가. 청구법인은OOO에서 요양병원 등을 운영하는 비영리 사회복지법인으로, 2009사업연도 중 수익사업에서 과세소득이 발생하자 이를 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2009사업연도 법인세 신고를 하였고, 고유목적사업준비금으로 2011.4.22. 같은 시 OOO 633-1 외 6필지의 근린생활시설 및 다세대주택(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 공동으로 경락받아 취득(지분 2분의 1)하였다가 2012.12.31. OOO에게 청구법인의 지분을 OOO원에 매각하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 고유목적사업준비금 사후관리를 실시한 결과, 쟁점부동산은 고유목적사업 용도가 아닌 수익사업용이므로 「법인세법」제29조 제4항에 의한 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당된다 하여 취득대금 OOO원을 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이를 익금에 산입하고 이자상당액을 가산하여 과세하도록 하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.1.20. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.13. 이의신청을 거쳐 2015.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점부동산이 주거용 주택이고 유형자산처분이익이 발생하였다는 이유로 수익사업용 부동산으로 보았으나, 쟁점부동산은 근린생활시설 및 다세대주택으로 용도만 변경하면 요양원으로 사용하는 것이 가능하다고 생각하여 2011.4.22. 경매로 취득하였으나, 공동 소유자인 OOO와 지분별 분할과 용도변경에 대한 합의가 성립되지 아니하여 당초 목적대로 요양원으로 사용할 수 없다고 보아 부득이 OOO에게 매도하기로 약정하고 2012.12.31. 경락금액에 금융이자 상당액 OOO원을 가산한 OOO원에 양도하게 되었다. 이는 양도차익을 목적으로 한 매매가 아니었을 뿐만 아니라 임대를 목적으로 취득한 것도 아니었다.

(2) 그 후 요양원을 확정하고 고유목적에 사용하기 위하여 2013.3.6. OOO에 대한 매각대금 OOO원과 차입금OOO원 합계 OOO원으로 OOO의 토지(6,191.2㎡)를 취득하여 현재 양로원 설립을 추진하고 있다.

(3) 「법인세법」제29조 제4항에 의하면, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에 고유목적사업준비금의 잔액을 익금산입한다고 규정되어 있는바, 쟁점부동산의 경우 고유목적사업에 사용할 목적으로 취득하였으나 직접 사용할 수 없는 부득이한 사유의 발생으로 인하여 최대한 빨리 매각하였고, 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 경과하지 아니한 2013사업연도에 고유목적사업용 부동산을 취득하였으므로 이 건은 익금사유에 해당하지 아니한다.

(4) 처분청은 쟁점부동산을 수익용 부동산으로 보아 고유목적사업준비금의 임의환입으로 과세하였으나,「법인세법」에는 임의환입에 대한 규정이 없으며, 처분청은「법인세법 기본통칙」29-56…5를 적용하였으나, 판례(OOO법원 2010.6.4. 선고 2010구합153 판결)는 기본통칙의 경우 과세관청 내부에서 세법 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 없으므로 동 규정의 법규적 효력을 부인하였으며, 또한 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산입한 금원을 환원하여 익금에 산입하려면 해당 금액을 고유목적사업준비금에서 차감한 사정 외에 실질적으로 수익사업에 지출하거나 전용하는 등 고유목적사업에 지출하지 아니하겠다는 정황이 있어야 한다고 판시하여 과세처분 취소판결을 하였다.

(5) 따라서, 청구법인이 쟁점부동산을 매입한 동기 및 이를 처분한 실제 사유와 전후 사정 등을 감안하지 아니하고 수익용 부동산으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업용도로 취득한 것으로 근린생활시설 및 다세대주택에서 용도만 변경하면 고유목적사업용(요양원)으로 사용하는 것이 가능하다고 주장하나, 고유목적사업준비금을 사용하기 위하여 관할 지방자치단체에 기본재산처분 허가신청서 등을 제출한 사실이 없으며, 용도변경을 하기 위해서는 인·허가 신청을 하여야 하고 요양원으로 사용하기 위해서는 노인복지법령상의 시설요건을 구비하여 관할 기관에 신고하여야 함에도 이와 관련된 건물구조·설비 변경 및 허가 신청 등을 한 서류를 제시하지 못하고 있다.

