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1997.11.6. 농수산물 저온저장 및 판매 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서, 1997.12.17. 청구외 (주)○○가 운영하던 농산물 저온창고를 경매로 취득하였으나 작업장이 없어 종전에 저온창고와 동일구내에 있던 이 사건 부동산을 1998.12.31.에 취득하여 그 중 일부인 철골조 건축물 1,291.3㎡와 그 부속토지를 저온창고에 보관한 양파를 출하하기 위한 건조장 및 작업장으로 사용하였고, 나머지 건축물은 낡고, 도괴의 위험성이 있기 때문에 농업용 퇴비생산 및 이웃 공장에서 생산한 어망의 보관장소로 사용하였음에도 처분청은 전기사용료의 차이가 없다거나 사업소세를 신고납부하지 않았다는 이유로 이 사건 부동산을 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이미 감면한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 취득한 사업용재산을 2년이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 조세감면규제법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제113조제2항 및 제114조제2항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하되 다만, 취득일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.11.6. 농수산물 가공, 저장, 판매 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서, 1997.12.17. 이 사건 토지와 연접한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지외 1필지 토지 5,716㎡와 그 지상 건축물 2,520.2㎡의 저온창고시설을 384,040,280원(기계기구 제외가격)에 경락 취득하고, 1998.1.21. “달리분류되지 않은 과실, 채소 가공 및 저장처리업종”의 공장등록을 하였으나 1998.10.25. ○○세무서장에게 폐업신고를 한 후인 1998.12.31. ○○○○로부터 이 사건 부동산을 취득하고, 1999.1.29. 창업중소기업이 사업용재산을 취득한 것으로 지방세 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세와 등록세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면 받았으나 처분청은 청구인이 2년내에 이 사건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 일부는 저온창고에 저장하였던 양파를 출하하기 위한 건조장과 작업장으로 직접 사용하였고 나머지는 퇴비생산 및 어망보관장소로 사용하였는데도 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인은 1997.12.17. 저온창고시설을 법원으로부터 경매로 취득한 후 1998.1.21.에 공장등록을 하였으나 이 사건 부동산을 취득하기 약 2개월 전에 폐업을 하였을 뿐 아니라 저온창고에는 냉동창고 204㎡외에 공장 및 작업장 950㎡와 창고 1,262.8㎡, 기타 부속시설 103.4㎡ 등의 부속시설물이 있으며 청구인의 1998년도 및 1999년도 결산서 중 손익계산서상 매출액이 전혀 없고, 청구인이 달리 이 사건 부동산을 건조장 및 작업장 등으로 사용하였음을 입증할 수 있는 아무런 증빙자료를 제출하지 못하는 점으로 볼 때 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 별다른 잘못이 없는 것이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 12. 23.

행 정 자 치 부 장 관