가.청구인은 2009년～2011년 소유하던 토지가 OOO에 편입되어 OOO에 수용되자 다음과 같이 양도소득세 자진신고를 하면서 양도소득세 세액감면신청을 하였다.

OOO

나. 처분청은 감면한도 기획점검을 실시하여 청구인이 2011.5.26. 양도한 OOO가 「조세특례제한법」 제133조에 따른 감면한도 OOO을 초과한 사실을 확인하여 그 초과분 OOO 및 납부불성실가산세 OOO 합계 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 납부불성실가산세 부과처분에 불복하여 2015.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구일 현재까지의 국세청 「조세특례제한법 집행기준」 77-72-3(감면한도액 계산방법)에 의하면, 만기보상채권인 경우에만 5개 과세기간 감면한도액OOO이 적용되는 것으로 해석되는바 청구인은 위 기준을 믿고, 신뢰하여 현금보상 토지수용감면에 대하여 5개 과세기간 감면한도OOO와 별도로 감면신청을 한 것으로서 이 건 납부불성실가산세 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

집행기준의 상위법인 「조세특례제한법」이 명백하게 개정되어 있음에도 불구하고 개정세법을 반영한 집행기준이 미비하다는 것을 납세의무자가 알지 못하였다는 정당한 사유라고 본다면 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위한 가산세의 본래 목적과 행정상의 제재목적도 달성할 수 없고, 달리 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적 견해표명을 하였다고 보기 어려우므로 이 건 가산세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」에 따른 공익사업용 토지 양도소득 감면시 현금 및 일반채권 보상의 경우 그 한도에 대한 국세청 집행기준이 명확하지 않으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인은 양도소득세 신고시 감면신청은 처분개요와 같고, 청구일 현재까지의 국세청 「조세특례제한법 집행기준」 77-72-3에 의하면, 만기보상채권인 경우에만 5개 과세기간 감면한도액OOO이 적용되는 것으로 해석되므로 청구인은 현금보상 토지수용감면에 대하여 5개 과세기간 감면한도OOO와 별도로 감면신청을 한 것이다.

(나)위 기준은 그동안 수차례 개정을 거쳐 이 건 청구일 현재에도 아래와 같이 만기보유채권 수용인 경우에만 5개 과세기간 감면한도OOO를 적용한다고 되어 있다.

(다)2010.12.27. 「조세특례제한법」 제133조가 일부 개정되면서, 2011년 개정세법 개정취지에 현금, 일반채권 보상의 경우 양도세 감면한도가 5년간 OOO으로 감면한도가 추가 되었다는 내용만 있을 뿐이고, 위 집행기준에 의하면 청구인의 감면신청내용이 정당한 것으로 명확하게 해석되어 있어 양도소득세 자진신고 이후 이번 고지결정전까지 본인의 신고가 정당한 것으로 믿고 있었다.

(라) 청구인이 최근 국세종합상담센터에 별도로 질의를 하자 이제서야 집행기준에 오류가 있어 앞으로 수정예정이라는 무책임한 회신을 하였는바,청구인의 입장에서는 그동안 수차례에 걸쳐 개정되어 현재에 이른 국세청의 위 기준을 신뢰한데 대하여 어떠한 귀책사유도 없다. 만일, 위 기준이 현재와 다르게 규정되거나 이른시기에 제대로 수정되었다면, 청구인은 당초 청구인의 세액감면신청세액을 다르게 신고 또는 추후 수정신고를 통하여 과소납부한 세액(가산세 포함)을 추가신고·납부하였을 것인데도 위 기준을 믿고, 신뢰하여 납세의무를 이행한 결과, 기간경과로 인한 과다한 불이익까지 더해진 추가결정세액을 전부 부담해야 한다는 것은 부당한 처분이다.

(2) 처분청은 집행기준의 상위법인 「조세특례제한법」이 명백하게 개정되어 있음에도 불구하고 개정세법을 반영한 집행기준이 미비하다는 것을 가산세를 면제할 정당한 사유라고 본다면 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위한 가산세의 본래 목적과 행정상의 제재목적도 달성할 수 없고, 달리 「국세기본법」상 신의성실원칙에 위배되지 아니한다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것인바, 2010.12.27. 개정된 「조세특례제한법」 제133조를 보면 제1항 제2호 나목이 신설되고 기존 나목이 다목으로 변경되면서 기존 나목의 “제77조(100분의 40및 100분의 50의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)”에서 그 괄호가 삭제된 것으로 나타나는 점, 이에 따르면 공익사업용 토지 양도시 현금 및 일반채권 보상에 대하여 5년간 3억원의 감면한도가 적용되는 것이 명확해 보이는 점 등에 비추어 같은 법 집행기준의 오류 또는 불명확으로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 국세기본법

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부개정된 것)

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제77조[공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.(각 호 생략)

제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 15 및 100분의 20의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 5개 과세기간의 제70조 및 제77조(100분의 15 및 100분의 20의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조 또는 제77조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(3) 조세특례제한법(2010.10.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것)

제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 5개 과세기간의 제69조, 제70조 또는 제77조(100분의 40 및 100분의 50의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액