가. 청구인은 1999.8.12.부터 OOO이라는 상호로 재활용품 도소매업을 영위하고 있는 사업자로서, 2009.7.1.~2013.12.31. 기간에 구청ㆍ주민센터ㆍ학교 등 관공서(이하 “관공서”라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 재활용폐자원을 매입한 것으로 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2014.3.18.~2014.6.22. 기간동안 부가가치세 조사를 실시하여, 청구인이 ① 2009.7.1.~2013.12.31. 기간에 관공서로부터 재활용폐자원을 매입한 사실이 없음에도 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 매입한 것으로 신고하여 부당하게 매입세액을 공제받은 사실과 ② 2009년 제2기에 OOO에게 OOO의 재활용폐자원을 가공매출한 사실을 확인하고, 쟁점금액에 대한 매입세액을 불공제하는 한편, 소득금액을 추계하여 2014.6.9. 청구인에게 부가가치세 2009년 제2기분 OOO, 2010년 제1기분 OOO, 2010년 제2기분 OOO, 2011년 제1기분 OOO, 2011년 제2기분 OOO, 2012년 제1기분 OOO, 2012년 제2기분 OOO, 2013년 제1기분 OOO, 2013년 제2기분 OOO 및 종합소득세 2009년 귀속분 OOO, 2010년 귀속분 OOO, 2011년 귀속분 OOO, 2012년 귀속분 OOO을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제108조에 의하면 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 재활용폐자원을 취득하는 경우 그 매입세액을 공제할 수 있다고 규정되어 있는바, 청구인은 세금계산서를 발급할 수 없는 비사업자들로부터 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 매입하였으므로 쟁점금액에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.

(2)청구인은 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 비사업자들로부터 실제로 구입하고 그 대가를 현금으로 지급하거나 계좌로 이체하였는바, 대부분 신용불량자이기 때문에 타인명의로 지급된 경우가 다수이나, 계장별원장과 계좌별 입출금내역 등에 의하면 청구인이 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 실제로 매입하였음을 알 수 있으므로쟁점금액은 총수입금액(매출)에 대응하는 비용(원가)으로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제108조에 의하여 재활용폐자원에 대한 매입세액을 공제받기 위해서는 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인인 경우에는 그의 성명), 취득가액을 기재하여야 하고, 위의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하는 것인바, 청구인은 관공서로부터 재활용폐자원을 매입한 사실이 없음에도 관공서의 사업자번호를 허위로 기재하여 매입세액공제신고서를 제출한 것이므로 위 규정의 매입세액 공제대상으로 볼 수 없다.

(2) 청구인은 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 비사업자로부터 실제로 매입하였다며 계정별원장과 거래사실확인원 등을 제출하였으나, 동 자료는세무조사 당시 제출하지 않은 것이므로 그 내용을 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 「조세특례제한법」제108조의 ‘재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제대상’에 해당하는지 여부

② 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 실제로 매입한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제108조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 국가, 지방자치단체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 2013년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 106분의 6(중고자동차에 대해서는 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 110분의 10을, 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 109분의 9를 각각 적용한다)을 곱하여 계산한 금액을 「부가가치세법」 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항에 따라 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조 제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조에 따른 확정신고를 할 때 정산하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법시행령 제110조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】① 법 제108조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」 제61조에 규정된 간이과세자를 말한다.

② (삭 제)

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 「폐기물관리법」에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

2. 「자동차관리법」에 따라 자동차매매업등록을 한 자

3. 「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단

4. 제4항 제2호의 중고자동차를 수출하는 자

5.기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

1. 재활용폐자원

가. 고철

나. 폐지

다. 폐유리

라. 폐합성수지

마. 폐합성고무

바. 폐금속캔

사. 폐건전지

아. 폐비철금속류

자. 폐타이어

차. 폐섬유

카. 폐유

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 「부가가치세법」 제48조 또는 제49조에 따른 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.이 경우 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 다음 각 호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)

2. 취득가액

(3) 소득세법 제27조【필요경비의 계산】① 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2014.3.18.~2014.6.22. 기간동안 부가가치세 조사를 실시하여, 청구인이 2009년 제2기부터 2013년 제2기까지 관공서로부터 쟁점금액OOO 상당의 재활용폐자원을 매입한 것으로 부가가치세를 신고하였으나, 실제로는 관공서로부터 재활용폐자원을 매입한 사실이 없음에도 매입세액공제신고서에 관공서의 사업자번호를 허위로 기재하여 부당하게 매입세액을 공제받은 사실을 확인하고 이 건 부가가치세와 종합소득세를 부과하였다.

