가. 스페인 법인인 아마데우스 아이티그룹 에스에이(Amadeus IT Group S.A., 이하 ‘구아마데우스’라고 한다)는 2006. 8. 1. 구아마데우스 주식의 지분을 60.83%를 소유하고 있던 모회사인 WAM Portfolio S.A.에 흡수합병되었고(이하 ‘이 사건 합병’이라고 한다), 이 사건 합병 이후 위 WAM Portfolio S.A.는 법인명을 구아마데우스의 명칭을 따라 현재 원고 법인의 명칭인 Amadeus IT Group S.A.로 변경하였다.

나. 이 사건 합병 당시 구아마데우스는 국내법인인 토파스여행정보 주식회사가 발행한 주식의 32%에 해당하는 256,374주(이하 ‘이 사건 쟁점주식’이라고 한다)를 소유하고 있었는데, 서울지방국세청은 토파스에 대한 2006년도 법인세 조사과정에서 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 쟁점주식의 소유권이 구아마데우스에서 원고에게로 이전된 것을 확인하고 이를 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라고만 한다) 제93조 제10호 소정의 국내원천소득인 주식 기타 유가증권의 양도소득이 발생한 것으로 보아 법인세 및 관련 증권거래세를 부과하도록 피고 남대문세무서장에게 통보하였다.

다. 이에 피고 남대문세무서장은 2007. 10. 1. 이 사건 쟁점주식의 평가금액을 이 사건 쟁점주식의 양도가액으로 간주하여 산정한 양도차익에 대하여 대한민국과 스페인왕국간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한국-스페인 조세협약’이라고 한다) 제13조의 규정을 적용하여 양도차익의 9.09%에 상당하는 2006년도분 법인세(가산세 포함) 545,225,910원과 위 주식의 양도와 관련된 2006년도분 증권거래세(가산세 포함) 136,568,600원을 부과하였고 이하 '이 사건 법인세 및 증권거래세...

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