가. 청구법인은 OOO 의 후손으로 종친 간의 융화와 단결을 공고히 하고 분묘를 수호하며 종재를 보전할 목적으로 1941.9.14. 성립된 종중(이하 “이 건 종중”이라 한다)으로, 2011.4.28. 「국세기본법」제13조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 처분청에 신청하여 승인을 받고, 2011.5.19. 「법인세법」제110조 및 제111조에 의거 수익사업인 부동산 임대업을 2011.7.18.부터 개시하는 것으로 사업자등록OOO을 한 후, 2012.3.31. 동 수익사업에서 발생한 소득을 과세표준으로 하여 2011사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다.

청구법인은 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 전인 2011.3.16. 「소득세법」상 1거주자의 지위에서 이 건 종중 소유의 OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 양도OOO하고 이에 대한 2011년 귀속 양도소득세를 신고·납부한 것에 대하여

2017.3.31. 이 건 부동산의 양도소득을 청구법인의 최초사업연도인 2011사업연도의 손익에 산입하여 2011사업연도 법인세 OOO원(신고불성실가산세 포함)을 수정신고(이하 “이 건 수정신고”라 한다)하면서(위 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구가 받아들어졌고 동 환급액으로 수정신고세액을 충당하였음), 이 건 부동산 중 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)는 고유목적사업에 사용되었으므로 이와 관련된 양도소득은 과세제외 되어야 하고, 이 건 수정신고 시 납부세액에 가산한 신고불성실가산세 OOO원(이하 “이 건 신고불성실가산세”라 한다) 또한 면제되어야 한다는 취지로 2011사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2017.5.31. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.24. 심판청구를 제기하였다(한편, 청구법인은 2017.11.7. 이 건 수정신고로 납부한 OOO원이 오납금에 해당한다는 이유로 처분청에 동 금액의 환급을 요구하였으나, 처분청은 2017.11.9. 이를 거부하였음).

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 수정신고납부액은 국세부과제척기간이 도과하여 수정신고납부된 것이므로 오납금에 해당한다.

(가) 「법인세법」제6조 제1항에서 ‘사업연도는 법령이나 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 한다’고 규정하고 있고, 청구법인의 규약 제28조에서 ‘본회의 사업회계연도는 매년 음력 10월 1일부터 다음해 음력 9월 30일까지로 한다’고 규정하고 있는바, 청구법인의 2011사업연도의 종료일은 음력 9월 30일을 양력으로 변환한 2011. 10.26.이 되는 것이므로 2011사업연도 법인세의 신고기한은 2012.1.31.이 되는 것이다.

그렇다면, 이 건 수정신고는 2011사업연도 법인세의 국세부과제척기간(5년)의 만료일인 2017.1.31. 이후인 2017.3.31. 이루어진 것이므로 무효라 할 것이고, 무효인 행위에 따라 납부된 금액은 오납금에 해당하므로 이를 청구법인에게 환급하여야 한다(조심 2016중2042, 2016. 10.27. 같은 뜻임).

(나) 처분청은 청구법인의 2011사업연도의 회계기간을 청구법인의 규약에 따를 경우에도 청구법인이 2011사업연도 법인세를 법정신고기한인 2012.1.31. 이후인 2012.3.31. 하였기 때문에 무신고자로 보아 7년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다는 의견이나, 무신고자에 대하여 7년의 국세부과제척기간을 적용하도록 개정한 취지가 납세자가 무성실하게 과세행정에 협조하지 않아 과세관청이 국세를 부과·징수하기 곤란하게 만드는 것을 막기 위한 제재인 점, 조세심판원의 선결정례(국심 2005중787, 2005.12.29., 국심 2001중2457, 2002.5.30.)에서도 ‘사업소득을 양도소득으로 잘못 신고하였다고 하여 신고 자체를 하지 아니한 무신고자와 같이 취급하여 부과제척기간을 7년으로 연장하고 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단’한 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 부동산에 대한 양도소득세 신고 당시 이 건 부동산의 양도소득이 양도소득세 과세대상인지 법인세 과세대상인지 알 수 없었고, 동 소득에 대하여 법인세 보다 더 많은 양도소득세를 법정신고기한 내에 신고하였는바, 이를 무성실하게 과세행정에 협조하지 않았다고 하거나 과세관청이 국세를 부과·징수하기 곤란하게 했다고 볼 수 없으므로 2011사업연도 법인세에 대하여 5년의 국세부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점토지는 이 건 종중의 위토로서 고유목적사업에 직접 사용하였다.

