2. 소송비용은 원고가 부담한다.

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나， 갑 제1 내지 13호증， 을 제1 내지 7호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하 여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 2000. 2.경부터 2003. 9.경까지 기간 동안 원고 소유의 부동산을 제3자에 게 처분하는 거래로 인하여 발생한 양도차액에 관하여 양도소득세 명목으로 2000년경 부터 2005년경까지 합계 309，657，550원을 영동세무서장에게 자진신고 후 납부하였다.

나. 광주지방국세청은 2005. 12. 28.부터 2006. 2. 8.까지 소외 aa개발 주식회사의 관련인으로서 원고에 대하여 세무조사를 실시하고， 2006. 2. 22. 원고의 주소지관할 세무서인 청주세무서(관할구역 변경 후 : 동청주세무서， 이하 같다)에 원고가 2000년경부터 2005년경까지 부동산을 13회 취득하여 79회 양도한 행위는 부동산매매업에 해당하므로 위 기간 동안 발생한 원고 소유의 부동산 거래에 관하여 양도소득세가 아닌 종합소득세를 부과하여야 한다는 내용의 세무조사결과통지서를 발송하였다.

다. 이에 청주세무서장은 2006. 3. 17. 원고에게 2000년부터 2004년까지 이루어진 원고 소유의 부동산 거래(아래에서는 이를 '이 사건 부동산 거래'라 하고， 위 거래의 목적물이 된 부동산을 '이 사건 부동산'이라 한다)에 대하여 각 귀속연도별 종합소득세를 부과하는 처분(이하 '이 사건 종합소득세 부과처분'이라 한다)을 하였는데，원고가 2006. 6. 16. 위 부과처분 중 2004년도 귀속 종합소득세 부분에 대하여 심사청구를 함 에 따라 2006. 6. 26. 위 부분에 대하여는 부과처분 취소결정을 받았다. 그에 따른 이 사건 부과처분의 자세한 내역은 아래 표 기재와 같다.

라. 원고는 위 다.항 기재와 같이 부과처분된 종합소득세에 대하여 징수유예를 신청 하여 승인받은 후 아래 표 기재와 같이 종합소득세를 납부하였다.

마. 이후 영동세무서가 2010. 11. 15. 원고의 '2006년도 및 2007년도 부동산거래'에 대하여 세무조사를 실시한 결과 원고가 양도소득세를 종합소득세와 함께 이중으로 납 부한 사실이 밝혀졌고，그에 따라 원고는 2010. 12. 9. 동청주세무서장에게 2005년부터 2007년까지 기간 동안 부동산 처분에 따른 소득이 사업소득으로서 종합소득합산신고 대상인데 양도소득으로 신고납부함으로써 이중으로 신고납부하였다는 내용으로 양도소득세 경정청구 및 환급신청을 하였다. 그런데 동청주세무서장은 2011. 2. 17. 원고에게 "원고가 비록 종합소득세 신고 시 부동산매매업에 따른 사업소득으로 신고하였다고는 하나， 해당 부동산은 원고가 1989년경부터 15년 넘게 소유한 부동산으로서 농지에 대한 지목변경 등이 없었던 점과 증평군에 수용된 점 등을 고려할 때 당초 양도소득세로 신고한 것은 정당하다 는 이유를 들어 위 경정청구를 받아들일 수 없다는 결과를 통보하였다.

바. 이에 원고는 2011. 3. 2. 동청주세무서장에게 2000년부터 2004년까지 이루어진 이 사건 부동산 거래 중 국가 또는 공공기관에 수용된 경우에는 부동산매매업에 따른 사업소득세가 아닌 양도소득세가 부과되어야 함을 주장하면서 기 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 내용의 고충신청서를 접수하였으나， 2011. 3. 8. 동청주세무서로부터 고충민원 청구기간(국세부과제척기간 만료 30일 전까지)이 경과하여 심의대상에서 제외된다는 내용의 답변을 통보받았다.

사. 한편， 대전지방국세청은 2011. 3. 14.부터 2011. 3. 31.까지 동청주세무서에 대한 종합감사를 실시하였고 그 결과 2005년부터 2010년까지 이루어진 원고의 부동산 거래 와 관련하여 "위 부동산은 장기임대아파트 및 장기임대상가이거나， 전 ・ 답 ・ 임야의 경우 보유기간이 대부분 20년 이상으로서 개발행위(형질변경，분할， 합병 등)가 없었고， 일부는 원고의 의사와 관계없이 수용된 점에 비추어 원고가 매매차익을 취할 목적으로 부동산을 거래한 것으로 볼 수 없어 위 부동산 처분에 따른 소득은 양도소득에 해당한다 는 이유로，동청주세무서에 대하여 원고에게 위 기간 동안의 거래로 부과처분된 종합소득세를 환급해주고， 위 업무를 담당한 관련 공무원에게 경고 및 주의조치를 요한다는 내용의 시정사항을 지시하였다.

