가. 청구법인은 2015.4.3. OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 주식회사 OOO(이하 “양도법인”이라 한다)로부터 OOO원에 매수하면서 매매계약서에 토지가액 및 건물가액을 각 OOO원 및 OOO원으로 기재하였고, 이에 따라 건물에 대한 세금계산서를 교부받아 2015년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 부가가치세 환급신청에 대한 현장확인조사 결과, 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 2015.3.6. 금융기관에서의 대출을 목적으로 평가한 감정평가액을 기준으로 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액을 안분 계산(토지가액 OOO원 및 건물가액 OOO원)하고, 당초 신고한 건물가액과의 차액 OOO원에 대한 매입세액을 불공제하여 2015.7.28.청구법인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.30. 이의신청을 거쳐 2015.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점부동산의 매매계약일 현재 기준시가를 토대로 구분·명시한 토지가액 및 건물가액을 부인하고, 계약일 이후에 평가된 감정가액에 따라 토지가액 및 건물가액을 안분 계산하여 건물가액을 재산정하였다. 쟁점부동산의 매매계약서상 건물가액은 국세청이 제공하는 건물기준시가 자동계산프로그램을 활용하여 기준시가(건물)를 산정하고, 매매대금 총액을 개별공시지가(토지)와 안분하여 비특수관계인 계약당사자 간 합의한 금액이다. 청구법인과 양도법인 간에는 특수관계가 없고, 매매계약서에 토지가액 및 건물가액을 구분기재하였으며, 계약서에서 정한대로 계약금과 잔금을 지급하였는바, 청구법인 및 양도법인은 적법하게 2015년 제1기 부가가치세를 각 납부·환급받았다. 다만, 청구법인과 양도법인 간 계약조건이 2014.5.30. 이전에 합의·확정된 사유로 2013.5.30. 고시된 토지의 개별공시지가 OOO원을 적용하여 계약일 시점의 기준시가로 정확하게 안분한 건물가액보다 OOO원이 더 크게 산정되었다. 이러한 사실은 매매계약서상의 중개업자 기본확인사항 제6항의 거래예정금액에서 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점부동산이 중앙고속도로 바로 옆에 위치하고 있어 뛰어난 접근성을 가지고 있는데, 이러한 위치적 이점에 비해 계약서상 토지가액이 현저하게 낮게 책정되었고, 건물은 상대적으로 규모와 형태 등에 비추어 높은 가액으로 책정되었으므로 계약서에 기재된 가액을 객관적인 실지가액으로 보기 어려우며, 거래가액을 계약시점의 기준시가 기준으로 안분 계산하였으나, 「부가가치세법」상 공급시기는 인도기준이므로 이를 합리적인 가액으로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나, 일반적인 상거래에서 매매가액이 계약시점에 정해지고, 이 시점에 활용할 수 있는 매매사례가액 등의 정보가 불완전한 상황에서, 이러한 처분청의 과세는 국세청장이 고시하는 기준시가를 신뢰하여 토지가액 및 건물가액을 정하고, 부가가치세액을 확정한 납세자의 납부세액에 대한 예측가능성을 현저히 저하시키고, 토지 및 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에 한하여 공급시기가 속하는 과세기간, 직전 과세기관의 감정가액으로 평가한다는 「부가가치세법 시행령」 제64조의 취지를 확대·소급 적용하는 것으로서 납세자에 대한 신의칙에 위배된다. 청구법인과 양도법인 간 토지가액 및 건물가액의 구분은 법인회생으로 인해 법정관리 중인 양도법인의 부가가치세 납부액을 포함한 미래현금흐름의 확정을 위하여 2014.5.30. 확정하여 계약서에 명시하였고, 이에 대하여 법원의 승인을 득하였다. 쟁점부동산의 계약시점에 토지가액 및 건물가액의 산정을 위하여 검토할 수 있는 기준으로 기준시가와 양도법인이 회생절차 개시를 위하여 평가받은 감정가액이 있었으나, 감정가액은 청산을 목적으로 평가된 것으로 토지는 개별공시지가와 거의 유사하나, 건물은 교환가치 및 사용가치 등 시가를 반영하고 있지 못하므로 기준시가를 기준으로 토지가액 및 건물가액을 안분 계산하여 정하는 것으로 합의하였다. 아래 <표1>에서 보는 바와 같이, 2014.5.30.의 기준시가 및 2013.12.2.의 감정평가액을 기준으로 토지가액 및 건물가액을 안분하였을 경우 건물가액이 전체금액에서 차지하는 비중은 OOO% 및 OOO%로 청구법인 및 양도법인이 합의한 건물가액의 비중인 OOO%와 불과 OOO% 및 OOO%의 차이가 있을 뿐이다. 그러나, 대출을 목적으로 OOO OOO장이 의뢰한 2015.3.6.의 감정평가액은 건물가액의 비중이 26.1%로 매매계약서상의 건물가액의 비중과 OOO%의 차이가 발생하였는바, 처분청은 쟁점부동산의 공급시기가 속하는 과세기간의 2015.3.6.의 감정평가액으로 토지가액 및 건물가액을 안분할 경우 매매계약서상의 건물가액과 현저한 차이가 발생한다는 이유로 매매계약서상의 건물가액을 부인하였다.

