가. 청구법인은 1990.4.25. 설립되어 2002.2.19. 코스닥시장에 상장된 사업자로서 2010.12.10. OOO 등 도매업을 영위하던 비상장법인주식회사 OOO가 우회상장을 위해 청구법인과 합병하여 2010.12. 22.상호를 주식회사 OOO로 변경하였고, OOO 도·소매업을 영위하고 있으며, 2013.5.28.부터 2013.10.21.까지 주식회사 OOO 외 7개 업체(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하는 한편, 같은 기간 주식회사 OOO 외 11개 업체(이하 “쟁점매출처”라 하고, ‘쟁점매입처’와 ‘쟁점매출처’를 합하여 “쟁점거래처”라 한다)에 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, ‘쟁점매입세금계산서’와 ‘쟁점매출세금게산서’를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하여 관련 매출세액과 매입세액을 해당 과세기간 부가가치세 신고시 이를 포함하였다.

나. 처분청은 2013.12.18.부터 2014.2.13.까지 청구법인에 대해 거래질서관련 조사결과 쟁점매입세금계산서와 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없이 거짓으로 수취 및 발행한 것으로 보아 2014. 7.1. 청구법인에게 부가가치세 2013년 제1기분 OOO원을 환급신청 하였으나 감액경정함).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것(대법원 2008.12.24. 선고 2007두20379 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청은 청구법인이 제출한 거래증빙자료가 허위 또는 조작된 것인지 밝히지 못하였고, 쟁점거래처로부터 청구법인의 매출 및 매입거래(이하 “쟁점거래”라 한다)가 허위라는 진술조차도 확보하지 못한 점, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 세금계산서, 금융거래내역, 거래 당시의 계근 사진 등 모든 거래증빙을 갖추고 있는데도 처분청은 가공거래로 볼 만한 명백한 근거 없이 가공거래로 보아 과세한 점, 청구법인의 입장에서 세부담 측면이나 상장유지를 위한 주가관리 측면에서도 위험성이 커 가공거래를 할 유인이 없는 점, 수원지방검찰청 안산지청은 처분청의 「조세범처벌절차법」에 따른 고발 사건에 대해 무혐의 종결처리 한 사실이 나타나는 점 등에 비추어 쟁점거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 거래상대방이 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 없는 경우 재화를 공급받는 자는 거래상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없는 것(대법원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결, 같은 뜻임)으로 청구법인은 쟁점매입처와의 거래 당시 현지출장을 통해 사업장, 집게차, OOO 재고 보유 여부 등을 확인하였고, 거래 전에 쟁점매입처로부터 사업자등록증, 납세완납증명서 등을 징구하였으며, 매입거래와 관련된 세금계산서, 통장거래내역, 계근 당시의 촬영사진 등 모든 거래증빙을 보관하고 있어 청구법인은 쟁점매입처와의 거래에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당되므로 쟁점매입세금계산서는 매입세액 불공제 대상인 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

청구법인은 실제 폐동을 거래하였다고 주장하고 있지만 폐동은 기존에 청구법인이 취급하던 주요 품목OOO에 해당하지 않는 점, 청구법인의 투자자 OOO이 회사의 외형을 높이려는 목적으로 OOO원을 투자하여 시작한 프로젝트에 의해 동종업계에 경험이 없는 OOO의 소개로 청구법인에 채용한 이후 OOO이 계획한 거래구조에 맞게 청구법인을 자료 양성화 단계로 활용한 것으로 보이는 점, 청구법인을 이미 매입처와 매출처간에 상호 거래가 발생하고 있는 거래단계에 끼워 넣어 비정상적인 거래행태(매입 후 즉시 매출, 첫 거래 업체와의 거래에서 선수금·선급금 수수, 운반비를 매입처에서 지급, 대금을 당일 내지 익일 사이에 수수, 계근의 모순)를 양산함으로써 아무런 부가가치도 창출하지 못한 채 자료 양성화의 도관 업체로 활용된 것으로 보이는 점, 청구법인은 조작 가능한 계근표, 대금증빙, 거래 사진 등을 증빙자료로 제출하여 실제 폐동을 거래한 것으로 주장하나 매입처 다수가 거래질서관련 조사를 받아 매입처로부터 실물 매입이 없이 세금계산서를 수취한 자료상으로 확정되었는바, 쟁점매입처의 실물 매입(무자료 매입)이 확인되지 않은 상태에서 청구법인이 도관업체에 지나지 않는다 할 것이고, 설령, 실물을 공급받았다고 주장하려면 위장거래에 따른 무자료 매입처(또는 매입처의 무자료 매입처)가 밝혀져야 할 것이나, 실물 공급처가 확인되지 않고 자금 흐름상으로도 무자료 매입은 확인되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서가 실물이 수반된 거래이고, 청구법인이 쟁점매입처와의 거래에 있어 선의의 거래당사자라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취 및 발행한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 선의의 거래당사자로서 쟁점매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서 등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

