청구법인은 비누세정광택제 및 화장품을 제조하는 회사로 1998사업연도부터 2002사업연도까지 정부출연연구기관인 재단법인 OOO연구원(OOO 소재, 이하 “OOO”이라 한다)과 기술개발 연구계약을 체결한 후 OOO연구원에 지급한 연구비 1,354,242,472원(1998사업연도 242,418,140원, 1999사업연도 194,000,000원, 2000사업연도 311,000,000원, 2001사업연도 329,501,173원 및 2002사업연도 277,323,159원)과 청구법인의 연구원에게 지급한 급여 1,248,615,530원(1998사업연도 189,029,970원, 1999사업연도 265,534,330원, 2000사업연도 260,704,690원, 2001사업연도 254,448,540원 및 2002사업연도 278,898,000원, 이하 “쟁점급여”라 한다)을 연구 및 인력개발비로 보아 조세특례제한법 제10조 제1항의 규정에 따라 계산한 423,119,469원(1998사업연도 64,717,216원, 1999사업연도 68,930,149원, 2000사업연도 114,605,748원, 2001사업연도 90,469,131원 및 2002사업연도 84,397,225원)을 법인세에서 공제하여 신고하였다.

처분청은 청구법인이 연구 및 인력개발비로 본 금액 중 청구법인의 연구원에게 지급한 쟁점급여는 자체기술개발에 대한 연구 및 인력기술개발비로 청구법인이 연구개발전담부서를 두고 있지 아니하다하여 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라고 보아, 2003.10.5. 청구법인에게 법인세 1998사업연도 44,451,340원, 1999사업연도 65,381,660원, 2001사업연도 131,083,620원 및 2002사업연도 45,212,600원을 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.12.31. 이의신청을 거쳐 2004.6.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세특례제한법에서 정부출연기관 등에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용은 연구 및 인력개발비로서 세액공제한다는 규정에 따라, 청구법인은 자체기술개발이 아니라 위탁 및 공동기술개발로 OOO연구원과 공동으로 OOO 등을 연구개발하면서 연구과제계약 내용에 따라 청구법인의 연구원도 OOO연구원에 상시 출근하여 공동개발에 참여하였고, 연구결과인 특허 등록시에도 청구법인의 연구원도 같이 등록하였으며, 청구법인의 연구원이 당 법인자체에 근무하면서도 공동연구개발을 위한 기초자료수집, 연구계획수립 등을 하였음에도 불구하고, 처분청이 청구법인의 연구원에게 지급한 쟁점급여에 대하여 자체기술개발을 위하여 지출한 비용임을 전제로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 근무직원의 인건비를 연구 및 인력개발비로 세액공제를 받을 수 있는 “기업부설연구소”나 “연구개발전담부서”를 설립하지 않아 OOO연구원에 파견한 청구법인의 직원인 연구원은 연구개발전담부서에 근무한 것으로 볼 수 없으며, OOO연구원과의 계약서 내용도 연구결과는 청구법인에게 귀속하되, 특허권등은 연구원 명의로 하는 것으로 하였으며, 파견한 청구법인의 연구원이 어떤 과제물을 연구하였는지에 대한 객관적인 증빙서류도 없으므로 쟁점급여를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

정부출연연구기관인 OOO연구원과 위탁 및 공동기술개발을 하면서 청구법인의 연구원이 연구개발에 공동으로 참여한 경우 청구법인이 동 법인의 연구원에게 지급한 급여를 공동기술개발을 수행함에 따른 비용으로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

1)조세특례제한법 (2002.12.11, 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 연구·인력개발비 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② ～ ③ (생 략)

2) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전)

제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① (생 략)

② 법 제10조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 비용 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

당해 과세연도개시일부터

소급하여 4년간 발생한 연구

및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수

────────────── × ───────────

4 12

④ ～ ⑥ (생 략)

3) 조세특례제한법시행규칙(2003.3.24. 재정경제부령 제306호로 개정되기 전)

제7조 【연구·인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 재정경제부령이 정하는 자 라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

② ～ ⑪ (생 략)

4)【별표 6】연구 인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자(과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자)의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비 포함)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용시설의 임차 또는 위탁기관의 연구·시험용시설의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용

㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학

㉯ 국·공립연구기관

㉰ 정부출연연구기관

㉱ ～ ㉴ (생 략)

② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수이상에 한함)에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용

다. 사실관계 및 판단

1) 청구법인은 연구원들에게 지급한 쟁점급여는 OOO연구원과공동기술개발을 수행함에 따른 비용으로 연구 및 인력개발비 세액공제대상이라고 주장하면서, OOO연구원과의 연구개발계약서 및 특허증 사본, 공동연구과제현황 및 청구법인의 연구원 파견현황, 청구법인 연구원에 대한 급여지급 현황을 증빙서류로 제출하고 있다.

