청구법인은 울산시 OO동 OOOOO등 토지 48.166평방미터와 같은시 OO동 OOOOO등 토지 347평방미터를 산업기지개발구역사업시행자인 청구외 OOOOOOO주식회사와 OO화학주식회사에 86.9.23과 86.2.24에 각각 양도한 후 87.3.27 86.1-12사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 세액면제신청을 한 사실이 있는 바,

처분청은 법인세 특별부가세의 면제신청은 양수인인 당해 사업시행자가 하여야 함에도 청구법인이 한 것은 적법한 면제신청으로 볼 수 없다는 이유로 89.3.15 청구법인에게 89년 수시분(86.1-12사업년도분) 법인세(특별부가세) 55,004,790원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장

처분청은 양수인이 면제신청을 이행하지 아니하고 양도인인 청구법인이 면제신청을 하였다 하여 본 처분을 하였으나 이는 다만 행정착오에 의해 신청권자가 바뀌었다는 이유로 면제신청을 배제한 것으로서 당초의 입법취지에 어긋나므로 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견

이 건의 관련 규정인 조세감면규제법 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 면제) 제1항 제5호 및 제3항에는 “① 다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

5. 산업기지개발촉진법에 의한 기지개발구역내의 토지등을 당해 기지개발구역사업시행자에게 양도하는 경우

③ 제1항 제3호 내지 제5호의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업시행자가 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있고, 동법 시행령 제47조 제1항에는 “법 제57조 제3항의 규정에 의하여 신청을 하고자 하는 내국인은 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준 신고기한(양도자가 거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고 기한을 포함한다. 이하 같다)내에 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 다음의 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 법 제57조 제1항 제5호의 경우에는 당해 기지개발구역사업시행자임을 확인할 수 있는 서류”라고 규정하고 있는 바,

이 건의 경우 청구법인은 이 건 토지를 86.2.24과 86.9.23에 양도하데 대하여 87.3.27 86.1-12사업년도 법인세 과세표준 및 세액면제신청을 하였으니 면제배제함은 부당하다고 주장하고 있으나, 전시한 법조문에 비추어 볼 때 이 건의 감면신청은 이 건 토지의 양수인인 청구외 OOOOOOO주식회사가 하여야만 그 감면신청의 요건을 갖추는 것으로서 처분청이 감면신청을 배제하고 경정결정한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구는 법인세 특별부가세 면제신청을 이 건 토지를 양수한 자인 산업기지개발구역사업시행자가 하지 아니하고 양도자인 청구법인이 한 경우, 면제요건에 해당하는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단

청구법인은 정부투자기관으로서 68.2.6 제2차경제개발 5개년 계획의 일환인 울산지구 공업단지 조성을 위한 추진기관으로 선정받아 경남 울산시 OO동 일대 100만평을 경남도지사 책임하에 매입한 후 석유화학공업단지를 조상하여 분양하고 잔여 토지인 경남 울산시 OO동 OOOOO등 토지 48,166평방미터를 산업기지개발사업 시행자(85.10.7 건설부 장관지정, 88.6.30 사업완료)인 청구외 OOOOOOO주식회사에 86.9.23 양도하고, 같은시 OO동 OOOOO등 토지 347평방미터도 산업기지개발사업 시행자(83.7.28 건설부장관 지정, 88.5.10 사업완료)인 청구외 OO화학주식회사에 86.2.24 양도한 후 87.3.27 86.1-12사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 당해 기지개발구역사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 법인세 특별부가세 면제신청을 한 사실이 있으나,

처분청은 양수자인 당해 기지개발구역사업시행자가 면제신청을 하지 아니하고 양도자인 청구법인이 면제신청을 한 것은 적법한 면제신청으로 볼 수 없다 하여 법인세 특별부가세의 면제를 배제하여 89.3.15 청구법인에게 전시한 과세처분을 한 사실이 있으며 이에 대하여는 다툼이 없다.

한편, 조세감면규제법 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 면제) 제1항 제5호, 제2항 및 제3항과 동 법 시행령 제47조 제1항에서 산업기지개발촉진법에 의한 기지개발구역내의 토지등을 당해 기지개발구역사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제하며, 이 경우 면제신청은 당해 토지를 양수받은 당해 기지개발구역사업시행자가 양도한 날이 속하는 사업년도의 과세표준 신고기한내에 세액 면제신청서에 당해 기지개발구역사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 이러한 면제신청은 당해 사업시행자가 신청하는 경우에 한하여 이를 적용하며, 만약 당해 개발사업시행자가 기지개발구역의 지정을 받은 날로부터 3년 이내에 개발사업에 착수하지 아니한 경우에는 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 사업시행자로부터 징수하도록 규정하고 있음을 알 수 있어, 위 각 규정을 종합하여 보면, 동법 제57조 제1항 제5호 및 제3항의 규정에 의한 특별부가세의 면제를 받기 위하여는 반드시 그 양수자가 동법 시행령 제47조 제1항의 소정기간내에 면제신청을 하여야 하고, 위 기간내에 양수자가 면제신청을 하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 해석하여야 할 것이다(대법원 88누1462, 88.5.24 참조).

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.