청구법인은 서울특별시 서대문구 OOO동 OOOOOO OO에서 부동산임대업을 영위하는 법인(대표이사 OOO)으로서, 다음과 같이 부동산(이하 “이사건 부동산”이라 한다)을 양도한 사실에 대하여,

처분청이 90.12.16 청구법인에게 특별부가세 14,929,220원 및 동 방위세 2,552,000원을 부과한 바,

청구법인은 이에 불복하여 91.1.18 심사청구를 거쳐 91.4.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인은 분양을 목적으로 주택과 상가의 복합단일건물인 “서울상가아파트”(주택 61세대, 상가 20개)를 77.12.22 신축하였으나, 그 당시에 주택은 대부분 분양하고, 상가등은 주위여건(영세민 거주지역)과 상권이 형성되지 아니하여 분양되지 아니하다가, 89년도에 이사건 부동산을 양도한 사실이 있는데 이는 주택신축판매업으로 보아야 하며 다음과 같은 이유로 이 건 부과 처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

가. 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항에서 주택신축판매시는 주택에 부수되는 일정비율이내의 상가까지도 특별부가세 과세를 배제하도록 규정하고 있다.

나. 86년도에 신설된 조세감면규제법 제67조의4조에 규정한 장기임대주택에 대한 세액면제조항의 입법정신에 비추어도, 처분청이 이 건과 같이 법령을 확대해석하는 것은 부당하다.

3. 국세청장 의견

법인세법 제59조의2 제1항에서 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물과 부동산에 관한권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.”고 규정하고 있고, 동법시행령 제124조의3 제5항에서 “주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 다음 각호의 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지는 제1항 및 제3항에 규정한 토지 및 건물에서 제외한다.

1. 도시계획구역안의 토지 5배,

2. 도시계획구역외의 토지 10배”라고 규정하고 있고, 동 시행령 제6항에서 “제5항의 경우에 주택건물의 일부에 점포 등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는, 주택의 면적이 다른 목적의 건물의 면적 보다 같거나 그보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 보고, 그보다 작은 경우에는 그 전체를 주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.

그런데 청구법인은 77.12.22 서울상가아파트를 신축하여 아파트 61세대 및 점포 20개중 77.12.22 이래 현재까지 아파트 60세대 및 점포 8개를 분양하고, 점포중 12개는 계속 임대하고 있음을 청구법인이 제시한 분양내용에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구법인은 상가가 분양되지 않은 타당한 거증을 제시하지 못하고 있으며, 더욱이 11년간 장기임대를 한 사실로 미루어 볼 때 이 건 상가양도에 대하여는 주택신축판매업으로 보기는 어렵기 때문에 청구법인의 주장은 이유 없다는 의견이다.

4. 쟁점

법인이 주택(아파트)과 상가의 복합 단일건물인 상가아파트를 신축하여 아파트는 분양하고 상가는 상당기간(약11년)임대하다가 양도한 경우, 그 상가의 양도로 인하여 발생한 양도차익이 특별부가세의 과세대상인지 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

우선 이 건 과세처분경위를 보면, 청구법인은 77.1.13 부동산임대사업자로 사업자등록을 하고 서울특별시 서대문구 OOO동 OOOOOOOO에 주택과 상가의 복합단일건물인 서울상가아파트(주택 61세대, 상가 20개)를 77.12.22 신축하여 주택은 그 당시에 대부분 분양하고, 이사건 부동산은 그동안 임대하다가 앞의 “1. 사실”에서 열거한 바와같이 89.5월 양도한 사실이있다.

그리고 청구법인은 앞의 “3. 국세청장 의견”에서 열거한 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항의 규정에 의하여, 이사건 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득은 특별부가세가 과세되지 아니하는 것으로 알고 해당 법인세(특별부가세)등을 신고·납부하지 아니하였고, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 주택신축판매업을 영위한 것이 아니라 부동산임대사업을 하다가 이 건 사업용고정자산을 양도한 것이기 때문에, 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항을 적용받을 수 없다고 보아, 이 건 법인세(특별부가세)등을 부과한 것임을 알 수 있다.

살피건대, 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항의 규정에 의거 주택신축판매업을 영위하는 사업자가 주택(주택건물의 일부에 점포등 다른 목적의 건물등이 설치되어 있는 경우에 주택의 면적이 다른 목적의 건물의 면적보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 봄)및 주택에 부수된 일정범위내의 토지를 양도하고 얻은 양도차익에 대하여는 특별부가세가 과세되지 아니한다 할 것인 바, 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 77.1.13 부동산임대사업자로 사업자등록을 하고 상가를 임대하면서, 이사건 부동산도 체육관·관리사무실 등으로 사용하다가 임대한 사실이 청구법인이 당심에 제출한 사업자등록증과 “양도건물임대 및 사용상황”에 의하여 알 수 있고, 부동산 임대수입에 대하여 매년 법인세등을 납부한 사실도 나타나고 있다.

이러한 정황으로 볼 때, 청구법인은 미분양상가를 분양하려 하였으나 분양이 잘되지 아니하여 일시적·잠정적으로 임대하였다가 이를 판매하려고 함으로써 당초 주택을 신축하여 판매하는 사업자로서의 지위를 유지하려고 한 것이라기 보다는, 약11년동안 부동산임대사업자로서의 지위를 유지(더욱이 청구법인은 부동사임대사업자로서 사업을 개시한 날은 77.1.13 인데 이사건 부동산의 준공일자는 77.12.22 임)하였다고 보는것이 합리적이라고 할 것이다. (국심 89부878, 89.8.17 참조)

그러하다면 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항을 근거로 이사건 부동산의 양도로 인하여 발생한 양도차익이 특별부가세의 과세대상이 아니라는 청구법인의 주장은 관련법리를 오해한 것으로 보여진다.

한편 청구법인은 조세감면규제법 제67조의4에서 규정한 장기임대주택에 대한 특별부가세를 일부 면제한 입법정신에 비추어, 이사건 부동산의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여 특별부가세를 과세하는 것은 부당하다는 주장인 바, 이에 대한 당부를 보면, 조세감면규제법상 장기임대주택에 대한 특별부가세등의 일부면제규정은 86.1.1 이후 신축된 주택이나 86.1.1 현재 입주한 사실이 없는 공동주택에 한하여 적용되는 규정으로서, 이사건 부동산의 경우는 86.1.1 훨씬 이전인 77년도에 신축하여 그동안 임대한 사실이 있으므로 동 규정이 적용될 수 있는 소지가 없다고 하겠다.

따라서 처분청이 이사건 부동산의 양도를 부동산임대사업자가 사업용 고정자산의 일부를 양도한 것으로 보아 특별부가세등을 부과한 것에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.