가. 원고는 1997. 1. 21. 서울 금천구 B에 있는 무허가 건물을 취득하였다가 위 건물이 재개발되면서 2002. 9. 6. 아파트 1채를 분양받았고 2006. 11. 23. 위 아파트를 처분하였다.

나. 원고는 2006. 12. 8. 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 구 조세특례제한법(2006. 10. 4. 법률 제8050호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세 33,853,326원을 감면세액으로 신고하고 농어촌특별세 6,770,660원만을 신고납부하였다.

다. 그런데 피고는 조특법 제99조의3을 해석함에 있어 위 건물의 취득일로부터 위 아파트의 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 감면되지 않는다고 보고 2012. 5. 1. 원고에 대하여 양도소득세 25,346,904원 부과하는 한편, 원고가 이미 신고납부한 농어촌특별세 6,770,660원을 2,439,180원으로 감액하는 처분(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)을 하면서 그 차액 4,331,480원을 위 양도소득세에 충당하였다.

한편 원고에게는 지방소득세 2,165,740원도 부과되었다. 라.

이후 피고는 원고의 요구에 따라 위 건물의 취득가액을 재산정하여 2012. 5. 30. 원고에 대하여 양도소득세 25,346,904원을 23,954,900원으로 감액하는 한편, 농어촌특별세 2,439,180원을 2,647,130원으로 증액하는 처분 이하'이 사건 제2처분이라 한다

)을 하였다. 한편 원고에게 부과된 지방소득세 2,165,740원도 2,061,760원으로 감액되었다. 마. 원고는 2012. 7. 9. 피고에게 이 사건 제1처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 피고는 2012. 7. 31. 이를 기각하는 결정을 하였다. 바. 이후 원고는 대법원이 2014. 12. 11. 조특법 제99조의3에 관한 피고의 위 해석과 상반되는 취지의 판결(대법원 2013두2273 을 선고하자 2015. 6. 18. 및 같은 해

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