가. 청구법인은2009.7.23. OOO(이하 “쟁점건물” 이라 한다)를 취득(신축)하고 2009.7.31. 「지방세법」(2009.9.10. 법률 제9780호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 따라 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산으로 하여 취득세와 등록세를 각각 비과세받았다.

나.처분청은 청구법인이 쟁점건물의 소유권을 2011.5.9. 재단법인 OOO에게 이전하였음을 확인하고, 쟁점건물의 취득가액 OOO원에 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 OOO원(가산세포함)을 2014.1.10. 청구법인에게 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.3. 이의신청을 거쳐 2014.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)재단법인 OOO는 OOO 교단의 모법인으로 1948.l.16. 교화 및 교육, 자선(의료 포함) 등 공익사업을 목적으로 설립되었고, 2011.1.6. OOO 교단의 교구자치권을 확대하기 위해 OOO을 목적으로 OOO를 설립하였고, OOO 문화체육관광부장관의 기본재산처분허가를 받아 쟁점건물을 OOO의 기본재산으로 소유권이전 · 등록한 사실이 있는바, 처분청은 종교용 재산을 취득하고 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 사유로 취득세 등을 부과고지하였는데, 처분청이 인용한 결정례(조심 2011지092I, 2012.4.30.)는 쟁점부동산을 다른 종교단체에 사용토록 승낙함에 따라 비과세 세액을 추징한 사안으로 이 건의 경우와는 다르다고 판단된다.

이 건과 유사한 결정례(국심 2004지90, 2004.4.26.)에서는, 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 별도로 설립한 종교단체에 증여하여 종교용으로 사용하도록 한 경우, 증여한 이후에도 그 취득목적이 그대로 유지되고 있어 매각이나 다른 용도로 사용하는 경우와는 다르며 이러한 경우까지 추징하는 것은 종교단체에 대하여 비과세하는 입법취지에 어긋난다고 하여 추징을 취소한 바 있고, 기존 학교법인이 교육용 부동산을 취득한 후 관할 교육감으로부터 제3의 학교법인에게 증여하기로 하는 허가를 받아 증여한 후 증여받은 학교법인에서 계속 학교로 사용하고 있는 경우 그 사업에 직접 사용하는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있다는 유권해석(구 행정자치부 지방세정팀-4085호, 2006.8.31.) 및 장애인복지시설에 사용할 목적으로 취득한 건축물을 사회복지법인에 증여하여 동일한 목적사업에 계속하여 사용하고 있는 경우, 비과세한 취득세 등을 추징하는 것은 「지방세법」제107조의 입법취지에 어긋난다고 판단한 조세심판원 결정례(조심 2010지570, 2011.10.5.) 등으로 볼 때, 이 건 처분은 부당하다.

(2)위 사실관계, 관련 법령 및 결정례 등을 종합하여 살펴보면, 「지방세법」 제107조 제1항 제1호 및 제127조 제1항 제1호 단서조항에서 ① 취득일로부터 3년 이내에 ‘정당한 사유’ 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우와 ② 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 ‘매각’하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 구분하여 규정하고 있는데, 여기서 ‘정당한 사유’를 구하는 경우는 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우에 한정하고 있는 것이고, 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 ‘매각’하는 경우에는 ‘정당한 사유’를 묻지 않고 취득세를 부과한다고 할 것인바OOO, 이를 적용하여 취득세 등을 추징 부과한 것은 잘못으로, 여기서 ‘매각’이라 함은 「지방세법」제6조 제1호에서 ‘취득’에 대하여 유상취득과 무상취득을 명백하게 구분하고 있는 점(“…유상·무상의 모든 취득”)에 비추어 유상취득을 가리킨다고 할 것이고, 이는 ‘당사자 일방이 무상으로 재산을 상대방에게 수여 하는 것’( 「민법」제554조) 또는 ‘유형 또는 무형의 재산올 직접 또는 간접적인 방법으로 타인에게 무상으로 이전하는 것( 「상속세 및 증여세법」 제2조 제3항)’으로서 무상취득에 해당하는 ‘증여’와는 명확하게 구별된다 할 것이므로 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항 단서 소정의 ‘매각한 경우’에 ‘증여한 경우’가 포함된다고 할 수 없고 청구법인이 쟁점건물을 OOO에 ‘증여’한 것을 두고 ‘매각’하였다는 이유를 들어 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 위법하다.

