처분청은 청구인이 ○○대학교 제3캠퍼스용 부지로 사용하기 위하여 1996.12.30. 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 19필지의 토지 64,010㎡ 및 1997.3.21. 취득한 같은 동 산 177번지의 토지 15,273㎡(이하 “이 사건 제1토지”라 한다)와 ○○대학교 ○○병원용 부지 등으로 사용하기 위하여 1997.1.20. 취득한 같은 동 806번지 외 13필지의 토지 18,259㎡(이하 “이 사건 제2토지”라 한다)에 대한 취득세 및 등록세 등을 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항과 같은법시행령 제79조제1항제2호의 규정에 의하여 비과세 하였으나, 이 사건 제1토지 중 같은 동 산 177번지 외 15필지의 토지 58,806㎡(이하 “이 사건 제1쟁점토지”라 한다)는 취득일로부터 3년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니하고 방치하고 있고, 이 사건 제2토지 중 같은 동 806번지외 1필지의 토지 1,943㎡(이하 “이 사건 제2쟁점토지”라 한다)는 취득일로부터 3년이 경과하도록 방치하고, 같은 동 809-10번지 외 1필지의 농지(전) 2,860㎡(이하 “이 사건 제3쟁점토지”라 한다)는 취득일로부터 1년이 경과하도록 지목도 변경하지 아니하고 방치하고 있고, 이 사건 제2, 제3쟁점토지를 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 법인의 비업무용토지로 보아 이 사건 제2, 제3쟁점토지의 취득가액(8,628,644,621원)에 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 세율(이 사건 제1쟁점토지는 일반세율의 5배 : 1000분의 100, 이 사건 제1·제3쟁점토지는 일반세율의 7.5배 : 1000분의 150)과 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,061,953,180원, 농어촌특별세 97,345,680원, 등록세 272,386,960원, 지방교육세 36,326,110원, 합계 1,468,011,930원(가산세 포함)을 2003.1.8. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 학교법인 ○○학원으로서 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 사유로 첫째, 청구인은 ○○시 소재 ○○대학교의 생명자원 과학대학 등 3개의 단과대학을 이전하기 위하여 이 사건 제1토지를 1996.12.30.과 1997.3.21. 취득한 후 1997.12.8. 국토이용계획변경(준농림지역에서 준도시지역으로 변경)을 요청하여 1998.7.4. 처분청으로부터 국토이용계획 결정통보(도시 58214-976)를 받고 1999.7.16. 개발행위신고를 필하였으나, 취득한 이 사건 제1토지 상에 임의로 건축물을 건축하여 무단으로 점유하고 있는 청구외 ○○○(○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지)외 1인에게 무단점유 반환 및 철거를 요청하는 내용증명 우편물을 2000.12.1. 발송한 다음 2001.12.6. 강의동 및 기숙사 등을 신축하기 위한 건축설계 계약[계약자 : (주)○○건축종합건축사 사무소]을 체결하고 당초 국토이용계획 당시의 강의동 등 건축물 117,904㎡를 128,517㎡로 증가하고자 다시 국토이용계획 변경승인신청을 하여 2002.2.7. 변경결정 통지(도시 58420-32)를 받아 2002.3. 청구외 (주)○○토질(대표이사 ○○○)에 제3캠퍼스내 기숙사 신축부지 및 도로개설구간 지질조사(기간 2002.3.23.～4.7.) 용역 등을 의뢰하였고, 2002.6.18. ○○대학교 제3캠퍼스 개발행위 신고(도시 58420-11223)를 필하고 2002.6.21. 건축허가(기숙사 등 3,582.65㎡)를 신청을 하는 등 제3캠퍼스를 조성하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나, 건축허가를 신청하기 전인 2002.6.10. 사업예정 부지 및 주변의 문화재 보존을 위하여 문화재청과의 협의가 완료된 후에 사업을 착수하여야 한다는 처분청의 문화재 보존대책 통보(문공 86705-11134)를 받고 2002.10.8. 매장문화재 발굴 허가(문공 86743-11970)를 받는 등으로 인하여 유예기간인 3년이내에 착공하지 못한 것은 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당된다고 보아야 하고, 둘째, 이 사건 제2토지 중 이 사건 제2쟁점토지인 같은 동 806번지 외 1필지의 토지 1,943㎡는 ○○대학교 ○○병원의 울타리내에 위치한 부속토지로서 취득일로부터 3년이내에 병원의 부속주차장으로 사용하고 있으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하고, 셋째, 이 사건 제2토지 중 이 사건 제3쟁점토지인 같은 동 809-10번지 외 1필지의 토지 2,860㎡는 농지인 「전」이었으나 병원의 부속토지내에 위치하고 있어 병원신축과 연계하여 지목을 변경하여야 하므로 비록 취득일로부터 1년이내에 지목은 변경하지 못하였지만 다른 필지의 병원부속토지와 함께 취득일로부터 3년이내에 병원건축물을 착공하였기 때문에 이는 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하며, 넷째, 이 사건 제1토지 및 제2토지와 연접되어 있는 같은 동 812-2번지 외 3필지의 토지 8,651㎡ 중 1,179㎡는 교통영향평가시 조건부허가 사항인 도로로 편입된 토지로서 2002.6. 