가.청구인은 2000.3.23. 취득한 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(사용승인일: 2005.1.28.)됨으로써 취득한 서울특별시 OOO(이하“신축주택”이라 한다)를 취득하여 2009.8.10. 지OOO에게 O,OOO,OOO,OOO원에 양도하고 2009.9.30. 「조세특례제한법」제99조의3의 규정을 적용하여 고가주택인 1세대 1주택으로 보아양도소득금액 OOO원으로 하여 산출세액OOO원 전액을 감면하는 것으로 하여 양도소득세를 예정신고 하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 「조세특례제한법」제99조의3의 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니한다 하여 청구인이 감면신고한 OO,OOO,OOOO O OO,OOO,OOO원을 부인하고 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여2012.3.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.8. 이의신청을 거쳐 2012.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 다음 (가)～(라)의 사유에 의하여 종전주택 취득일로부터 쟁점주택 신축취득일 전일까지 양도소득도 감면대상으로 보아야 한다.

(가) 「조세특례제한법」제99조의3의 입법취지는 IMF사태 이후에 극도로 침체된 주택건설경기를 부양하기 위한 목적으로 입법되었으며, 그 당시는 극심한 주택경기의 침체로 주택신축 이후에도 가격상승을 기대할 수 없는 여건이었는바, 즉 그 당시 상황에서 주택건설사업자로부터 취득하는 자는 이미 취득가액을 할인받는 혜택이 있지만 자기가 건설(재건축 조합원 포함)하는 신축주택의 경우 신축취득일 이후 가격상승을 기대하고 신축취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 한다면 거액의 자금을 들여서 무리하게 주택을 신축하는 동기부여가 어려웠다고 짐작할 수 있으며, 더군다나 신축주택을 취득하고 바로 처분하는 경우에는 감면효과를 기대할 수 없는 모순이 발생하므로 당초 입법취지와는 달리 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 종전주택 취득일로부터 신축주택 신축취득일 전일까지 발생한 양도소득을 포함하여 전액 감면해야 한다.

(나) 세법은 그 문언에 충실하게 해석되어야 하므로 원칙적으로 문리해석하여야 하며, 문리해석만으로 그 의미를 확정할 수 없는 경우에 한하여 보충적·제한적으로 논리해석을 허용하여야 하는 관점에서 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문에서 소정의 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의80(2009.12.31.까지 양도분에 대하여는 100분의100)에 상당하는 세액을 감면하고, ...로 명시하여 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우에 발생하는 소득 전부에 대하여 감면한다고 규정하고 있다. 또한, 다음 본문에서 ..해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다..,고 규정하고 있는바, 즉 「조세특례제한법」제99조의3 제1항과 같은법 시행령 제99조의3 제1항 및 같은법 시행령 제40조 제1항에서 규정하는 “신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산”산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 신축주택의 경우 적용할 여지가 없다.

또한, 「조세특례제한법 시행규칙」제61조에 의한 별지 제37호 서식의 작성요령 중 2.에서 ⑦란 양도소득금액을 기재하고, 5년이 경과한 후에 양도한 경우에는 다음 산식에 의하여... 이라고 기술하고 있는바, 즉 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도한 신축아파트의 경우에는 “5년간 발생한 양도소득금액‘을 구하는 산식을 적용할 여지가 없다.

설령, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식을 적용한다고 하더라도 분모와 분자에 동일하게 규정된 “취득당시의 기준시가”를 특별히 다르게 해석할 법적인 근거없이 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 세법의 엄격해석에 반하여 허용될 수 없는 것이므로 분모와 분자에 동일하게 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하여 발생하는 모든 소득에 대하여 100% 감면이 가능하며 동일한 취지로 국세청의 종전예규(서면4팀-1262, 2005.7.21.)에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 신축주택의 사용검사교부일 등으로 규정하며 분모 또는 분자를 구분하지 않은 것은 같은 취지로 사료된다.

(다) 과세관청에서는 예규(1998.9.23. 재경부재산 46014-273, 2005.11.8. 다수) 및 국세공무원 교육자료 등을 통하여 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 발생한 양도소득금액 전부 감면이 가능하다는 입장을 계속 표명하여 왔고, 또한 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인을 받은 재건축조합원도 감면이 가능하다는 대법원 판례(대법 2008.5.29. 선고 2007두146 판결) 및 다른 규정에 의거 감면세액을 경정환급한 경우에도 종전 관례대로 종전주택 취득일로부터 5년 이내 양도분 소득금액 전액을 감면하였는바, 청구인의 경우에도 내부적으로는 재산세 사무처리규정에 의거 2개월 이내에 감면검토조서를 작성하여 감면여부에 대한 적합함을 확인한 후 내부결제를 하도록 규정하고 있으므로 내부적으로는 당초 신고내용을 검토하여 그 당시 관례대로 신고내용이 적합하다는 결정절차를 이행하였던 것이다. 그런데 2012.3.12. 당초 결정내용을 번복하여 가산세를 포한한 거액의 세금을 추징함은 기존의 관례를 무시하고 납세자의 신뢰를 상실하는 처분이므로 부당하다.

(2) 「국세기본법」제48조 제1항에서 “...납세자가 의무를 이행하지아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있으며, 판례에서도 “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종의무를 위반한 경우에 개별법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 재제인바, 청구인은 쟁점주택 양도당시 관련 예규 및 판례에 준해서 종전주택 양도차익에 대하여도 감면되는 것으로 알고 성실하게 자진신고 및 납부를 하였으며, 과세관청에서도 내부적으로 감면검토조서에서 감면대상이 적합한 것으로 결정하였으므로 청구인은 납세의무를 성실하게 이행한 것으로 사료되며, 뒤늦게 과세관청에서 결정내용을 번복하여 연 10.95%의 납부불성실가산세를 추징하면서 그 귀책사유를 납세자에게 전가시키는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)당초 고지 결정은 서울지방국세청 종합감사 지적사항으로 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택감면대상은신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전 구주택취득일로부터신축주택 취득일전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하고, 같은법 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에적용되는 기준시가는 “신축주택의 취득당시 기준시가”이고, 분모에 적용되는 기준시가는 “구주택의취득당시 기준시가”를 말하는 것이므로 변경된 예규를 통한소급적용으로 인한 조세법률주의,소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 위법한 처분이라는 청구인의주장은 이유가 없다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 이 건 과세와 관련하여 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하였고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수도 없고(조심 2012서121, 2012.2.23. 참조), 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 당초 가산세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례( 「조세특례제한법」제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부, 소급과세금지의 원칙 위배여부 및 납부불성실가산세를 면할 수 있는지

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하고, 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니하며, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처부분이 정당하다면서, 양도소득세 결정결의서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 처분청이 양도소득세 과세결정을 하면서 감면소득금액을 계산할 때 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”로 계산하였는데 이는 「조세특례제한법」제99조의3의 “신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도할 경우 발생하는 양도소득은 면제한다”라는 법 규정에 위반된 처분이고, 이 건 처분이 국세부과의 원칙인 소급과세금지의 원칙에도 반하며, 처분청이 신고불성실가산세를 부과하지 않았다는 것은 신축주택의 양도세 감면신고가 정당한 사유가 있다고 인정한 것이므로 납부불성실가산세 부과는 당연히 취소되어야 한다면서 양도소득세 신고서, 부동산매매계약서, 질의회신문(서면4팀-2109, 2005.11.8.) 등을 제출하였다.

(3) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있고, 「국세기본법」제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있으며, 같은 법 제47조 제1항에서 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 규정되어 있다.

(4) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17. 같은 뜻).

또한, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.