이 건 종중이 쟁점토지를 묘지관리나 시제비용을 충당하기 위한 위토로 사용한 사실이 OOO가 발행한 위토허가증 등에 의해 확인되는바, 쟁점토지는 양도 당시 3년 이상 고유목적사업에 사용된 고정자산이므로 동 토지의 양도소득은 과세대상소득에서 제외되어야 한다.

(3) 이 건 신고불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 존재한다.

가산세와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과세할 수 없다 할 것인바, 청구법인이 1거주자의 지위로 이 건 부동산에 대한 양도소득세를 신고납부한 상태에서 동 소득을 손익에 산입하여 법인세를 신고납부할 것이라고 기대하는 것은 무리가 있다 할 것이고, 오히려 법인세 보다 더 많은 양도소득세를 납부한 사정 등을 고려할 때, 이 건 신고불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 수정신고납부액이 오납금에 해당하는 청구주장에 대하여

(가) 청구법인은 이 건 수정신고 당시 국세부과제척기간이 경과하였다고 주장하나, 국세청 전산자료에서 확인되는 사업자등록정보, 사업자등록신청 및 비영리법인의 수익사업개시신고에 의하면 청구법인의 사업연도는 1월 1일부터 12월 31일까지인 것으로 확인되고, 청구법인 또한 최초사업연도인 2011사업연도부터 2016사업연도까지 그 회계기간을 1월 1일부터 12월 31일까지로 하여 다음 해 3월 31일까지 법인세를 신고하였는바, 청구법인은 12월말 결산법인으로서 2011사업연도 법인세의 국세부과제척기간의 기산일은 2012.4.2.(2012.3.31.은 토요일)이고 그 제척기간의 만료일은 5년 후인 2017.4.2.이므로 이 건 수정신고는 국세부과제척기간 내에 이루어진 적법한 신고라 할 것이다.

(나) 설령, 청구법인의 2011사업연도의 회계기간을 청구법인의 규약에 따를 경우에도 청구법인이 2011사업연도에 대한 법인세를 법정신고기한인 2012.1.31. 이후인 2012.3.31. 하였기 때문에 무신고자로 보아7년의 국세부과제척기간을 적용하는 것이 타당한바, 이 건 수정신고는 여전히 국세부과제척기간 내에 이루어진 적법한 신고라 할 것이다.

(2) 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다는 청구주장에 대하여

청구법인이 위토와 관련된 증빙으로 제출한 세입세출결산서를 보면 ‘세입’란에 ‘도조수입’이라고 하여 위토와 관련된 수입이 기재되어 있는데, 동 ‘도조수입’은 농지를 제3자에게 대신 경작하게 하고 받은 일종의 임대료 수입이므로, 해당 수입을 제사비용 등 고유목적사업에 사용하였더라도 청구법인이 쟁점토지를 직접 경작하지 않은 이상 이를 두고 고유목적사업에 직접적으로 사용한 것으로 볼 수 없다.

(3) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장에 대하여

(가) 「소득세법」에 따른 양도소득세와 「법인세법」에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 1거주자로 신고한 양도소득금액을 「법인세법」상 각 사업연도 소득금액으로 볼 수 없는바, 법정신고기한까지 신고한 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에 해당하므로 과소신고된 과세표준에 대하여 신고불성실가산세를 부과하는 것은 타당하다.

(나) 「국세기본법」제48조 제1항의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로, 법령의 무지 또는 오인은 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없는바(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결), 이 건의 경우 청구법인이 2011.4.28. 법인으로 보는 단체로 승인되어 이 건 양도소득세 예정신고 당시인 2011.5. 30. 이미 법인격을 가지고 있었으므로, 비영리법인의 최초사업연도 법인세 신고 시 이 건 부동산의 양도소득을 법인손익에 산입하여 법인세를 신고할 수 있었으나 그러하지 아니하였으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유를 찾기 어렵다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 수정신고로 납부한 금액이 「국세기본법」상 과오납금에 해당하는지 여부

② 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 있는지 여부

③ 신고불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 제출한 이 건 종중의 규약의 주요 내용은 아래와 같으며, 그 내용에 의하면 규약상 회계연도는 음력 10월 1일부터 음력 9월 30일까지로 나타난다.

