청구인은 1987.5.14 부산직할시 북구 OO동 OOOOOOOOO 답 1,236㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 1996.12.22 부산광역시의 수용에 의해 양도하였다.

처분청은 쟁점토지가 조세감면규제법상 공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면대상이긴 하나 자경농지가 아니므로 농어촌특별세는 비과세되지 않는다고 보아 1996.12.16 감면세액을 공제한 양도소득세 6,031,820원과 농어촌특별세 8,824,480원, 합계 14,856,300원을 결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1997.2.13 이의신청과 1997.5.9 심사청구를 거쳐 1997.7.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점토지의 양도에 대하여 사업인정고시일(1993.6.16) 현재 입법되지 아니한 새로운 법률인 농어촌특별세법을 적용하여 농어촌특별세를 과세함은 사실상 소급과세일 뿐만 아니라, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정 취지와 해석에 의하여서도 비과세되어야 한다고 판단되므로 농어촌특별세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점토지는 청구인이 취득하기 전부터 쓰레기 매립장으로 사용되어 경작에 이용하지 않은 토지이며, 농어촌특별세가 시행된 이후인 1996.1.22 수용으로 양도되고 자경농지가 아니어서 농어촌특별세가 비과세되지 않으므로 양도소득세 감면세액에 대하여 처분청이 농어촌특별세를 과세한 처분은 정당하고 1994.7.1 이전에 사업인정고시된 토지가 1994.7.1 이후에 양도되었을 경우 농어촌특별세를 과세하지 않아야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 수용과 관련하여 발생한 양도소득세 감면에 대한 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 규정의 적용에 따른 농어촌특별세의 비과세 여부

나. 관련법령

(1) 농어촌특별세법

농어촌특별세법 제3조【납세의무자】 제1호에서 『제2조 제1항의 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자』는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있다.

같은법 제4조【비과세】에서 『다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

2. 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제4조 제1항에서 『법 제4조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

1. 조세감면규제법 제52조·제53조·제55조·제56조·제59조 제1항 제1호(제60조 제2항 제1호 및 제5호의 법인을 제외한다) 및 제2호(별표 제32호 내지 제34호·제36호·제38호 및 제93호의 법인과 제40호중 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합연합회에 한한다)·제63조[ 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 자경한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다]·제70조·제72조·제75조·제96조·제97조 및 제112조 제1항 제2호의 규정에 의한 감면』이라고 규정하고 있으며,

같은 영 제7항에서 『법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다』고 규정하고 있다.

(2) 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호)

조세감면규제법 제55조 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자』라고 규정하고 있고,

같은 법 제63조 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고 있으며,

같은법 부칙 제16조【양도소득세 등에 관한 경과조치】 제1항에서 『이 법 시행전에 종전의 제40조의 6·제42조·제42조의 2·제44조·제45조·제45조의 2·제57조 제1항 제1호·제58조·제60조 제1항 제7호·제62조·제67조의 3·제67조의 6·제67조의 7·제67조의 8·제67조의 11·제67조의 12·제67조의 13·제67조의 고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.

1. 1992년 12월 31일 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 양도 한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

2. 제1호 외의 경우로서 1993년 12월 31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다』고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

먼저 사실관계를 살펴본다.

(1) 쟁점토지는 1987.5.11 증여를 원인으로 1987.5.14 청구외 OOO으로부터 청구인에게 소유권이전되어 1995.1.18 공공용지 협의취득을 원인으로 1996.1.23 청구인으로부터 부산광역시에 소유권이전되었음이 등기부등본에 의해 확인된다.

(2) 쟁점토지는 부산광역시 OOO지구 택지개발사업지구내에 편입된 토지로서 1993.6.16 사업인정고시(건설교통부 고시 제210호)되어 1996.1.22 부산광역시에 협의 양도된 조세감면규제법상 양도소득세 감면대상 토지이다.

(3) 쟁점토지의 양도에 따른 처분청의 과세내역을 보면,

취득가액은 기준시가를 적용하되 양도가액은 기준시가보다 낮은 보상가액을 적용하여 양도소득세(50,154,247원)를 산출하였고, 조세감면규제법(1993.12.31 개정전 법률) 제57조 제1항 규정에 의한 양도소득세 감면세액은 44,122,424원으로 계산되었으며, 농어촌특별세는 동 감면세액의 20%인 8,824,484원으로 산출되었음을 알 수 있다.

(4) 처분청 및 청구인이 제시한 자료에 의할 때 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시(1987.5.14)의 토지 상황은 이미 쓰레기 매립장으로 변경되어 농지로 사용할 수 없었고, 취득 후 양도시까지의 사이에 청구인이 자경한 사실은 달리 입증되지 아니하며, 양도일 현재의 토지 현황은 나대지(잡종지)인 것으로 조사되어 있다.

다음으로 이 건 농어촌특별세의 과세가 적법한 처분인지를 살펴본다.

쟁점토지는 청구인이 취득하기 전부터 쓰레기매립장으로 사용되어 양도일 현재 농지가 아니므로 8년 자경농지의 비과세요건은 충족되지 못하고 있는 바, 공부상 지목이 농지라 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 아니한 경우에는 자경농지로 보아 농어촌특별세를 비과세할 수 없다는 종래의 판례(대법 91누7422, 1991.11.12) 및 심판결정례(국심 97부878, 1997.9.27)에 의할 때 쟁점토지의 양도에 따른 농어촌특별세의 과세는 정당한 것으로 보인다.

쟁점토지가 공공용지로 수용됨으로써 조세감면규제법의 관련 규정에 의하여 양도소득세의 일부가 감면되는 데에 대하여는 다툼이 없는 바, 청구인은 농어촌특별세법 시행 이전에 사업인정고시된 쟁점토지의 수용에 대하여는 1994.7.1 이후에 양도되어 납세의무가 성립하더라도 사실상의 소급과세를 방지하기 위하여 양도소득세 감면분에 대한 농어촌특별세가 비과세되어야 한다고 하면서, 설사 양도당시는 농지가 아니라 하더라도 1993.12.31 이전에 사업인정고시가 되었으면 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호)의 경과규정이 적용된다는 주장이나,

농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호에서 농어촌특별세가 비과세되는 토지는 『 조세감면규제법 제55조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지세 과세대상인 토지에 한한다』고 규정하고 있으므로, 청구인의 자경사실이 입증되지 아니하는 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세 대상에 해당되지 아니하고 따라서 같은 영 제4조 제7항 규정에 의한 비과세 적용이 될 수 없다고 판단된다.(국심 95경3723, 1996.2.14 같은 뜻)

라. 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.