기부채납에 따른 협약서를 처분청에 이미 제출하였고 이 사건 심사청구일 현재 일반인이 통행하는 도로로 사용하고 있으므로 도로로 편입된 토지는 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 학교신축부지를 취득한 후 국토이용계획 승인결정을 받은 날로부터 3년이 경과하도록 건축물을 착공하지 아니한 경우에 동 토지가 법인의 비업무용토지에 해당되는지 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항과 구 같은법시행령 제79조제1항제2호에서 제사·종교·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 교육시설을 운영하는 사회교육단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니하되, 다만 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 같은 법 제112조제2항에서 법인의 비업무용토지를 취득한 경우의 취득세율은 제1항 세율(1000분의 20)의 100분의 500으로 하도록 규정하고 있으며, 구 같은법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제1호라목에서 제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 취득한 날부터 3년내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 이를 비업무용토지로 보도록 규정하고 있고, 구 같은법시행령 제84조의4제3항제4호에서는 농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전·답·과수원·목장용지 및 임야는 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보되 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 ○○대학교 제3캠퍼스용 부지로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 제1토지 79,283㎡를 취득하였으나 이 사건 제1토지 중 20,477㎡는 청구인의 고유목적사업에 직접 사용하고 잔여 58,806㎡인 이 사건 제1쟁점토지는 취득일로부터 3년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있고, ○○대학교 ○○병원용 부지 등으로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 제2토지 18,259㎡ 중 이 사건 제2쟁점토지인 농지(전) 2,860㎡는 취득일로부터 1년이 경과하도록 지목을 변경하지 아니하였을 뿐만 아니라 이 사건 제3쟁점토지인 1,943㎡는 취득일로부터 3년이 경과하도록 방치하고 있으므로 제1·제2·제3토지를 구 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 법인의 비업무용토지로 보아 이 사건 취득세와 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 첫째, 이 사건 제1쟁점토지는 ○○대학교의 생명자원 과학대학 등을 이전하기 위한 부속토지로서 취득과 동시에 국토이용계획변경, 개발행위신고, 건축설계계약 등 대학이전을 위한 정상적인 노력을 다하였으나, 처분청의 문화재보존대책 통보와 매장문화재 발굴 등의 요청으로 인하여 취득일로부터 3년이내에 고유목적사업에 직접 사용하지 못하였으므로 이는 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있지만, 구 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호라목에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 취득한 날로부터 3년이내에 정당한 사유가 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법인의 비업무용토지로 본다고 규정하고 있으므로 동 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우(같은 취지의 대법원 판례 1993.2.26. 92누8750)를 뜻하고 있으므로, 청구인은 이 사건 제1쟁점토지를 1996.12.30.과 1997.3.21. 취득한 후 1998.7.4. 국토이용계획변경승인 결정통보(도시 58214-976)를 받았으며 이로부터 캠퍼스 신축 등이 가능함에도 무단점유자에게 무단점유 반환 및 철거를 요청하는 내용증명 우편물만 발송한 상태에서 아무런 조치를 취하지 아니하고 토지 취득일로부터 4년 8개월이 경과한 2001.12.6. 제3캠퍼스 신축건물에 대한 설계계약을 체결하여 취득일로부터 5년이 경과한 2002.6.21. 건축허가 신청을 하였을 뿐만 아니라 문화재보존대책 통보 역시 이 사건 토지 취득일로부터 5년이 경과한 2002.6.10. 통보받은 것 등을 미루어 보면 청구인은 이 사건 제1쟁점토지 취득일로부터 3년이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없고, 둘째, 이 사건 제2쟁점토지는 취득일(1997.1.20)로부터 3년이내에 동국대학교 불교병원의 부속주차장으로 사용하고 있으므로 이는 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 이 사건 제2쟁점토지 취득일로부터 5년이 경과한 2002.9.3. 처분청의 세무담당공무원(지방세무7급 ○○○외 1인)의 현지출장복명서에서 동 토지상에는 컨테이너 등이 적재된 상태에서 방치되어 있는 사실이 입증되고 있으므로 이 사건 제2쟁점토지 역시 법인의 비업무용토지에 해당된다고 보아야 하고, 셋째, 청구인은 이 사건 제3쟁점토지 2,860㎡는 지목이 농지인 “전”이지만 그 위치가 ○○대학교 ○○병원의 부속토지내에 위치하고 있어 병원신축과 연계하여 지목을 변경하여야 하므로 다른 필지의 병원부속토지와 함께 취득일로부터 3년이내에 병원 건축물을 착공하였기 때문에 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 이 사건 제3쟁점토지 2,860㎡ 중 648㎡는 병원부속토지에 포함되지 아니하였지만 2,212㎡는 병원부속토지내에 위치하고 있어 다른 병원부속토지와 연계하여 취득일로부터 3년이내에 병원 건축물이 착공된 이상 비록 1년이내에 지목을 변경하지 못하였다고 하더라도 이는 고유목적사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보아 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 할 것으로 판단되며, 넷째, 청구인은 이 사건 제1토지 및 제2토지와 연접되어 있는 토지 8,651㎡ 중 1,179㎡는 도로로 편입된 토지로서 2002.6. 기부채납에 따른 협약서를 제출하였기 때문에 이는 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 동 토지 1,179㎡는 교통영향평가시 도로로 편입된 토지로서 2002.6. 기부채납에 따른 협약서가 처분청에 이미 제출되어 있었고 사실상 이용현황도 일반차량이 통행하는 도로의 일부에 편입된 사실이 제출된 협약서 및 현황사진 등에서 입증되고 있으므로 도로로 편입된 토지 1,179㎡는 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 할 것으로 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 9. 29.

행 정 자 치 부 장 관