(나) 청구법인의 2011년도 정기총회 자료 및 2011년도 감사보고서를 보면 청구법인의 2011년도 정기총회는 2011.10.27.(음력 2011.10.1.)에 개최된 것으로, 청구법인의 2011년도 감사보고서의 기간이 2010.10.25.～2011.10.26.(음력 2010.9.18.～2011.9.30.)으로 나타난다.

(다) 국세청 전산자료에서 확인되는 사업자등록정보, 사업자등록신청 및 비영리법인 수익사업신고개시 자료 등에 의하면 청구법인의 사업연도는 1월 1일부터 12월 31일까지로 나타나고, 청구법인은 최초사업연도인 2011사업연도부터 2016사업연도까지 12월말 결산법인으로 하여 다음 해 3월 31일까지 아래와 같이 법인세를 신고·납부한 사실이 확인된다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1) 「법인세법」제6조 제1항에서 “사업연도는 법령이나 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 “법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장에게 사업연도를 신고하여야 한다”고 규정하고 있다.

2) 청구법인은 이 건 종중의 규약 제28조에서 규정한 회계연도(매년 음력 10월 1일부터 다음해 음력 9월 30일까지)를 사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 후 2011.5.19. 사업연도를 1월 1일부터 12월 31일까지로 하여 사업자등록 및 수익사업개시 신고를 하였고, 이에 따라 최초사업연도인 2011사업연도부터 2016사업연도까지 그 사업연도를 1월 1일부터 12월 31일까지로 하여 12월말 결산을 한 후 그 다음 해 3월 31일까지 법인세를 계속해서 신고한 사실에 비추어 청구법인은 국세 신고와 관련하여 이 건 종중의 규약상 회계연도를 1월 1일부터 12월 31일까지 하기로 정한 것으로 합리적으로 추정되는바, 신고된 사업연도인 1월 1일부터 12월 31일까지를 「법인세법」제6조 제1항에 따른 ‘정관 등에 정하는 회계기간’으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

3) 그렇다면 2017.3.31.자 이 건 수정신고는 2011사업연도 법인세의 법정신고기한(2012.3.31.)으로부터 5년 이내에 이루어진 적법한 신고라 할 것인바, 이 건 수정신고납부액이 국세부과제척기간을 도과하여 수정신고납부된 것이라는 이유로 이를 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 이 건 부동산 중 쟁점토지의 내역은 아래와 같다.

(나) 이 건 종중의 2007～2011연도별 세입세출 결산 내역은 아래 <표1>, <표2>와 같으며, 청구법인은 쟁점토지를 종원으로 하여금 농사에 사용도록 하고 받은 도조수입을 묘지관리나 시제비용에 충당하였다고 주장하나, 위 세입세출 결산 내역 이외에 이를 객관적으로 확인할 수 있는 증빙을 심판청구일 현재까지 제시한 바가 없다.

(다) OOO가 1952년 발행한「위토인허증」·「위토증명서」, 1961년 발행한 OOO상 위토 표시란에 쟁점토지의 소재지가 기록되어 있는 것으로 확인된다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제2조 제2항에서 비영리법인이 해당 고정자산을 제조업, 건설업, 부동산·임대 등의 수익사업에 사용한 경우에는 동 고정자산을 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 규정하고 있는바, 이 건 심리자료에 의하면 청구법인은 쟁점토지를 임대에 사용한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 쟁점토지의 임대수익으로 종중시제의 제물을 준비하는 등 청구법인의 고유목적사업을 집행하는 데 필요한 비용을 충당하였다고 하더라도 이는 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과한 점(대법원 2017. 11.29. 선고 2017두57523 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

(3) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것인바(대법원 2004.6. 24. 선고 2002두10780 판결, 같은 뜻임), 「소득세법」에 따른 양도소득세와 「법인세법」에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 1거주자로 이 건 양도소득세를 신고하였다 하더라도 법인세를 신고한 것으로 간주하기 어려운 점에서 청구법인이 2011.4.28. 법인으로 보는 단체로 승인되어 이 건 부동산의 양도손익을 최초사업연도의 손익에 포함하여 법인세를 신고할 수 있었으나 이를 제외하여 과세표준을 신고한 것은 단순한 법령의 무지 또는 오인 등에 해당한다고 보이고, 그렇다면 이 건 수정신고를 함에 있어서 과소신고된 과세표준에 대하여 신고불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.