청구법인은 2003.7.12 OOOOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액 12억원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 관련매입세액을 공제하여 2003년 2기분 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 청구외법인이 쟁점세금계산서를 폐업한 후에 발행하였다는 이유로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 2004.3.15 청구법인에게 2003년 2기분 부가가치세 160,608,000원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004.5.31 이의신청을 거쳐 2004.9.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 청구외법인이 제작한 반도체장비 TEST HANDLER 6대(이하 “쟁점기계”라 한다)를 청구외법인으로부터 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였는데 처분청은 청구외법인이 2002.7.31 사실상 폐업한 법인으로 보고 2003.7.12 수취한 쟁점세금계산서가 폐업자로부터 교부받은 세금계산서라는 이유로 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였으나

청구외법인은 2002년 7월이후에도 직원들에 대한 갑종근로소득세 신고, 2002년 2기 확정 및 2003년 1기 예정분 부가가치세 신고, 2003.6.30 법인세 정기신고를 필하였을 정도로 정상영업활동을 한 법인이고, 설령 쟁점세금계산서 교부전에 청구외법인이 직권폐업조치되었다 하더라도 청구법인이 청구외법인의 직권폐업된 사실을 인지하지 못한데에 대하여 귀책사유가 없어 청구법인은 이 건 거래시 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구외법인은 2003.6.30 직권폐업된 법인으로 2002년 10월부터 폐문상태로 전기검침상 거의 전기를 사용한 사실이 없을 뿐만 아니라 2003년 6월부터는 검침 자체도 불가능한 상태였으며,

대표자는 부도로 인하여 도피중이고, 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세도 신고 납부하지 않은 사실이 확인되는 바 이와 같이 폐업한 법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 폐업자로부터 교부받은 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 설립시 청구법인은 청구외법인의 영업 일부를 양수하였는 바 청구법인과 청구외법인간 2002.7.20 체결한 영업양도 및 양수계약서상 양수도대상 자산(계약서 제2조)은 “양도인의 전체자산 및 채권중 일부로 국한한다”라고 되어 있고, 양수도비대상 자산 및 협조사항(계약서 제3조)은 “양도인의 공장용 토지, 건물, 재고장비 6대(쟁점기계) 및 일부 집기, 비품, 공구 등은 양수인이 인수하지 않는다”라고 각각 규정하고 있다.

(2) OO세무서 조사담당공무원이 2004년 1월 작성한 이 건 조사관련 복명서에는 『청구외법인과 청구법인간에 2002.7.20 영업양도 및 양수계약을 체결하였고, 동 계약내용에는 토지, 건물, 쟁점기계 등을 제외하고 반도체장비 개발, 제조, 영업에 관한 모든 권리 및 종업원을 사실상 청구법인에게 양도하였으며, 청구법인은 동 법인을 양수받아 2002.8.1 개업하였으므로 청구외법인의 실제 폐업일은 2002.7.31이고,쟁점기계를 청구법인의 책임하에 (주)OOOOOO체로부터 2003.6.10 발주를 받아 2003.7.15 1,380백만원에 납품하였고, 2003.7.25 대금 1,518백만원을 받아 청구법인계좌에 입금하였다가 입금즉시 박OO(청구외법인 전 대표)에게 1,430백만원 송금하였는 바 청구법인은 2002.7.31 사실상 폐업한 청구외법인으로부터 2003.7.12에 1,200백만원(공급가액)의 세금계산서(쟁점세금계산서)를 수취하였으므로 이에 대한 매입세액을 불공제하고자 함』이라는 내용이 기재되어 있다.

(4) 청구외법인의 고문회계사로 근무하였던 공인회계사 설OO이 2004년 6월 작성한 확인서에는 “설OO 본인이 청구외법인의 고문회계사로 일하면서 2002.4.1～2003.3.31 사업연도에 대한 법인세 외부조정을 하여 2003.6.30 법인세 신고를 대행한 바 있고, 부가세 신고업무 및 기장은 자체적으로 한다하여 신고대리를 한 적이 없음. 청구법인과 청구외법인의 쟁점기계거래에 따른 세금계산서 발행일인 2003.7.12시점 이후에도 청구외법인의 경리담당자가 합계잔액시산표 및 대출금 반환 등의 자료를 팩스로 보내주는 등 정상적인 사업자로 판단되었음”이라는 내용이 기재되어 있다.

(5) 청구외법인의 법인등기부에는 2002.12.3 대표이사 및 이사진이 변경 등기되었고(대표이사 이OO → 최OO), 2002.4.1～2003.3.31 사업연도 주식변동상황명세서에는 최OO 등이 나OO 등으로부터 동기간중 청구외법인의 주식을 취득한 것으로 기재되어 있다.

(6) 청구외법인 경리직원 방OO가 2004.8.23 작성한 확인서에는 “청구외법인의 2002.4.1～2003.3.31 사업연도(14기) 법인세 신고는 직접 할 수가 없어서 OOOOOO의 설OO 공인회계사에게 법인세 외부조정을 의뢰한 바 있고, 청구외법인의 매출세금계산서중 2003.7.12자 발행 쟁점세금계산서는 손OO 감사의 지시로 본인이 직접 작성하여 심OO사장(청구법인 대표)에게 전달하였다”는 내용이 기재되어 있다.

(7) OOO 전산자료(TIS)에는 청구외법인의 직권폐업일은 2003.6.30, 그 처리일은 2003.10.20로 나타나 있다.

(8) 청구외법인이 쟁점세금계산서를 폐업한 후에 발생한 것으로 보고 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분청의 이 건 처분에 대하여 청구법인은 처분청에서 사실상 폐업일로 본 2002.7.31 이후에도 청구외법인은 각종 세무신고를 하는 등 정상적인 영업을 하였고 설사 쟁점세금계산서 교부전에 청구외법인이 직권폐업 조치 되었다 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서에 해당한다고 주장하고 있어 살펴보면,

쟁점기계 등 일부 자산과 부채 및 종업원 일부를 양수인인 청구법인이 인수하지 아니하는 조건으로 2002.7.20 영업 양도·양수 계약을 체결한 사실, 청구법인의 사업장에 대한 관리비 및 전화요금 등이 2003년 3월까지 지급된 것으로 장부에 나타나 있는 사실, 청구외법인이 2003년 1기까지 부가가치세를 신고하고 2002.4.1～2003.3.31 사업연도 법인세를 외부조정을 거쳐 2003.6.30 신고한 사실, 쟁점세금계산서 교부시점인 2003.7.12 이후에도 청구외법인의 경리담당자가 합계잔액시산표 등의 자료를 고문회계사에 송부한 사실, 청구외법인의 경리담당자(OOO)가 쟁점세금계산서를 작성하여 청구법인 대표에게 전달한 사실 등을 종합해 볼 때 쟁점세금계산서 교부시점에도 청구외법인이 사실상 영업활동을 계속한 것으로 보여지므로 쟁점세금계산서를 폐업자가 발행한 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있는 것으로 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.