2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 2002. 10. 8. 원고 소유의 인천 ○구 ○○동 000-0번지 전 000㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 양도하고, 피고에게 양도소득세를 자진신고하면서 토지초과이득세로 기납부한 27,522,790원을 필요경비로 공제하여 양도소득세를 산출하여 5,049,760원을 자진납부하였다.

나. 그 후 원고는 2003. 6. 26. 기납부한 토지초과이득세를 필요경비가 아닌 전액 기납부세액으로 공제하여 양도소득세 산출세액을 초과하는 부분을 환급하여 달라는 취지의 경정을 청구하였고, 이에 대하여 피고는 2003. 8. 28. 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것, 이하 '구 토초세법'이라 한다) 제26조 제1항 단서 및 토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호, 이하 '폐지법률'이라 한다) 부칙 제2조의 규정에 의하여 양도소득세 산출세액을 한도로 기납부한 토지초과이득세를 공제하여 원고에 대한 2002년도 귀속 양도소득세를 감액경정(이하 '최초 경정처분'이라 한다)하고, 기납부한 5,049,760원을 환급하였다.

다. 그 후 피고는 이 사건 소송 계속 중이던 2004. 3. 22. 원고의 소장 기재 주장 중 가, 나, 다, 마항의 주장을 받아들여 제1차 경정처분을 재검토하여 산출세액을 당초 12,776,365원에서 10,468,126원으로 경정처분(이하 '이 사건 경정처분'이라 한다)하였으나, 양도소득세 산출세액을 한도로 하는 토지초과이득세 세액공제는 변함이 없어 그계산 결과는 최초 경정처분과 동일하였다.

인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑3호증의 1, 2, 을1호증의 1 내지 10, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 토지에 관하여 납부한 토지초과이득세 27,522,790원 전액을 양도소득세액에서 공제하여야 함에도 그 중 10,468,126원만 공제한 것은 헌법재판소의 토지 초과이득세법에 대한 위헌결정의 취지에 반하는 등 근거규정의 위헌성에 기인한 것으로서 위법하므로, 피고는 원고에게 양도소득세 산출세액을 초과하는 세액 17,054,664원을 환급하여야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 헌법재판소는 2006. 3. 30. 2003헌가11 사건에서 토지초과이득세 결정일로부터 3년 이내 유휴토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 100%를 전액 세액공제하여 주면서도, 3년 후 6년 이내에 당해 토지를 양도하는 경우(이 사건의 경우이다)에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 60%만 공제해 주고, 그 이후에는 전혀 세액공제는 해 주지 아니하고, 다만 이미 납부한 토지초과이득세액을 비용만으로 공제해 주도록 한 구 토초세법 제26조 제1항 제1호 중 "토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우"부분과 같은 항 제2호 및 제4항 중 양도소득세에 대한 부분에 대하여, 실질과세의 원칙 및 조세평등원칙에 위배되지 아니하고 납세자들의 재산권을 침해하는 조항으로 볼 수 없다는 이유로 합헌결정을 하였다.

(2) 돌이켜 이 사건의 경우를 보건대, 구 토초세법 제26조 제1항 본문 단서의 규정을 보면 양도소득세 과세시 기납부 토지초과이득세에 대한 세액공제의 경우 그 공제새액이 양도소득세의 납부세액을 초과하지 않도록 규정하고 있고, 폐지법률 부칙 제2조에서는 '이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다'라고 규정하고 있으며, 앞서 본 바와 같이 폐지법률은 합헌이라고 판단하였고 구 토초세법 제26조 제1항본문 단서도 위 헌법재판소의 결정취지에 비추어 위헌이라고 보기는 어려우므로, 원고가 1998.경 납부한 이 사건 토지에 대한 토지초과이득세 27,522,790원 중 양도소득세 산출세액(최초 경정처분시에는 12,776,365원, 이 사건 경정처분시에는 10,468,126원)을 세액공제금액으로 하여 양도소득세를 경정한 처분은 적법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관 계 법 령

■ 구 토지초과이득세법 (1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것)

제26조 (양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세)

①토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득 세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토 지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 1년이내에 유휴토지등을 양도하는 경우:100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴토지등을 양도하는 경우:100 분의 60

④토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토 지등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105 조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경 비에 산입하거나, 법인세법 제59조의5 내지 제59조의7의 규정에 의한 과세표준신고 를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별 부가세의 양도차익에서 공제한다.

■ 토지초과이득세법 폐지법률 (1998. 12. 28 법률 제5586호)

토지초과이득세법은 이를 폐지한다.

부칙

제2조 (일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과 하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한 다. 끝.