가. 처분청은 2019년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 청구법인 OOO 주식회사 외 5인(세부명단은 ＜별지＞와 같고, 이하 “청구법인들”이라 한다)이 각 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상물건(주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 제5조의3(이하 “쟁점법령”이라 한다)에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 방법으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정하고 청구법인들에게 아래 ＜표1＞과 같이 2019년 귀속 종합부동산세를 고지하였다.

＜표1＞ 처분청의 고지내역

나. 청구법인들은 이에 불복하여 2020.2.20. 등에 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 종합부동산세와 재산세는 동일 납세의무자의 동일한 과세물건에 대하여 이중으로 과세할 수 있는 위험성이 있는바 종합부동산세 계산시 재산세를 공제하도록 한 입법취지를 고려하면 종합부동산세 과세대상 물건에 부과된 재산세 전액을 공제해 주어야 하므로 이 건 종합부동산세 부과처분시에도 아래와 같은 산식을 적용해야 계산한 재산세액을 공제하여 주어야 한다.

(가) 국회 재정경제위원회 OOO 전문위원은 2004년 종합부동산세 도입 당시 “토지초과이득세액을 양도소득세액에서 전부 공제해주지 아니하고, 일부만 공제하는 것은 이중과세에 해당된다”는 헌법재판소의 헌법불합치 결정선고[92헌바49, 52(병합), 1994.7.29.]를 참고로 하여 공제 등의 제도적 장치를 강구하고 있는 종합부동산세법안은 타당하다는 검토결과를 국회재정위원회에 제출하는 등 종합부동산세의 제정 당시부터 이중과세 문제가 발생하지 않도록 재산세 공제방법을 마련하였다.

또한, 헌법재판소는「종합부동산세법」의 이중과세 문제에 관한 위헌 소원 판결에서 “재산세가 부과되는 부동산에 대하여 종합부동산세를 다시 부과하는 것은 동일한 조세부담능력에 대하여 두 가지 조세를 과세하는 것이지만, 재산보유세의 일부를 지방재정의 불균형을 조정하는 재원으로 사용하기 위하여 국세로 과세하게 한 것이고, 종합부동산세의 세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하게 하였으므로 이중과세의 문제는 생기지 않는다고 할 것이다”라고 판결(헌법재판소 2008.11.13. 선고 2006헌바112 판결)하였다.

(나) 상기와 같이 재산세를 종합부동산세에서 공제하도록 규정한 취지는 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하여 줌으로써 이중과세로 인한 실질적 조세법률주의에 대한 위배와 그에 따른 위헌성 시비를 차단하는데 있다.

(2) 2004년에 제정된「종합부동산세법」은 2005년말, 2008년말 2차례의 개정 이후 현재까지 개정된 적이 없었는바, 다수의 법원 판결로 확정된 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제해야 한다는 법리는 2019년 귀속 종합부동산세 납세의무 성립일 현재까지도 계속 유지되고 있으므로 처분청이 쟁점법령에 따라 종합부동산세 과세대상 물건에 부과된 재산세 전부를 공제하지 아니하고 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 위법하다.

(3) 처분청은 2015년 11월말에 개정된 쟁점법령을 근거로 종합부동산세에서 공제할 재산세를 계산해야 한다고 의견이나, 쟁점법령은 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세가 전부 공제되는 것을 금지함으로써 이중과세 문제가 발생하도록 하였는바 법률에서 규정한 내용을 함부로 유추·확장하여 일부 중복과세가 가능하다는 처분청의 의견은 위임의 한계를 벗어난 것일 뿐만 아니라 조세법률주의에 반하여 무효이다.

(가) 대법원은 법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확정하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다고 판결(대법원 2017.4.20. 선고 2015두45700 판결)하였다.

(나) 서울고등법원은 2015년 11월말에 개정된 쟁점법령이 적용되어 종합부동산세를 부과한 처분을 다툰 소송에서 재산세 중 일부에 대해 공제를 제한하여 종합부동산세와 재산세를 중복으로 과세하도록 규정한 쟁점법령은 법률의 위임 범위를 벗어나 무효이고, 그에 따른 처분청의 과세처분은 위법하다고 판결(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결)하였다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 정확하게 특정될 수 있음을 전제로, 쟁점법령이 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세액을 공제해 주지 않았다는 청구법인들의 주장은 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 설령 청구법인들의 주장과 같이 쟁점법령이 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 완벽하게 전부 공제해 주지 못한다고 하더라도, 쟁점법령을 현행 「종합부동산세법」제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항의 위임범위의 한계를 벗어나 위법하다고 해석하는 것은 입법자의 재량을 간과한 잘못이 있다.

대법원 판결은 쟁점법령의 산정방식 자체가 위법하다고 판시한 것이 아니라 관련 시행령 규정의 의미를 다르게 해석하였던 것뿐이므로, 비록 대법원이 제시한 재산세액 공제방법을 따르지 않고 ‘공제되는 재산세액’을 축소하더라도, 그러한 사실 자체만으로 입법자가 입법형성의 한계를 넘어서는 입법을 하였다고 단정 지을 수 없다.

(2) 쟁점법령이 위임입법의 한계를 벗어나 무효라고 할 수 없다.

(가) 「종합부동산세법」은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하여야 하는데, 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있는바, 입법자가 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점, 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, ‘공제의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다.

(나) 쟁점법령은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 최대한 전부 공제해 주려고 하였는바, 「종합부동산세법」에 따라 가급적 종합부동산세 과세표준 금액 전체에 대하여 부과된 재산세액을 공제하기 위하여 전체 재산세액 중 ‘재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율’ 만큼의 재산세액을 종합부동산세액에서 공제해 주고자 하였는데, 이는 합리적인 범위 내에서 비례원칙에 따라 이중과세의 문제를 조정하고자 한 것이므로, 쟁점법령이 무효라는 청구법인들의 주장은 타당하다고 볼 수 없다.

(3) 따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 청구법인들에게 종합부동산세를 고지한 것은 적법하므로 추가 부과된 일부 재산세액을 공제하지 않았으므로 추가 공제해 달라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 쟁점법령에 따라 계산할 경우 일부 재산세액이 공제되지 아니하므로 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것)

제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

제4조의2(주택분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것)

제4조의2 [주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산] 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(4) 지방세법

제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

(5) 지방세법 시행령

제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인들이 2019년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 각 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상물건에 대하여 2019년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과하면서, 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 쟁점법령에 따라 계산하였다.

(2) 청구법인들은 종합부동산세에서 공제할 재산세액을 아래 산식에 따라 계산하여야 하므로 쟁점법령에 따라 계산한 재산세액과의 차액을 종합부동산에서 추가공제하여 달라고 심판청구를 제기하였다.

(3) 처분청이 청구법인 OOO이 보유하고 있는 종합합산토지대상 과세물건에 부과한 2019년 귀속 종합부동산세의 계산내역과 청구법인이 주장하는 계산내역을 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 양측의 종합부동산세 계산내역 비교

(4) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고된 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음과 같이 개정하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 2016～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것은 잘못된 산정방식이라고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 개정된 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 당초 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 ‘공제되는 재산세액’을 산정하고 종합부동산세를 고지한 이 건 처분은 타당하다(조심 2018서2366, 2018.7.18. 외 다수, 같은 뜻임)고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 청구법인들 명단 및 심판청구내역