가. 청구인 OOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 토지거래허가구역 내의 경기도 OOO 토지 4,074㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 토지거래허가 이전인 2006.12.21. 양도하고 2007.1.25. 양도소득세를 예정신고․납부하였다.

나. 이후 청구종중은 2011.5.31. 쟁점토지가 토지거래허가구역에서 지정해제된 사실을 알고 2011.7.28. 처분청에 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 당초 신고․납부한 양도소득세는 세법상의 양도에 해당하지 아니한 상태에서 신고․납부한 금액으로 양도소득세 신고대상이나 과세대상에 해당되지 아니한다는 이유를 들어 당초 신고․납부한 양도소득세를 환급하여 법정신고기한 내의 양도소득세로 충당하고 그에 따른 환급가산금을 지급하여야 한다고 청구하였다.

다. 이에 대해 처분청은 2012.11.16. 토지거래허가구역 내의 토지를 양도하고 토지거래허가 이전에 대금을 청산한 후 양도소득과세표준 예정신고․납부한 경우로서 이후 토지거래허가를 받았거나 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우에는 그 매매계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 당초 예정신고․납부한 세액에 대하여는 환급청구를 할 수 없다는 이유를 들어 청구종중의 위 환급가산금 지급청구를 거부하는 통지를 하였다.

라. 청구종중은 이에 불복하여 2012.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1) 토지거래허가구역 안에 있는 토지를 허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우 양도소득과세표준 예정신고는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다는 「소득세법」 제105조 제1항 제1호 단서 규정은 2001년에 토지거래허가구역 안의 토지를 양도한 경우 법정신고기한은 토지거래일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내라고 관련세법이 개정되었음에도 이러한 사항을 알지 못하는 납세자가 종전과 같이 대금청산을 하고 2개월 내에 양도소득세 예정신고를 하였는데도 불구하고 토지거래허가를 받은 후에는 법정신고기한 내에 양도소득과세표준 예정신고를 하지 아니한 경우 당해 납세자를 무신고자로 보아 가산세 등의 제재를 하지 않기 위한 시혜적 규정이라고 판단된다.

따라서 청구종중과 같이 토지거래허가를 받은 후 법정신고기한 내에 양도소득과세표준 예정신고를 하였다면 그 신고의 효력을 인정하는 것이 타당하므로, 대금을 청산한 이후에 토지거래허가를 받은 경우에는 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 당초 예정신고․납부한 세액은 환급할 수 없다는 처분청의 판단은 당초부터 납세자에게 유리한 해석을 불리하게 해석하고 있는 것에 해당된다.

(2) 국세청 예규(법규과-1043, 2009.7.31.)에 따르면 토지거래허가를 받기 전에 양도소득과세표준 예정신고․납부한 경우 토지거래허가를 받기 전 또는 토지거래허가구역에서 해제되기 전에는 경정 결정할 수 없으며, 당초 예정신고․납부한 양도소득세는 「국세기본법」 제51조 제1항 후단에 따른 환급청구를 할 수 있다고 하고 있고, 대법원도 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 허가를 받아 소유권이전등기를 마친 경우 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득 산정의 기준이 되는 양도시기는 대금청산일이라고 판시(대법원 1997.6.27. 선고 97누5145 판결)하고 있는데, 이는 처분청의 주장대로 당초 예정신고가 소급하여 유효하다는 것이 아니라 거래당사자가 체결한 매매계약이 허가를 받은 경우 소급하여 유효하다는 것이므로, 청구종중과 같이 토지거래허가 이후에 다시 법정신고기한 내에 예정신고를 하였다면 당초 신고의 효력을 제쳐두고서라도 법정신고기한 내의 신고의 효력도 인정함이 타당하다.

더구나 다른 납세자들은 토지거래허가 이전에 대금청산 후 법정신고기한 내에 예정신고․납부를 하였다가 허가일 이후 환급청구를 하여 이미 납부한 양도소득세와 환급가산금을 받았으므로, 이와 동일하게 법정신고기한 내에 성실히 양도소득과세표준 예정신고를 이행한 청구종중에게 일방적으로 당초 신고가 유효하다고 보아 환급청구를 거부한 처분청의 처분은 행정편의주의적이고 형평성에도 어긋나는 처분이라 할 것이다.

(3) 그렇다면 「소득세법」 제105조 제1항 제1호 단서는 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 대하여 거래허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우 양도소득과세표준 예정신고는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다고 규정하고 있고, 토지거래허가구역 내의 토지를 양도한 경우에는 그 허가를 확정적으로 받음으로써 납세의무가 성립하므로, 토지거래허가 이전에 당초 신고․납부한 것은 조세채무가 존재하지 아니한 상태에서의 행위로서 허가일 이후 법정신고기한 내에 다시 양도소득과세표준 예정신고를 하였다면 토지거래허가 이후의 예정신고가 유효한 신고에 해당한다 할 것이어서 청구종중의 환급가산금 지급청구는 정당하다.

