처분청은 학교법인인 청구인이 1998.6.18.부터 2003.4.7.까지 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 33필지의 토지 30,222.96㎡ 중 같은 동 591-1번지외 1필지의 토지 16,528.40㎡ 상에 기숙사용 건축물 16,992.43㎡(이하 “○○관”이라 한다)를 2000.11.7. 신축하고, 같은 동 58번지외 31필지의 토지 13,694.56㎡ 상에 기숙사용 건축물 14,075.72㎡(이하 “○○관”이라 한다)를 2004.2.10. 신축한 후 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 학교용에 직접 사용하는 부동산으로 하여 취득세 및 등록세 등을 비과세 받았으나 2005.6.20. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사보 김○○외 1인)의 현지 확인에서 매원관 건축물 16,992.43㎡ 중 858.4㎡는 2002.3.1.부터 사임당관 건축물 14,075.72㎡ 중 981.10㎡는 2004.3.1.부터 청구외 ○○주식회사(대표이사 이○○)등에게 임대하고 있으므로 임대한 건축물 1,839.5㎡와 그 부속토지 1,785.79㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)의 취득가액 2,253,650,549원에 지방세법 제112조 및 구 같은법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제131조제1항제3 및 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 57,975,960원, 농어촌특별세 4,957,990원, 등록세 28,105,060원, 지방교육세 5,174,890원, 합계 96,213,900원(가산세 포함)을 2005.9.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ○○대학교를 운영하는 학교법인으로서 학생들과 교직원들의 필수적 후생복지시설인 식당 등을 직접 운영하는 것이 불가하여 부득이 이 사건 부동산을 실비변상적인 범위 내에서 임대하여 식당, 이발소, 세탁소 등을 운영토록 하고 있으나, 징수한 임대료 전액을 기숙사 건축물의 유지관리비에 사용하고 있으므로 이는 학교용에 직접 사용하고 있는 부동산으로 보아야 하고 또한 이 사건 부동산의 부속토지 1,785.79㎡ 중 8,987㎡는 2000.6.7. 이전에 취득하였으므로 취득일로부터 자진신고 납부기한인 30일이 경과한 날부터 5년이 경과한 2005.9.15. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 지방세법 제30조의4의 규정에 의하여 부과 제척기간이 경과한 후에 부과 고지한 것이므로 이에 대한 취득세 등은 당연히 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 신축한 건축물 일부를 임대하고 있는 경우에 기 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부 등에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조 본문에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일, 등기·등록일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그해당부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있고 같은법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다라고 규정하고 그 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자라고 규정하고 같은법시행령 제78조의2제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다라고 규정하고 있고, 같은법 제30조의4제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 그제3호에서 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제14조의2제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음 날이 법 제30조의4제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날이라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.6.18.부터 2003.4.7.까지 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 33필지의 토지 30,222.96㎡ 중 같은 동 ○○번지외 1필지의 토지 16,528.40㎡ 상에 기숙사(○○관)용 건축물 16,992.43㎡를 2000.11.7. 신축한 후 2002.3.1.부터 동 건축물 중 858.4㎡를 청구외 ○○주식회사(대표이사 이○○)외 2인에게 임대하고 2004.2.10. 신축한 같은 동 58번지외 31필지의 토지 13,694.56㎡ 상의 기숙사(○○관)용 건축물 14,075.72㎡ 중 981.10㎡를 2004.3.1.부터 청구외 ○○주식회사(대표이사 이○○)외 2인에게 임대함에 따라 임대한 이 사건 부동산을 수익사업용 재산으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 처분청은 이 사건 부동산을 임대하여 매년 임대료(2001년도 : 67,198,550원, 2002년도 : 105,800,000원, 2003년도 : 117,727,280원, 2004년도 : 118,909,090원, 2005년도 : 174,000,000원)를 받고 있으므로 이는 학교용 기본재산이 아니라 수익사업용 재산으로 판단하고 있고 청구인은 학생들과 교직원들의 필수적 후생복지시설인 식당 등을 직접 운영하는 것이 불가하여 부득이 이 사건 부동산을 임대하게 되었고 징수한 임대료 전액을 기숙사 건축물의 유지관리비로 사용하고 있으므로 이는 학교용에 직접 사용하고 있는 부동산이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면 이 사건 부동산은 청구인이 경영하는 ○○대학교의 캠퍼스 내에 위치하고 있고 이 사건 부동산을 임차한 청구외 (주)○○(대표이사 이○○) 등이 식당, 이발소, 세탁소, 매점 등을 운영하고 있어도 인근주민들이 거의 이용하지 아니하며 기숙사에 거주하는 학생들(○○관 : 880명, ○○관 : 700명)이나 일반학생 등이 주로 이용하고 있고, 각 시설 이용요금도 대체로 시중가격보다 저렴(한식 정식의 경우 학생, 교직원 : 2000원)하게 운영하고 있을뿐만 아니라 임대수입도 기숙사의 청소용역 및 시설 관리용역비 등으로 사용한 사실이 청구인의 회계장부상 복리후생비 및 시설용역비 등의 계정과목에서 입증되고 있는 점등을 미루어보면 이 사건 부동산은 기숙사 거주 학생들과 일반 학생들의 후생복지를 위한 시설로서 교육사업에 사용되는 것으로 보아야 할 것이다.(같은 취지의 판례, 대법원 2004두9265, 2006.1.13.)

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27.

행 정 자 치 부 장 관