가. 청구인은 2002.8.29. OOO동 615외 4필지 토지를 매매로 취득하여 2010.4.27. 한국토지주택공사에 양도(수용)한 후, 2011.10.13. OOO동 441-1 답 2369㎡를 취득하였으며, 양도 물건 중 OOO동 615 대지 736.3㎡(이하 “쟁점주택부수토지”라 한다) 및 동소 OOO동 616 전 478㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 각각 주택부수토지 면적 증가 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2012.12.31. 2010년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구인의 경정청구에 대한 현장확인을 실시하여 쟁점주택부수토지는 주택부수토지로 보아 경정청구를 인용하였으나, 쟁점토지에 대하여는 농지대토 감면요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2006년부터 현재까지 단위농협의 조합장으로 재직하고 있으나, 조합장은 농민만 선출될 수 있으며 비상근직이고 직장 및 거주지가 쟁점토지와 가까워 경작에 어려움이 없으며, 영농자재 구입내역, 수확물 판매내역, 면세유 대장 등으로 자경이 입증되며 대체취득한 농지가 감면요건을 충족하므로 쟁점토지는 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는바, 청구인의 경정청구를 받아들여야 한다.

나. 처분청 의견

2006년부터 단위농협의 조합장인 청구인은 2007년 이후 연평균 총급여액이 OOO천만원 이상이며, 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정은 농촌의 균형발전을 도모하기 위하여 농민을 지원하기 위한 세제라는 점에 비추어 청구인을 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것으로 볼 수 없으며, 쟁점토지는 쟁점주택부수토지와 필지는 다르나 사실상 한울타리 내에 있어 같은 주택부수토지로 보이며, 주택부수토지의 범위 내에서 부분적으로 텃밭을 경작하였다하여 자경농지로 볼 수 없는 바, 양도소득세 대토감면을 부인한 당초 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도가 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구인은 당초 쟁점주택부수토지 대지 798㎡에 대하여는 등기부등본의 주택면적 101.12㎡의 5배(505.6㎡)를 적용하여 1세대1주택 비과세신고를 하였으나, 주택의 정착면적이 147.26㎡로 확인되어 경정청구를 하였으며, 처분청 확인결과, 한국토지주택공사의 지장물조사서 및 평면도상 주택 정착면적이 147.26㎡로 주택면적의 5배인 736.3㎡를 1세대1주택 부수토지로 적용하였다.

(나) 청구인의 사업이력을 확인한 바, 다음 표와 같이 2006년부터 단위농협의 조합장으로서 6개의 농업협동조합과 각 지점 및 2009년 개업한 OOO주유소를 운영하고 있는 것으로 확인된다.

OOO

(다) 국세청 전산자료에 의하면 청구인의 소득발생 내역은 아래 표와 같다.

OOO

(2) 처분청은 과세근거로 쟁점토지는 지목상 전이나 주택이 위치하는 쟁점주택부수토지와 연접해 있고, 높이 180㎝의 담(울타리)에 둘러쌓여 있으며 전체 면적 478㎡ 중 1/2은 주택부수토지, 나머지 1/2은 텃밭으로 사용한 것으로 확인되고 있으며, 쟁점토지는 쟁점주택부수토지와 필지는 다르나 사실상 한울타리내에 있어 주택부수토지로 보이며, 주택부수토지의 주용도에 지장이 없는 범위 내에서 잠정적으로 토지를 이용한 것에 불과한 것으로 텃밭의 경작부분을 특정하여 자경농지로 볼 수 없으며, 청구인은 2006년부터 농업협동조합 대표자로 2007년 이후 연평균 근로소득수입금액이 OOO원을 초과하는 점 등을 이유로 양도소득세 대토감면을 부인하였다.

(3) 청구인은 2006년 OOO농협의 조합장으로 취임하여 현재까지 재직 중에 있으나, 농업인이며 조합원의 투표로 선출된 비상근임원으로서, 조합장으로 재직한다고 하여 직접 경작을 못할 이유가 없으며, 쟁점토지는 조합장으로 재직 중인 OOO농협본점에서 쟁점토지까지의 거리가 직선거리로 4.54km에 불과하여 경작에 어려움이 없고, 청구인은 과거부터 전업 농민이었으며, 영농자재구입내역서와 같이 농협에서 2003년부터 2012년까지 비료, 농약, 종자 등을 구입하여 왔고 농업용비닐하우스 35m2(쟁점토지 내 위치) 등을 보유하다가 2012년 11월 지장물보상을 받았으며, 2009년부터 2012년까지 출하한 판매내역서가 확인되는 등 직접 자경이 입증되므로 대체취득한 농지가 감면요건을 충족하므로 청구인의 농지대토는 양도소득세 감면대상에 해당된다고 주장하고 있다.

(4) 청구인은 쟁점토지에 대한 자경을 입증하기 위하여 조합원증명서, 영농자재 구입관련 거래자별상품매출집계(2003년～2012년), 수용확인원, 매입내역통합조회서(2009년～2012년), 면세유류관리대장(2004년～2012년) 등을 제출하였다.

(5) 「조세특례제한법」 제70조에는 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정으로 농지 소재지에 거주하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 경작상의 필요에 의하여 농지로 대토함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 되어 있으며, 같은 법 제67조에는 그 감면요건으로 농지소재지에서 3년이상 직접 경작하여야 하며, 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우에 해당하여야 한다고 규정하고 있다.

(6) 위의 사실관계 등을 종합적으로 살펴보면, 농지대토 감면은 전업농이 계속하여 농업에 종사할 수 있게 하여 농업의 발전을 도모하고자 하는 취지라는 점에서 볼 때, 청구인은 OOO농업협동조합의 조합장으로서 OOO농협 본점과 농협지점 5개 및 농협주유소 1개 지점을 관리하고 있으며 2007년 이후 연평균 근로소득수입금액이 OOO원을 초과하고 있는 점, 쟁점토지가 쟁점주택부수토지와 사실상 한 울타리 내에 있어 주택부수토지로 보이는 점, 조세특례규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 그 특례요건을 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 할 것으로 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정은 농촌의 균형발전을 도모하기 위해 세제측면에서 지원한다는 점에 비추어 타 직업에 종사하지 아니하고 농업을 영위하는 사람에 한정하여야 할 것이라는 점 등을 종합할 때, 처분청이 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 이 건 과세 처분한 것은 정당한 것으로 보여진다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.