가. 이 사건 공사 도급계약의 체결 1) 피고 산하 조달청은 2006년 12 월경 인천 강화군 B 리부터 같은 군 C 리까지 12.7km 의 도로를 연장하고 교량 14개소 및 교차로 6개소 등을 설치하는 ‘D 공사( 이하 ’ 이 사건 공사‘ 라 한다 )에 관하여 수요기관은 건설 교통부( 현 국토 교통부) 서울지방 국토 관리청, 공사방식은 장기계 속공사로 정하여 공사 입찰 공고를 하였다.

2) 원고는 2007. 3. 13. 피고와 이 사건 공사에 관하여 계약금액 50,000,000원, 공사기간 2007. 3. 19.부터 2007. 9. 15.까지로 정하여 장기계 속계약의 연차별 계약인 1차 공사계약을 체결하였는데, 그 계약서에 총공사 부기금액은 89,011,465,000원, 총공사기간은 2,160일로 기재되었다.

3) 이 사건 공사 도급계약에 포함된 공사계약 일반조건( 이하 ‘ 이 사건 일반조건’ 이라 한다) 중 사건과 관련된 내용은 다음과 같다.

이 사건 일반조건 제 20 조( 설계변경으로 안한 계약금액의 조정) ④ 제 1 항 및 제 2 항의 규정에 의한 계약금액의 증감 분에 대한 간접 노무비, 산재 보험료 및 산업안전보건 관리비 등 승율 비용과 일반 관리비 및 이윤은 산출 내역서 상의 간접 노무비율, 산재 보험료율 및 산업안전보건 관리비율 등의 승율 비율과 일반관리비율 및 이윤율에 의하되 설계변경 당시의 관계 법령 및 재정경제 부장관 등이 정한 율을 초과할 수 없다.

⑦ 발주기관은 제 1 항 내지 제 6 항의 규정에 의하여 계약금액을 조정하는 경우에는 계약 상대자의 계약금액조정청구를 받은 날부터 30일 이내에 계약금액을 조정하여야 한다.

이 경우 예산 배정의 지연 등 불가피한 경우에는 계약 상대자와 협의하여 그 조정 기한을 연장할 수 있으며, 계약금액을 조정할 수 있는 예산이 없는 때에는 공사량 등을 조정하여 그 대가를 지급할...