<표1>

만일, 세법에 계약시점의 기준시가를 기준으로 토지가액 및 건물가액을 결정하였으나, 이후 감정평가액을 기준으로 한 건물가액과의 차이가 발생할 경우 건물가액을 변경하여야 한다고 명시되어 있다면, 청구법인은 감정평가액을 기준으로 한 건물가액과의 차이가 있음을 알게 되었을 때 매매계약서를 변경하고, 법원의 승인을 요청한 후 잔금지급 및 세금계산서 수수를 하였을 것이다. 특히, 청구법인은 토지의 개별공시지가, 건물의 기준시가 등 객관적인 근거를 제시하고 있으나, 처분청은 위치적 이점, 상대적으로 높은 건물가액 등 주관적 판단에 근거하고 있고, 개별공시지가는 토지의 위치, 거래 시세 등을 조사·평가하여 매년 5월말 국토교통부장관이 고시하고 있어 위치적 이점에 비해 현저히 낮은 가격으로 토지가액이 산정되었다는 처분청의 의견은 근거가 부족하다. 또한, 처분청은 쟁점부동산이 중앙고속도로 바로 옆에 위치하고 있다고 하였으나, 쟁점부동산은 중앙고속도로가 아닌 제2중부고속도로 인근에 위치하고 있고, 제2중부고속도로의 개통일은 2001년으로 개통 이후 쟁점부동산 인근에 제2중부고속도로로의 접근성을 높일 수 있는 도로나 인터체인지 등의 건설은 없었다. 「부가가치세법」 제29조 제4항 및 제9항, 같은 법 시행령 제64조와 다수의 조세심판원의 선결정례 등에서 비특수관계자 간 합리적 기준에 의해 정한 토지가액 및 건물가액을 실지거래가액으로 인정하고 있고, 여기서 합리적 기준이라 함은 「부가가치세법」 및 사회통념상 합리적이라 인정되는 기준으로 매매사례가액, 감정평가액, 기준시가 등이 해당된다. 따라서, 계약시점의 기준시가를 기준으로 토지가액 및 건물가액을 정하고, 이에 따라 매매대금 및 부가가치세를 양도법인에게 지급한 후 매입세액을 공제받는 것이 부인된다면 이는 납세자에 대한 신의칙에 위반된다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산의 매매계약서에 기재된 토지가액 및 건물가액에 근거하여 부가가치세를 신고하였으나, 쟁점부동산의 건물은 일반철골구조이고, 쟁점부동산의 바로 옆에 중앙고속도로가 위치하고 있어 접근성이 매우 뛰어난바, 매매계약서상 쟁점부동산의 토지가액이 현저하게 낮게 책정된 것으로 판단된다. 따라서, 매매계약서상 토지가액 및 건물가액이 구분표시되어 있다 하더라도 그 금액이 객관적이거나 공정타당하지 않다고 판단되고, 쟁점부동산에 대한 감정평가액이 존재하므로 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 감정가격에 의해 토지가액 및 건물가액을 안분 계산하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다.