2.재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 ‘거래질서조사 보충조서’의 주요내용을 근거로 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 수취·발행한 세금계산서라고 주장하는바, 주요내용은 다음과 같다.

(나) 청구법인의 기본사항, 사업장, 대표자 등에 대한 조사결과는 다음과 같다.

(다) 쟁점거래의 거래내역에 대해 검토한 내용은 다음과 같다.

(라) 쟁점매입처 및 쟁점매출처에 대한 조사내용은 다음과 같다.

(2) 청구법인은 쟁점거래가 실물을 수반한 정상거래로서 쟁점매입처가 자료상이라고 하더라도 청구법인은 쟁점매입처와의 거래시 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자라고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

(가) 쟁점거래처의 사업자등록상태 조회내역, 사업자등록증, 납세증명서, 등기사항전부증명서를 각 제시하였고, 쟁점거래 당시 운반 및 계근 당시 촬영한 것이라며 관련 사진, 쟁점거래 거래물품에 대한 계량증명서, 쟁점거래처 대표자로부터 징구한 거래사실확인서(거래일자및 거래품목별 수량 및 단가, 운송차량번호 및 운송자 등 기재), 대금지급 및 수취한 OOO의 통장거래내역, 청구법인 재고수불부 등을 각 제시하였다.

(나) 처분청이 「조세범처벌법」 위반 혐의로 청구법인과 OOO을 고소(사건번호 수원지방검찰청 안산지청 2014 형제10724호)한 데 대해 수원지방검찰청 안산지청장이 불기소 한 결정서를 제시하였다.

(다) 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 쟁점매출처에 실물(OOO)을 공급한 사실을 입증하는 증거로서 주식회사 OOO에 공급한 매출내역 및 관련 매출세금계산서 사본을 각 제시하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점①에대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서가 실물거래에 따라 수취및 발행한 세금계산서로서 설령, 쟁점매입거래처가 자료상이라고 하더라도 해당 거래에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의거래당사자라고 주장하나, 쟁점매입처와 쟁점매출처와의 거래 대부분이 자료상 거래로 확인되는 점, 쟁점세금계산서에 따른 거래행태, 계근현황, 금융거래 내역, 운반 및 마진율 등이 자료 양성화를 위한 전형적인 비정상적인 거래와 동일한 형태로 거래되어 청구법인은 자료상들로 확인된 쟁점매입처와 쟁점매출처 중간의 거래단계에 도관업체로 활용된 것으로 보이는 점, 쟁점세금계산서의 거래품목인 폐동은 기존에 청구법인이 취급하던 주요 품목에 해당하지 않고, 관련자들 진술에 의하면 청구법인의 투자자 OOO이 회사의 외형을 높이기 위한 목적으로 청구법인의 기존 거래와 독립적으로 동종업계에 경험이 없는 OOO을 채용하여 쟁점매입처와 쟁점매출처 중간의 거래단계에 청구법인을 끼워 넣어 자료 양성화 단계로 활용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취·발행한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 쟁점②는 쟁점①이 인용되는 경우의 예비적 주장으로서 쟁점①이 기각되었으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.