아. 원고는 2011. 6. 3. 동청주세무서장에게 2000년부터 2004년까지 이루어진 이 사건 부동산거래 중 국가 또는 공공기관에 수용된 경우 및 임대목적으로 취득한 부동산 을 장기임대한 후 매매한 경우 부동산매매업에 따른 사업소득세가 아닌 양도소득세가 부과되어야 함을 주장하면서 기 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 내용의 고충신 청서를 접수하였으나， 2011. 6. 10. 동청주세무서로부터 역시 고충민원 청구기간이 경과하여 심의대상에서 제외된다는 내용의 답변을 통보받았다. 한편，동청주세무서장은 2011. 6. 10. 원고에게 위 대전지방국세청의 종합감사 결과에 따라 소득분류 착오 로 인하여 당초 종합소득세로 신고된 내역을 양도소득세로 경정고지한다'는 내용의 감사 결과 과세예고 통지를 하였다.

자. 원고는 2011. 6. 30. 국민권익위원회에 이 사건 종합소득세 부과처분에 따라 납부한 세금을 환급하여 줄 것을 요청하는 내용의 고충신청을 제기하였으나，그 무렵 국 민권익위원회로부터 동청주세무서장의 부과처분이 위법하거나 부당하다고 보기 어려워 민원제기에 도움을 줄 수 없다는 답변을 통보받았다.

2. 원고의 주장

원고는， 이 사건 부동산 거래의 대부분이 원고가 15년 넘게 장기간 부동산을 보유하고 었다가 이를 양도한 것이거나 지방자치단체나 공공기관의 수용 또는 협의취득을 원 인으로 하여 이루어진 것으로서 세무업무에 종사한 공무원이라면 명백히 위 거래가 사 업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라，대전지방국세청 또한 이 사건 부동산 거래와 동종의 거래인 2005년부터 2010년까지 이루어진 원고의 부동산 거래에 대하여 종합소득세가 아닌 양도소득세를 부과하여야 한다는 이유로 종합소득세 환급처분 및 담당공무원 경고등의 시정조치를 하였는바，이렇듯 이 사건 종합소득세 부과처분은 그 하자가 중대하고 외관상 명백하여 당연무효 의 처분이라 할 것이므로， 피고는 원고에게 법률상 아무런 원인 없이 보유하고 있는 이 사건 종합소득세 상당액 및 이에 대한 지연손해금을 반환할 의무가 있다고 주장한 다.

3. 판단

가. 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분 을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며， 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적， 의미， 기능 등을 목적론적으로 고찰함 과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바， 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나， 그 법률관계 나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다 고 할 수 없는 것 이고，또한 행정처분의 대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 행정처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다 할 것이나， 행정처분의 대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 처분의 대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우로서 그것이 처분대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 때에는 비록 이를 오인한 하자가 중대하다고 할지라도 외관상 명백하다고 할 수는 없다(대법원 2004. 10. 15. 선 고 2002다68485 판결 등 참조). 한편， 어느 부동산의 양도에 의한 소득이 소득세법상의 사업소득에 속하는 것인가 또는 양도소득세의 과세대상이 될 뿐인가의 여부는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황， 조성의 유무， 양도의 규모， 회수， 태양， 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적 으로 하고 있는지와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하며， 그 양도의 태양이 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의한 협의취득이라 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 1995. 9. 15. 선고 94누16021 판결 등 참조).

나. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살펴본다.