(2) 청구인이 계약시점의 기준시가를 토대로 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액에 합의하였다고 하더라도, 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1호에서 같은 령 제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있고, 「부가가치세법」상 쟁점부동산 양도에 대한 선발행세금계산서의 교부시기는 2015.3.31.이므로 감정평가액에 비례하여 건물가액을 안분 계산하는 것은 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1호에 따라 인정되는 것이다. 따라서, 청구법인은 쟁점부동산을 담보로 금융기관에서 대출받을 목적으로 시행한 감정평가액이 있었음에도 불구하고, 기준시가에 의해 토지가액 및 건물가액을 안분 계산하여 부동산매매계약서를 작성하였는바, 처분청이 감정평가액을 기준으로 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액을 안분 계산하고, 청구법인이 당초 신고한 건물가액과의 차액에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

일괄매입한쟁점부동산의 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 감정평가액을 기준으로 건물가액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인이 2014.5.30. 양도법인과 체결한 쟁점부동산에 대한 부동산매매계약서에 의하면, 쟁점부동산의 매매대금을 OOO원으로 하면서 거래 당시 기준시가를 토대로 토지가액 및 건물가액을 각 OOO원으로 약정한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 2014.11.20. 양도법인과 체결한 쟁점부동산에 대한 계약사항 변경합의서에 의하면, 2014.5.30. 체결한 쟁점부동산의 매매계약과 관련하여 매도인의 사정으로 인하여 잔금지급일을 법원의 매각허가일로부터 5개월에서 2015.3.31.로 변경한 것으로 나타난다.

(다) 양도법인은 2014.6.9. 쟁점부동산의 수의계약에 대하여 OOO에 허가신청을 하여 2014.6.11. 이에 대한 허가를 받았는바, 허가신청 공문에 의하면, 쟁점부동산의 매수인은 청구법인이고, 거래가액은 OOO원이며, 첨부된 감정평가표에는 쟁점부동산의 토지(5,545㎡)가 OOO, 쟁점부동산의 건물이 OOO원으로 각 기재되어 있다.

(라) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인이 금융기관으로부터 대출을 받기 위하여 실시한 감정평가표(2015.3.6. 기준)에 쟁점부동산의 토지가액은 OOO원, 건물가액은 OOO원으로 기재되어 있는바, 처분청은 위 감정평가액을 기준으로 쟁점부동산의 매매대금 OOO원을 토지가액 및 건물가액으로 안분 계산하여 토지가액 및 건물가액을 각OOO원으로 보아 2015.7.28. 청구법인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

(마) 청구법인 및 양도법인의 2015년 제1기 부가가치세 신고서등에 의하면, 청구법인 및 양도법인은 2015년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 쟁점부동산의 건물가액을 매매계약서상의 금액인OOO원으로 하여 각 매출세액 및 매입세액을 신고·납부한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 양도법인은 특수관계자에 해당하지 아니하는 점, 청구법인과 양도법인은 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 기준시가를 기준으로 토지·건물가액을 정하여 매매계약서에 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액을 구분하여 기재하였고, 청구법인 및 양도법인 모두 쟁점부동산의 매매계약서에 기재된 건물가액대로 부가가치세를 신고·납부한 점, 쟁점부동산에 대한 매매계약서에서 쟁점부동산의 토지가액이 기준시가보다 높은 점, 청구법인이 2014.6.9. OOO에 쟁점부동산의 수의계약에 대하여 허가신청을 하면서 제출한 감정평가서상의 건물가액 비중과 쟁점부동산에 대한 매매계약서상의 건물가액 비중의 차이가 크지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 부가가치세법

제15조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2)부가가치세법 시행령

제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.