청구법인은 1990.10.1 기업공개(상장)를 하기 위해 자산재평가를 실시하고, 그 재평가차액에 대하여 자산재평가세로 1990.12.28 6,300,000,000원, 1991.11.29 6,213,027,680원을 납부하고 동 재평가차액을 익금불산입하여 1990사업연도 법인세를 신고하였으나, 기업공개시한인 2003.12.31까지 한국증권거래소에 상장을 하지 아니하였다.

처분청은 청구법인이 1990사업연도 법인세 신고시 익금불산입한 재평가차액을 임의평가차익으로 보아 2004.4.16 청구법인에게 1990사업연도 법인세 등 156,843,073,190원(가산세 포함)을 결정고지함과 동시에 자산재평가세에 대한 부과처분을 취소하고 기납부한 재평가세 12,513,027,680원과 납부일의 다음날(1990.12.29 및 1991.11.30)부터 환급결정일(2004.4.29)까지의 환급가산금 15,355,490,890원을 청구법인에게 환급결정하였다.

이에 청구법인은 위 2004.4.16자 법인세 부과처분에 대하여 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005.5.10 위 법인세 부과처분 중 가산세는 취소하도록 결정하였다.

처분청은 위 심판결정에 따라 법인세의 가산세는 취소하고, 재정경제부장관의 유권해석(OOOOOOOOO, 2006.3.22)에 따라 청구법인에게 기 환급하였던 자산재평가세의 환급가산금 15,355,490,890원 중 2004.4.1부터 2004.4.29까지의 환급가산금 43,545,336원을 제외한 나머지 환급가산금 15,311,945,550원(이하 “쟁점환급가산금”이라 한다)을 환수하는 이 건 부과처분을 2006.5.24 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.8.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2003.12.31자 이 사건 자산재평가의 취소로 인하여 발생한 자산재평가세의 환급은 국세기본법 제52조 제1호의 규정에 따른 것이므로환급가산금의 기산일은 납부일의 다음날이 되는 것이고, 청구법인은 당초 1990.12.28 자산재평가세 6,300,000,000원, 1999.11.29 자산재평가세 6,213,027,680원을 납부하여 환급가산금의 기산일인 1990.12.29및 1991.11.30부터 환급결정일인 2004.4.29까지의 기간에 대한 환급가산금 15,355,490,890원을 환급한 처분청의 2004.4.29자 환급결정한 처분이 정당한 것임에도 처분청이 재정경제부 유권해석을 근거로 2004.4.1부터 2004.4.29까지의 기간에 대한 환급가산금만 환급하고나머지 기간에 대한 쟁점환급가산금 15,311,945,550원을 환수한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

이 건은 청구법인이 당초 납부한 재평가세액의 경정이나 취소사유의 발생으로 인한 당초 부과처분이 무효로 됨에 따라 국세환급금이 발생한 것이 아니라(기 납부한 재평가세는 과납금의 성격이 아님) 2003.12.31이 되어서야 법인세 감면세액의 징수사유가 발생하였듯이 환급도 이때가 되어서야 비로서 새로운 환급사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하고, 이 기간동안에는 납세자가 신고·납부할 수 없었듯이 과세관청에서도 부과징수 및 환급의 그 어떠한 결정도 할 수 없었던 것이다.

또한, 법인세와 재평가세의 징수·환급문제는 구 조세감면규제법 제52조의 2의 규정에 의하여 동시에 발생되는 것으로서 각각의 개별적인 과세요건에 따라 별도로 구분되어 결정되는 것이 아니며, 기업공개라는 동일한 조건의 이행여부에 따라 그 사유가 동시에 발생되는 것으로서 법인세의 가산세 부과여부와 재평가세의 환급가산금 지급여부는 동일한 잣대에 따라 결정되어져야 하는 것으로 징수할 사유가 발생한 사업연도의 과세표준 및 세액의 신고기한까지 가산세를 부과할 수 없다는 국세심판원의 결정이 있었으므로 동일한 기준에 따라 환급가산금 또한 동 기한 이후부터 지급하여야 함이 형평 차원에 있어서도 올바른 법의 적용이라 판단된다. 그리고 법인세의 가산세와 재평가세의 환급가산금을 관련시킬 수 없으면 기업미공개로 법인세를 징수할 사유가 발생한 경우 감면하였던 법인세만 징수하면 종결(재평가세 납세의무 성립은 1990년도 이므로)된다는 논리가 성립되므로 기 지급한 재평가세 또한 전액 환수되어야 한다는 결과가 되므로 청구주장은 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

