가. 청구인은 서울특별시OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)을 2003.5.10. 취득하였다가 2007.2.23. 이를 양도하고, 2007.4.30. 양도소득세 등을 예정신고하면서 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면 신청하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 2012.7.16. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.21. 이의신청을 거쳐 2012.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조세법령은 국가재정을 위하여 국민의 물적 납세의무를 규정한 것으로 법령을 제정할 당시에 그 뜻이 명확하게 전달될 수 있게 하여야 하고 또한, 확정된 법조항은 새로 개정되기 전까지는 당해 조문 그대로 적용되어야 하며 유추나 확장해석은 허용될 수 없다 할 것인 바, 「조세특례제한법」제99조의3은 “신축주택과 주택에 딸린 토지로서 해당 건물의 2배 이내의 것을 포함하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다.”고 규정하고 있어 유추 적용하여야 할 내용이 전혀 없는 명백한 법조항이므로 이 건 양도소득세는 100% 감면되어야 한다.

(2) 과세당국은 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 청구인이 주장하는 방식으로 감면대상 양도소득금액을 계산하는 것으로 해석하다가 재건축을 통하여 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다고 종전 해석을 변경하였는데 이는 「국세기본법」제18조 제3항의 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세 금지원칙 등에 위배된다 할 것이므로 납부불성실가산세를 가산한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로, 위 규정에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석하기 어려우므로 이 건 양도소득세 전액을 감면하여야 한다는 청구주장은 이유 없다.

(2) 납부불성실가산세는 납세의무 불이행에 따른 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이고 법령의 무지 또는 오인은 정당한 사유에 해당한다고 볼 수도 없으므로 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 신축주택 취득 전 양도소득에 대하여 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부

② 가산세를 가산한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 양도소득세 결정결의서 등 심리자료에 의하면, 청구인은 1985.1.1.(의제취득일) 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 쟁점신축주택을 2003.5.10. 취득(사용승인)하여 2007.2.23. 양도가액 OOO원에 양도한 것으로 나타난다.

(나) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 같은 법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단된다. 따라서, 쟁점신축주택을 양도함에 따른 감면대상 양도소득세는 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액만을 대상으로 하여야 하고, 동 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 산정함이 타당하므로 이러한 법리에 따라 이루어진 이 건 과세처분은 잘못이 없다 하겠다(조심 2012서54, 2012.4.17. 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 과세자료에 의하면 처분청은 이 건 양도소득세를 과세처분하면서 납부불성실가산세로 OOO원을 가산한 것으로 나타난다.

(나) 살피건대, 청구인이 들고 있는 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 아니하고 과세관청 또한 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서1622, 2012.6.22. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.