OOO연구원과의 연구개발계약서 내용을 살펴보면, 연구개발목적 및 범위·추진방법·연구기간·연구비·연구결과의 귀속 및 보고서 제출·연구원의 편성 등에 관한 것으로서, 연구개발의 추진방법은 OOO연구원과 청구법인이 공동으로 추진하며 이에 필요한 제반 연구비와 현물은 청구법인이 부담하는 것으로 되어 있고, 연구원의 편성표에는 OOO연구원의 연구원이 총괄연구책임자를 맡되, OOO연구원의 연구원과 청구법인의 연구원이 동일한 숫자로 책임연구원, 선임연구원 및 연구원으로 참여하는 것으로 편성되어 있으며, 특허증 사본의 등록사항 란의 발명자에는 OOO연구원의 연구원이름과 청구법인의 연구원 이름이 함께 등록되어 있는 사실이 확인된다.

그리고, OOO이 확인하여 제출한 공동연구과제현황과 청구법인의 연구원 파견현황을 살펴보면, 공동연구과제현황은 1997.5.1.부터 2003.7월까지 공동연구과제명 및 연구기간, 청구법인부담 연구비 및 청구법인의 연구원 참여자가 기록되어 있고, 청구법인의 연구원 파견현황은 공동연구과제별로 청구법인의 연구원이 참여한 기간이 확인되어 있으며,

청구법인의 연구원에 대한 급여지급현황은 사업연도별·연구원별로 OOO연구원에 근무한 기간과 청구법인에 근무한 기간을 기준으로 안분계산한 것으로 1998사업연도 연구원의 총급여 189,029,970원중 OOO연구원에 파견근무분(이하 “파견근무분” 이라 한다)은 110,916,450원, 청구법인 근무분(이하 “자체근무분”이라 한다)은 78,113,520원, 1999사업연도 총급여 265,534,330원중 파견근무분은 177,440,570원, 자체근무분은 88,093,760원, 2000사업연도 총급여 260,704,690원중 파견근무분은 177,261,040원, 자체근무분은 83,443,650원, 2001사업연도 총급여 254,448,540원중 파견근무분은 132,256,600원, 자체근무분은 122,191,940원이며, 2002사업연도 총급여 278,898,000원중 파견근무분은 16,349,300원, 자체근무분은 262,548,700원으로 확인된다.

한편, OOO연구원이 위 관련법령에 규정된 위탁 및 공동기술개발 대상기관인 정부출연연구기관에 해당하는 점과 이 건 쟁점사업연도 이후인 2003.8.18.에 비로소 청구법인이 OOO로부터 자체기술개발을 위한 연구개발전담부서 설립승인을 받은 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

2) 조세특례제한법 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 및 같은 법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에서 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용을 지출한 경우 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 초과하는 금액의 50%에 상당하는 금액과 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비의 15%중 선택하여 당해 과세연도의 법인세에서 공제받을 수 있도록 규정하고 있으며,

같은 법 시행규칙 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 및 별표 6(연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용)에서 기술개발을 자체기술개발과 위탁 및 공동기술개발로 구분하면서, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 비용은 자체기술개발의 경우 내국인이 자체 내에 연구개발전담부서를 설치하여 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비, 원재료 구입비, 연구·시험용시설의 임차 또는 이용에 필요한 비용 등으로 규정하고 있으며, 위탁 및 공동기술개발의 경우에는 정부출연연구기관 등에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용으로 규정하고 있다.

3) 이 건의 경우, OOO연구원과의 연구개발계약 내용에 의하면 연구개발기간동안 청구법인의 연구원이 OOO연구원에 파견되어 기술개발을 공동으로 수행한 사실이 확인됨에도 불구하고 처분청에서 이를 청구법인의 자체기술개발로 보아 연구개발전담부서가 설치되지 않았다하여 청구법인의 연구원에 대한 급여 전액을 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 처분은 청구법인의 기술개발 내용을 오해한데서 비롯된 것으로서 부당한 것으로 판단된다.

다만, 청구법인은 연구원의 급여 전액을 공동기술개발을 수행함에 따른 비용으로 보아 인력 및 연구개발비 세액공제를 하여야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점급여중 청구법인의 연구원이 OOO연구원의 파견근무분은 청구법인의 연구원들이 OOO연구원에 파견되어 기술개발을 공동으로 수행한 사실이 확인되므로 인력 및 연구개발비 세액공제대상으로 볼 수 있는 반면, 청구법인 자체근무분은 청구법인이 연구개발전담부서를 설치하지 아니하였고, 기술개발을 공동으로 수행하였다고 볼 수 있는 객관적인 증빙서류도 없으므로 인력 및 연구개발비 세액공제대상으로 볼 수 없는 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점급여중 OOO연구원에의 파견근무분 614,223,960원에 대하여 인력 및 연구개발비 세액공제를 부인하여 법인세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.