가. 청구인은 1997.6.30. 취득한 OOO 재건축 조합원 입주권(이하 “종전주택”이라 함)으로 같은 동 23 소재 OOO(2002.2.16. 사용승인, 이하 “신축주택”이라 함)를 분양받아 보유하다가 2006.1.9. 양도한 후, 신축주택을 취득하여 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우로서 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 따라 이에 대한 양도소득세가 면제된다고 보고 2006.1.25. 2006년 귀속 양도소득세 OOO원 전부를 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득은 양도소득세 감면대상이 아니라고 보고 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 감면소득금액 계산식 중 분모의 취득당시 기준시가에 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 2012.8.27. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.25. 이의신청을 거쳐 2012.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

양도소득세 감면대상 소득금액을 계산함에 있어 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서는 분자와 분모에 ‘취득당시 기준시가’를 동일하게 규정하고 있음에도, 처분청이 분자는 ‘쟁점주택 취득당시의 기준시가’로, 분모는 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’로 각각 다르게 해석·적용한 결과 종전주택의 양도소득에 대하여는 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 것은 부당하다.

과세관청이 신축주택을 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우는 양도소득세 전부가 감면된다는 취지로 해석하고 과세해오다가 이를 뒤집고 신축주택을 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우라도 종전주택의 양도소득은 양도소득세 감면대상이 아니라고 해석하는 것은 새로운 해석에 의하여 소급하여 과세한 것으로서 소급과세금지 원칙에 반한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3 등의 명문의 규정상 양도소득세 감면대상이 되는 것은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않으며, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법 시행령」 제40조에서 규정하고 있는 산식에 의하여야 하는바, 동 산식 중 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보고 이를 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 경정결의서(양도소득세 결정결의 검토표 포함) 및 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 종전주택을 취득한 후 이를 재건축하여 쟁점주택이 사용승인되자 이를 양도하였고, 그에 따라 발생한 양도소득 전액에 대하여 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

(나)이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 또는 나대지 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산출하였다.

OOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOOOO

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 타당하고 위 시행령 조항을 적용할 수 없다거나 신의성실원칙 등을 위배한 처분이라는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다고 할 것이다.

(가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상이라고 할 것이다.

(나) 한편, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(나)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다.

<감면대상 소득금액 계산식>

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(다) 한편,「국세기본법」15조는 국세공무원이 직무를 수행할 때 신의에 따라 신의에 따라 성실하게 하여야 함을 규정하고 있고, 같은 법 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(청구인은 서일46014-10612, 2002.5.8.등을 제시하였다)이 쟁점주택 취득 이전에 발생한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 세법의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다거나 그러한 신뢰에 반하여 이 건 과세를 하였다고 볼 수는 없다 할 것이다(조심 2012서3605, 2012.10.11. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.