나. 처분청 의견

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항에 따른 토지거래허가구역 안의 토지를 양도하고 토지거래허가 전 대금을 청산한 후 양도소득과세표준 예정신고․납부한 경우로서 이후 토지거래허가를 받았거나 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우에는 당초의 양도소득과세표준 예정신고․납부는 소급적으로 유효하므로 당해 납부세액에 대해서 환급청구를 할 수 없는 것이며, 토지거래허가를 받지 못한 경우(불허가처분을 받았거나 허가신청을 하지 아니한 경우 포함)이거나 허가구역 지정이 해제되지 아니한 경우에는 당초 신고․납부한 세액에 대하여 「국세기본법」 제51조 제1항 후단에 따라 환급을 청구할 수 있는 것이므로 환급가산금 지급을 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지거래허가구역 내의 토지에 대하여 허가 이전에 양도에 따른 대금을 청산하고 양도소득과세표준 예정신고를 하였다가 이후 허가 또는 지정해제를 받은 다음 법정신고기한 내에 다시 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우 당초 신고․납부한 세액을 허가 또는 지정해제 이후 법정신고기한 내의 양도소득세로 충당하고 그에 따른 환금가산금을 지급할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구종중은 토지거래허가구역 내의 쟁점토지 양도와 관련하여 그 허가일 이전인 2006.12.21. 대금을 청산한 후 2007.1.25. 양도소득세를 예정신고․납부하였다.

(2) 이후 청구종중은 2011.5.31. 쟁점토지가 토지거래허가구역에서 지정해제된 이후인 2011.7.28. 쟁점토지를 포함한 5필지 토지에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 하면서, 이에 대하여 당초 신고․납부한 양도소득세는 토지거래허가가 나지 않은 상태, 즉 세법상의 양도가 아닌 상태에서 신고․납부한 금액이므로 오납에 해당한다는 이유를 들어 환급가산금 지급을 청구하였다.

(3) 이에 처분청은 2012.1.12. 위 5필지 중 쟁점토지를 제외한 3필지 토지분에 해당하는 세액(환급가산금 포함)만 환급하였고, 이 건 심리과정에서 우리 원이 2013.2.20. 확인요청[상임심판관(2)-135]한 ‘2012.1.12. 청구종중에게 한 일부 토지분에 대한 환급통지가 쟁점토지분에 대한 환급금 지급 거부통지로 볼 수 있는지’에 대하여 처분청은 2013.2.25. ‘2012.1.16. 청구종중의 쟁점토지와 관련한 당초 신고․납부분 충당 및 환급급 지급 청구에 대하여 거부통지를 하였으며, 환급통지시 쟁점토지에 대한 미환급분은 추후 이와 유사한 건에 대한 조세심판 결과에 따라 처리하기로 대리인과 구두로 합의하여 장기간 미처리된 것이므로 환급통지가 지급거부 통지에 갈음할 수는 없을 것’이라는 내용으로 회신하였다(재산법인세과-1793).

(4) 「국세기본법」 제51조 제1항은 세무서장은 납세의무자가 국세․가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제52조는 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(국세환급가산금)을 국세환급금에 가산하여야 한다고 규정하고 있다.

(5) 「소득세법」 제105조 제1항 본문 및 제1호는 제94조 제1항 제1호․제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월(다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월) 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 이 건은 청구종중이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항의 규정에 의한 토지거래허가지역 내의 쟁점토지에 대하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 2006.12.21. 청산한 후 2007.1.25. 이에 대한 양도소득과세표준 예정신고․납부를 하였다가 2011.5.31. 쟁점토지가 토지거래허가구역에서 지정해제된 이후 소유권이전을 마친 경우로서, 이에 대한 양도소득과세표준 예정신고는 「소득세법」 제105조 제1항 제1호 단서에서 정한 바에 따라 토지거래허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 하면 된다는 사실을 뒤늦게 안 것으로 보이고, 그렇다면 청구종중은 2011.7.31. 쟁점토지에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 할 수 있음에도 이를 2007.1.25. 미리 신고․납부함으로써 결국 양도소득세를 오납한 경우에 해당된다 할 것이어서 이미 신고․납부한 관련 세액에 대하여는 2011.7.28. 청구종중이 한 신고세액에 충당함에 아울러 이에 따른 기한의 이익에 상당하는 환급가산금은 청구종중에게 환급함이 합리적이라 하겠다.

따라서, 잔금이 지급된 경우에는 토지거래허가를 받지 못하였으나 추후에 토지거래허가를 받는 경우 소급하여 양도가 이루어진 것으로 볼 수 있다는 것과 달리, 이 건과 같은 경우 「소득세법」 제105조 제1항 제1호 단서는 예정신고의 시기를 토지거래허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 하도록 규정하고 있어 양도의 시기와 맞지 않는 측면이 있지만, 위 규정에 따라 이미 납부된 오납액에 대하여는 「국세기본법」 제52조에 따른 환급가산금을 지급하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012중1856, 2012.7.3. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.