(2) 고유목적사업준비금을 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 쟁점부동산을 매각한 금액으로 고유목적사업용 부동산을 대체 취득하여 익금산입사유에 해당하지 아니한다고 주장하나, 「법인세법」제29조에 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리 내국법인은 같은 법 제4항 및 같은 법 시행령 제56조 제5항에 의한 당해 법인의 고유목적사업에 직접 사용하여야 한다고 명확히 규정하고 있으며, 수익용 부동산의 취득금액을 같은 법 제29조 제3항 제4호의 기한이 경과되기 전에 지출한 사업연도의 익금으로 본다고 예규, 판례 등에서 일관되게 해석하고 있다.

(3) 청구법인의 주장대로라면 고유목적사업준비금으로 설정한 금액을 고유목적사업이 아닌 임의로 사용하고 최종적으로 5년 이내 고유목적사업에 사용하면 고유목적사업준비금을 적정하게 사용한 것으로 인정하여야 하는 문제점이 발생하며, 이는 비영리법인이 수익사업을 통하여 얻은 소득을 고유목적사업준비금으로 설정하여 과세대상에서 제외하여 고유목적사업에 사용하도록 한 같은 법 제29조의 입법취지와도 맞지 아니하다.

(4) 또한, 청구법인이 제출한 이체내역, 원장 등을 살펴보면, 쟁점부동산 매각대금 OOO원을 수취한 후 OOO원을 임대보증금 반환 명목으로 2012.12.31. OOO에게 이체하였는바, 매각대금으로 고유목적사업용 토지를 매입하였다는 주장도 근거가 없다.

별론으로 고유목적사업준비금은 조세특례제한법상의 준비금처럼 일정목적에 사용되기 전에 미리 손금으로 인정하여 과세를 하지 아니하고 이후 실제 사용하지 아니한 시점에 손금을 부인하여 과세가 되도록 하는 과세이연의 효과가 발생하는 것으로, 고유목적에 사용하지 아니하였다면 그 즉시 과세하는 것이 타당하다.

(5) 따라서, 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 고유목적사업과 관련 없는 수익용 부동산이므로 취득대금을 익금산입하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산을 수익사업용 부동산으로 보아 그 취득대금을 익금산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 「소득세법」제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」제13조 제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑤ 제4항 제4호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

⑦ 법 제29조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청은 청구법인에 대하여 고유목적사업준비금의 사용의무 위반 혐의를 조사한 결과, 1) OOO는 2013년 3월 경락으로 취득한 대지로 고유목적사업(노인복지사업)용으로 취득한 것으로 확인되었으며, 2) 쟁점부동산은 2011년 4월 경락으로 취득(경락가액 OOO원)하여 2012년 12월 매매(매매가액 OOO원)한 것으로 법인세 신고시 유형자산처분이익이 계상되어 있으므로 이는 수익용 부동산으로 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당하는바, 쟁점부동산의 취득대금 OOO원을 당해 사업연도에 익금산입하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 OOO에게 쟁점부동산을 매각하면서 2012.12.31. 대금(OOO원) 중 잔금(OOO원)을 수취한 당일 그 중 OOO원을 임대보증금 반환 명목으로 OOO에게 이체하였음이 확인된다고 하면서 그 근거로 계정별 원장 및 법인계좌내역을 제시하였으며, 이에 대하여 청구법인은 그 금액은 쟁점부동산의 임대보증금이 아니고 양도대금 중 잔금을 수령함과 동시에 OOO에게 이체한 것은 경리 담당자가 계정과목의 착오를 시정하기 위한 것이라고 주장한다.