기납부한 자산재평가세가 과납금에 해당되어 환급하는 경우, 환급가산금은 납부일의 다음날부터 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제52조【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다. (2003. 12. 30. 후단신설)

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. (2000. 12. 29 개정)

3. 적법하게 납부된 국세에 대한감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일

5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 기업공개(상장)를 하기 위해 1990.10.1을 재평가일로 하여 자산재평가를 실시하고, 그 재평가차익에 대하여 자산재평가세로 1990.12.28 6,300,000,000원, 1991.11.29 6,213,027,680원을 납부한 사실 및 동 재평가차익을 익금불산입하여 1990사업연도 법인세를 신고하였으나, 기업공개시한인 2003.12.31까지 한국증권거래소에 상장을 하지 아니한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구법인이 1990사업연도 법인세 신고시 익금불산입한재평가차액을 임의평가차익으로 보아 2004.4.16 청구법인에게 1990사업연도 법인세 등 156,843,073,190원(가산세 포함)을 결정고지함과 동시에 자산재평가세에 대한 부과처분을 취소하고 기납부한 재평가세 12,513,027,680원과 납부일의 다음날(1990.12.29 및 1991.11.30)부터 환급결정일(2004.4.29)까지의 환급가산금 15,355,490,890원을 청구법인에게 환급결정하였다가 청구법인에 부과된 2004.4.16자 법인세 중 가산세가 2005.5.10국세심판원으로부터 취소결정(OO OOOOOOOOO)을 받자 위 심판결정에 따라 법인세의가산세는 취소하고, 재정경제부장관의 유권해석(조세정책과-363,2006.3.22)에따라 청구법인에게 기 환급하였던 자산재평가세의 환급가산금15,355,490,890원 중 2004.4.1부터 2004.4.29까지의 환급가산금43,545,336원을 제외한 쟁점환급가산금 15,311,945,550원을 환수하는 이건 부과처분을 한 사실이 처분청이 제출하는 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 국세환급가산금 관련법령인 국세기본법 제52조를 살펴보면, 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일(그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일), 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일, 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일의 다음날부터 지급결정을 하는 날까지의 기간에 해당하는 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하도록 규정하고 있으며,

재정경제부 예규(OOOOOOOOO, 2006.3.22)에서는 동일한 자산재평가차익에 대하여 감면한 법인세를 과세하면서 납부한 재평가세를 환급하는 경우 법인세 가산세와 재평가세 환급가산금은 서로 밀접한 관계에 있으므로 동 기간에 해당하는 법인세 가산세를 부과하지 아니한 경우에는 납부한 재평가세 환급가산금도 지급하지 아니한다고 해석하고 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인이 납부한 재평가세는 구 조세감면규제법 제56조의 2의 규정에 따라적법하게 납부한 세금으로 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 부과가 취소된경우에 해당되는 것으로 보기는 어려운 것으로 보여질 뿐만 아니라 동일한 자산재평가차익에 대하여 감면된 법인세 등을 과세하면서 납부한 재평가세를 환급하는 경우 법인세 등과 재평가세는 서로 밀접한 관련이 있는 것으로 판단되며, 청구법인이 주식 상장기한인 2003.12.31까지 주식을상장하지 아니함에 따라 처분청은 감면한 법인세 등을 과세하면서 미납부가산세를 가산하여 과세하였으나 국세심판결정(OO OOOOOOOOO,2005.5.10)에서 주식 상장기한인 2003.12.31이 속하는 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한까지는 미납부가산세를 징수할 수 없다고 결정함에 따라 동일한 자산재평가차익에 대하여 이미 납부한 재평가세를 환급함에 있어서 법인세 등 가산세를 징수하지 아니한 기간에 해당하는 기간에 대하여는 환급가산금도 가산하지 아니한 것이 적법한 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 쟁점환급가산금을 납부하도록 고지한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 5월 17일

주심국세심판관 이 영 우

배석국세심판관 이 광 호

남 궁 훈

이 전 오