먼저， 관할세무서인 동청주세무서와 그 상급기관인 대전지방국세청이 원고에게 2005년 이후에 이루어진 부동산 거래와 관련하여 원고가 지목변경이나 개발행위 없이 장기간 부동산을 소유하고 있었고， 일부는 원고의 의사와 관계없이 수용된 점 등에 비 추어 위 부동산 처분에 따른 소득은 양도소득에 해당한다고 통보한 사실은 앞서 본 바 와 같고，한편 갑 제1호증의 4， 을 제5호증의 2 내지 5의 각 기재에 의하면， 2000년부터 2004년까지 이루어진 이 사건 부동산 거래 중 상당부분이 원고가 장기간 부동산을 보유하고 있다가 이를 제3자에게 양도한 것이거나 지방자치단체 등의 수용 또는 협의 취득을 원인으로 하는 것인 사실이 인정된다. 그러나 한편， 갑 제4호증의 1 내지 3， 갑 제10호증， 을 제5호증의 2 내지 5，을 제 8호증의 1 내지 6의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 1978년경부터 현 재까지 약 30년이 넘는 기간 동안 충북 영동군이나 증평군， 청주시 등지에서 DD주택， EE학원 등의 상호로 주택신축판매업과 부동산임대엽 등 부동산업에 종사하고 있는 사실， 광주지방국세청은 2006. 2.경 aa개발 주식회사에 대하여 세무조사를 한 이후 관할세무서인 동청주세무서에 위 주식회사의 주주로 되어 있는 원고와 그 가족들이 위 주식회사뿐만 아니라 건설 및 토목공사 등을 목적으로 하는 FF토건 주식회사，뉴EE개발 주식회사，GG토건 주식회사를 동일한 사업장(같은 건물)에서 운영하면서 법인세와 종합소득세 등을 일부 누락하였음을 밝히면서， 아울러 위 각 주식회사의 관계인으로서 위와 동일한 사업장에서 DD주택 등을 운영하면서 부동산업에 종사하고 있는 원고 또한 이 사건 부동산 거래로 인하여 발생한 사업소득에 대한 신고를 누락한 것으로 통보한 사실，원고는 2000년부터 2005년까지 사이에 부동산을 13회 가량 취득하고 79회 가량 양도하였는데， 그 중에는 나대지를 취득하여 이를 그대로 양도하는 경우나 임야를 취득하여 택지개발을 한 후 이를 여러 필지의 토지로 분할하여 양도하는 경우, 대지를 취득한 후 상가주택을 선축하여 양도하는 경우 등이 다수 포함되어 있는 사실 이 인정되는바， 여기에다가 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들， 즉 어느 부동산의 양도에 의한 소득이 소득세법상의 사업소득에 속하는 것인가 또는 양도소득세의 과세대상이 될 뿐인가의 여부는 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 또는 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 기준으로 판단하게 되므로 과세관청으로서는 양도인의 부동산 보유현황을 포함하여 부동산 양도시점 전후에 드러난 사실관계를 면밀히 조사하고 난 후에야 비로소 양도에 의한 소득의 성격이 어떠한가를 밝힐 수 있는 점， 이 사건 부동산 거래 중 상당부분이 원고가 장기간 부동산을 보유하고 있다가 이를 제3자에게 양도한 것이거나 지방자치단체 등의 수용 또는 협의취득을 원인으로 하는 것이라고는 하나， 30년 남짓 부동산업에 종사하였던 원고의 사업현황과 전력 및 원고의 부동산 양도 회수와 규모 등 제반사정을 고려하면 원고가 임야를 취득하여 택지개발을 한 후 이를 여러 필지의 토지로 분할하여 양도하거나 대지를 취득한 후 상가주택을 신축하여 양도하는 것 등은 부동산매매업자에 의한 사업성을 띤 행위라고 충분히 볼 여지가 있는 점， 대전지방국세청 및 동청주세무서는 2005년부터 2010년까지 이루어진 원고의 부동산 거래와 관련하여 위 부동산은 장기임대아파트 및 장기임대상가이거나 전 ・ 답 ・ 임야의 경우 보유기간이 대부분 20년 이상으로서 형질변경， 분할， 합병 등 개발행위가 없었다는 등의 이유로 위 부동산 처분에 따른 소득이 사업소득이 아닌 양도소득에 해당한다고 보았으나， 2000년부터 2004년까지 거래가 이루어진 이 사건 부동산의 경우 그 대부분이 위와 같은 장기임대아파트 및 장기임대상가 또는 개발행위 등이 전혀 이루어지지 아니한 전 ・ 답 ・ 임야에 해당한다고 보기 어려운 점， 원고는 이 사건 종합소득세 부과 처분 후 5년 남짓한 기간 동안 위 처분에 대하여 이의를 제기한 적이 없을 뿐만 아니라 위 기간 동안에도 자선의 부동산 거래가 부동산매매업에 따른 사업소득임을 전제로 종합소득세를 지속적으로 납부하여 온 점， 원고는 2011. 3. 2.과 2011. 6. 3. 두 번에 걸쳐 동청주세무서장에게 이 사건 부동산 거래에 대하여 양도소득세가 부과되어야 함을 주장하면서 기 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 내용의 고충신청서를 접수하였으나， 원고가 위 고충신고서에 기재 한 종합소득세 환급대상은 이 사건 부동산 거래 중에서 '국가 또는 공공기관에 수용된 경우 및 임대목적으로 취득한 부동산을 장기임대한 후 매매한 경우'로만 한정하고 있는 점 등을 더하여 보면，세무업무에 종사한 공무원이라면 명백히 이 사건 부동산 거래가 부동산매매업 등의 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 없다거나 수익을 목적으로 하지 않은 것이라고 단정하기는 어렵다 할 것이므로， 결국 이 사건 종합소득세 부과처분이 그 하자가 중대하고 외관상 명백하여 당연무효의 처분이라고 할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 사건 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례