(2) 처분청의 조사보고서에 의하면, 청구인은 2009년 제2기부터 2013년 제2기까지 영일자원 등 19개 업체와 관공서로부터 OOO 상당의 재활용폐자원을 매입하여, OOO 등 24개 업체에게 OOO의 재활용폐자원을 매출한 것으로 부가가치세를 신고하였으며, 처분청은 위 매입액 중 쟁점금액OOO을 가공매입액으로, 매출액 중 OOO을 가공매출액으로 각각 결정한 것으로 나타난다.

(3) 한편 청구인은 세무조사 기간 중인 2014.3.25. “2009년 제2기부터 2013년 제2기까지 관공서로부터 재활용폐자원을 매입한 사실이 없으나, 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 매입한 것으로 신고하여 매입세액을 공제하였다”는 내용의 확인서를 제출하였다.

(4) 청구인은 비사업자들로부터 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 실제로 구입하였다며, 다음과 같이 계정별원장(업무용 수첩 포함), 거래사실확인원, 계좌별 입출금내역 등을 증빙으로 제출하였다.

(가) 업무용 수첩의 기재내용을 근거로 사후 작성된 계정별원장에 의하면, 청구인이 2009.7.1.~2013.12.31. 기간에 최규호 등 다수의 비사업자로부터 총 OOO 상당의 재활용폐자원을 매입한 것으로 기록되어 있다.

OOO

(나) 청구인OOO의 예금계좌OOO 거래내역에 의하면, 2009.7.1.~2013.12.31. 기간동안 총 OOO이 출금(현금 또는 계좌이체)된 것으로 나타나고, 그 중 OOO은 계정별원장상 거래처 및 거래금액과 일치하는 것으로 확인된다.

OOO

(다) 최OOO 외 13인(비사업자 중 일부)은 아래와 같이 2009~2013년 기간에 청구인에게 재활용폐자원을 매출하였다는 내용의 확인서(인감증명서 첨부)를 2014년 8월 각 제출하였다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 비사업자들로부터 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 매입하였으므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제108조 및 같은 법 시행령 제110조에 의하면, 재활용폐자원에 대한 매입세액을 공제받기 위해서는 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인인 경우에는 그의 성명), 취득가액을 기재하여야 하며, 그 내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다고 규정되어 있는바, 청구인은 관공서로부터 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 매입한 사실이 없음에도 관공서의 사업자번호를 허위로 기재하여 매입세액공제신고서를 제출하였으므로 처분청이 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 매입한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 재활용품 도소매업의 경우 사업의 특성상 재활용폐자원을 개인(비사업자)으로부터 구입하는 경우가 빈번한 점, 처분청은 쟁점금액OOO을 모두 가공매입으로 확정하였으나, 청구인이 심판청구시 제출한 계정별원장과 계좌별 거래내역 등에 의하면 청구인이 2009.7.1.~2013.12.31. 기간동안 다수의 비사업자로부터 OOO의 재활용폐자원을 구입한 것으로 나타나고 그 중 OOO은 계정별원장의 거래처 및 거래금액과 일치하는 것으로 확인되는 점, 처분청의 조사내용과 같이 쟁점금액을 모두 가공매입으로 볼 경우 청구인이 재활용폐자원을 OOO에 매입하여 3배에 가까운 OOO에 매출하였다는 불합리한 결과가 되는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점금액 상당의 재활용폐자원을 실제 매입하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.