(다) 청구법인은 당초 요양원으로 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득하였다가 관할 시장이 용도변경을 허가하지 아니하여 대신 OOO를 대체취득하였다고 주장하면서 그에 대한 증빙으로 다음과 같은 이사회 회의록(2011.2.28.)을 제출하였으며, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 당초에는 수익사업목적(임대)으로 쟁점부동산을 취득한 것으로 소명하였다가 이후 이사회 회의록을 첨부하여 고유목적사업 용도(요양원)로 취득한 것이라고 소명하였다는 의견이다.

OOO

(라) 청구법인은 쟁점부동산 중 자신의 지분(2분의 1)을 OOO에게 양도하였다는 증빙으로 매매계약서(날짜 미상)를 제시하였는바, 매도인은 청구법인, 매수인은 OOO, 매매대금은OOO, 계약금 지급일은 2012.12.28.이고 잔금지급일은 2012.12.31.인 것으로 나타난다.

(마) 쟁점부동산의 등기부사항전부증명서를 보면, 청구법인과OOO는 2011.5.30. 각 공유지분인 2분의 1을 소유권이전등기(등기원인은 2011.4.22. 임의경매로 인한 매각)하였고, 2013.2.27. 청구법인의 지분 전부(2분의 1)를 OOO에게 소유권이전등기(등기원인은 2012.12.28. 매매)한 것으로 나타나며, OOO법원 등기촉탁서(2011.5.25.)를 보면 등기권리자는 OOO(지분 2분의 1)·청구법인(지분 2분의 1), 등기의무자는 김OOO 외 3명, 등기원인일은 2011.4.22. 부동산 임의경매로 인한 매각, 등기목적은 소유권이전등기, 과세표준액은 OOO원인 것으로 각 기재되어 있다.

(바) 청구법인은 「법인세법」제29조 제4항 제4호에서 규정하고 있는 바와 같이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)에만 해당 사업연도에 익금으로 산입하여야 한다는 주장인 반면, 처분청은「법인세법 기본통칙」 29-56…5에 따라 수익사업용 부동산을 취득한 것은 기한 내 임의환입으로 보아야 한다는 의견이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 이후 고유목적사업에 사용하기 위하여 용도변경 허가신청 등의 행정적 절차를 밟은 근거가 없고, 청구법인이 제출한 원장 및 금융거래내역에 의하면 쟁점부동산 매각대금 OOO원을 수취한 후 OOO원을 임대보증금 반환 명목으로 공동소유자에게 이체한 사실 등으로 보아 청구법인이 쟁점부동산을 임대사업용으로 사용하였으므로 쟁점부동산을 고유목적사업과 관련 없는 수익사업용 부동산으로 보아야 한다는 의견이나, 처분청도 임대차계약서나 임대보증금 수령과 관련한 금융증빙 등 청구법인이 쟁점부동산을 임대사업용으로 사용하였다는 점에 대한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하는 점, 만약 OOO가 청구법인으로부터 지급받을 임대보증금(OOO원)이 있었다면 쟁점부동산의 매매대금(OOO원)에서 상계하고 그 차액만을 지급하는 것이 사회통념이나 상관행에 부합하는 점, 청구법인의 이사회 의사록 등에 의하면 2011.2.28. 이사회 결의에 따라 청구법인이 2011년 당시 사회복지시설(요양원)을 확충하기 위한 목적으로 OOO와 공동으로 쟁점부동산을 경락받았다가 사업추진이 여의치 아니하자 부득이하게 OOO에게 매각한 것으로 보이는 점, 실제로 쟁점부동산의 매각대금을 포함한 금액으로 2013년 3월 OOO 소재의 대체부지를 고유목적사업 용도로 취득한 사실은 처분청도 인정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업용으로 취득하였다고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산을 수익사업용 부동산으로 보아 그 취득대금을 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.