가. 처분청은 2012.6.1 과세기준일 현재 청구인이보유하고 있는 OOO 593.86㎡ 등 과세물건에 대하여 종합부동산세액 계산시 재산세액을 공제함에 있어,청구인이「종합부동산세법시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항내지 제2항의 종합부동산세 과세대상부동산의 과세표준에 대하여종합부동산세 과세대상분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액을 과세기준금액 초과금액, 재산세 공정시장가액비율, 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 곱하는 방법으로하여, 2012.11.23. 청구인에게2012.6.1과세기준일 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.

나.청구인은 이에 불복하여 2013.2.21.이의신청을 거쳐 2013.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2009.9.23. 개정된「종합부동산세법 시행규칙」별지 3호 서식에 의하여 종합부동산세를 계산한 것은 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과한 것으로 동일 부동산에 대하여이중과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이며 이러한 방법에 의하여산정된 종합부동산세액에 기초한 농어촌특별세의 부과처분 역시 정당금액을 초과한 부분에 대하여는 이를 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것이다. 그런데 종전법에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분(과세 기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비율(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율)을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써, 종전법에 따를 경우 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 [(공시지가 - 5억 원 등) x (1 - 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이 같은 불합리를 개선하기 위하여 개정법은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 주택 등 재산세로 부과된 세액만 공제할 재산세액으로 개정하였다. 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에, 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세의 계산시 공제되는 재산세를 종합부동산세공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법·부당한 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법

제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제9조【세율 및 세액】③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의 2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의4【공정시장가액비율】①법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】

법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법

제187조【과세표준】① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

(4) 지방세법 시행령

제138조【공정시장가액비율】법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「종합부동산세법 시행령」제5조의3에 규정된 재산세 공제액산출방식에 대하여 과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 “과세대상인 토지분 과세표준”으로 개정된 것을 반영하여 기 납부한 재산세 부과세액 합계액에서과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한재산세 상당액이 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액에서 차지하는 금액을 종합부동산세에서 공제하는 방식으로 하여 과세한 것으로 나타난다.

(2) 이에 대하여청구인은 기 납부한 재산세액의 합계액에서 과세기준을 초과한 금액에 상당하는 재산세 비율만큼을 공제함이 타당함에도 종합부동산세 공정시장가액비율을 한번 더 곱함에 따라 동 초과금액 중 종합부동산세 공정시장가액비율에 상당하는 가액만큼을 축소하여 ‘공제대상 재산세액’를 계산함에 따라 최종적으로 종합부동산세액을 증가시킨 이 건 처분은 이중과세에 해당하므로 위법·부당하다고 주장하고 있다.

(3) 「종합부동산세법」제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」제187조 제1항에 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세로부과된 세액의 합계액 중 주택 또는 종합·별도합산과세대상 토지를 합산하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있으며,「종합부동산세법 시행규칙」별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령7번에“과세표준 표준세율 재산세액”을“(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”로 계산하도록 하도록 규정하고 있다.

(4) 살피건대,「종합부동산세법」상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 이중과세 문제를 조정하는 것에 입법취지가 있다 할 것인 바, 같은 법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 또는 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라 하겠다.

따라서, 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세를 산정할 때종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 적법·타당한 것으로 판단된다(조심 2011서651, 2011.3.28.외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.