가. 청구인은 1990.3.25. 취득하여 보유하던 OOO 제2동 204호(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축사업으로 취득한 OOO 201호(관리처분일 2001.9.27. 사용승인일 2002.12.31., 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2008.1.19. 양도한 후, 실지거래가액으로 양도차익을 산정(양도가액 OOO만원, 취득가액 OOO만원)하고「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 해당 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 조특법 제99조의3에 의한 감면대상소득이 아닌 것으로 보아 2012.6.14. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.12. 이의신청을 거쳐 2013.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하기 위하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 계산식을 적용하면서 분자부분의 취득당시의 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하고, 분모부분의 취득당시의 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 있으나, 이는 같은 문언에 서로 다른 해석을 함으로써 조특법 제99조의3 제1항 본문에서 조합원 취득 신축주택과 비조합원 취득 신축주택에 대하여 차별함이 없이 감면범위를 동일하게 적용하도록 규정한 법리를 그르치고 있다.

(2) 처분청이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 계산식 중 취득당시의 기준시가를 조합원과 비조합원의 경우에 서로 다르게 해석하는 것은 아무런 합리적인 이유없이 조합원과 비조합원을 차별 대우하는 것이어서 조세공평주의에 위배된다.

(3) 처분청이 신축주택의 감면방법과 감면범위를 조합원과 비조합원 사이에 차별하여 적용하는 것이 법리의 오해 내지는 유추해석 또는 확장해석이므로 위법하다.

(4) 분자부분 및 분모부분의 취득당시의 기준시가는 당해 신축주택 취득당시의 기준시가라는 해석과 그 해석에 따른 감면신고 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여지고 대외적으로 표명된 것이므로, 그 관행에 의한 청구인의 이 건 신축주택의 양도소득세 감면은 정당한 것으로 보아야 하고, 설사 국세청의 예규(재산-227, 2009.1.20.)의 새로운 해석이 법리에 부합한다고 하더라도 새로운 해석을 소급적용하여 과세하는 것은 소급과세금지 규정을 위반한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축·재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 명시하고 있는바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득은 아래 산식과 같으며, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 적용하는 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30.).

(2) 처분청이 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득을 감면소득으로 본다’라고 명확히 규정한 적은 없으므로 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 소급과세금지 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조특법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부 및 소급과세금지의 원칙에 위반한 처분인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 국세기본법 제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1990.3.25. 종전주택을 취득하였고, 2002.12.30. 신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2007.12.29.이고, 신축주택을 2008.1.19. 양도한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 나타난다.

(2) 청구인이 신고하고 처분청이 경정한 감면소득 계산은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구인 신고시 및 처분청 경정시 계산한 감면소득금액

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 첫째, 청구인은 처분청의 이 건 감면소득이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 계산식을 적용하면서 분자부분의 취득당시의 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분모부분의 취득당시의 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용(조합원 취득 신축주택과 비조합원 취득 신축주택에 대하여 차별)하여 조세공평주의에 위반하고 법리를 오해 내지 확장해석하여 위법하다고 주장하나, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 「조세특례제한법 시행령」제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로(조심 2012서5386, 2013.04.10. 외 다수 같은 뜻임) 청구주장을 받아들이기 는 어렵다고 판단된다.

둘째, 청구인은 분자부분 및 분모부분의 취득당시의 기준시가는 당해 신축주택 취득당시의 기준시가라는 해석과 그 해석에 따른 감면신고 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여지고 대외적으로 표명된 것이므로, 새로운 해석을 소급적용하여 과세하는 것은 소급과세금지규정을 위반한 것이라는 주장이나, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르는 것을 말하는 것으로서(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있었다고 볼 수 없는바(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결, 참조), 이 건의 경우 과세관청이 납세자에게 청구주장과 관련한 공적인 견해를 표명한 것이라고 보기 어렵고, 국세청 예규는 신축주택 감면에 관한 새로운 해석이 아니라 조특법 제99조의3의 조항이 신설된 이후 시행되던 법령을 계속해서 적용하도록 명확히 한 것으로서 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니므로 처분청이 소급과세금지 원칙을 위배한 것으로 볼 수 없다고 판단된다(조심 2013서261, 2013.3.22., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.