또한, 증여한 후에도 쟁점건물은 OOO으로 동일한 신자들에게 종교보급, 종교교화를 위하여 사용하고 있어 취득한 목적이 그대로 유지되고 있고, 이는 취득세 등 추징대상으로 규정한 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우와 다르다 할 것으로(대법원 2008.3.14. 선고 2008두1160 판결, 부산고등법원 2007.12.24. 선고 2007누1736판결, 같은 뜻임), 이러한 경우까지 비과세한 취득세 등을 추징하는 것은 비영리사업자가 그 목적사업에 사용하기 위하여 취득 · 등기한 부동산에 관하여 취득세 등을 비과세하는 입법취지에 어긋난다 할 것이고 법인대표자는 OOO으로 청구법인이 임명하고, OOO 담임성직자도 청구법인이 임명하여 사실상 동일한 실체로 보아야 하며, OOO 법인설립 및 운영에 관한 규정 제7조(결의사항의 승인)는 법인과 교구 산하 법인의 이사장은 이사회의 결의사항 중 정관변경, 기본재산의 처분 및 편입, 시설장 임면, 기타 교단의 중요정책과 관련된 사항은 집행하기 전에 OOO의 승인을 받도록 되어 있어 OOO 이사장은 청구법인의 이사장인 OOO의 지도 감독을 받아 법인을 운영하는 위치인바, 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 쟁점건물을 종교용에 직접 사용하다가 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유에 해당되어 취득세 등을 추징한 처분은 부당하고 주장하고 있으나 「지방세법」 제107조 제1항 제1호 및 제127조 제1항 1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 위 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 직접 사용’한다고 함은 당해 비영리사업자가 당해 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고 ‘그 사업에 직접 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하는 것으로서 신청인과 같이 종교단체가 부동산을 취득하여 법인격이 다른 종교단체에 사용토록 한 경우에는 신청인이 당해 부동산을 종교용으로 직접 사용한 것으로 볼 수 없다(조심 2011지921, 2012.4.30., 같은 뜻임)고 할 것이며, 구체적으로 그 내용을 살펴보면 OOO는 청구법인과 별도로 정관과 독립적인 대표자와 이사회를 운영하며 그 소재지를 달리 하고 있고, 각각의 재산의 보유 및 처분능력을 지니고 있어 형식상·실체상 상호 독립적인 법인으로 청구법인의 주장처럼 그 사업에 직접 사용한다고는 볼 수 없으며, 또한 「지방세법」 제107조 제1항 제1호 및 제127조 제1항 1호 단서조항에서는 ① 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우와 ② 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 구분하여 규정하고 있는데, 여기서 ‘정당한 사유’를 구하는 경우는 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우에 한정하고 있는 것이고, 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 ‘정당한 사유’를 묻지 않고 취득세를 부과한다고 할 것OOO이므로 처분청이 취득세 등을 추징한 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종교용으로 취득하여 취득세 등이 과세되지 않은 쟁점건물을 OOO에 증여하여 종교용으로 계속 사용하는 경우 취득세 등을 추징할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가)청구법인은 2009.7.23. 쟁점건물을 OOO원에 신축하고 종교용 부동산으로 취득세 등을 비과세받아 2009.7.20. 청구법인 명의로 소유권보존등기를 하였다.

(나) 청구법인은 2011.1.6. OOO 교단의 교구 자치권을 확대하기 위해 OOO을 목적으로 OOO를 설립하였다.

(다) 청구법인은 OOO 문화체육관광부의 기본재산처분허가를 받아 쟁점건물을 재단법인 OOO로 소유권이전(등기원인 : 증여)하였으며, 처분청은 2014.1.10. 종교용 재산을 취득하고 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것을 사유로 청구법인에게 OOO원(가산세 포함)을 부과고지하였다.

(2) 청구법인의 정관 제2조에서는 OOO 등과 관련하여 다음과 같이 규정하고 있음이 확인된다.

(3) 이 건과 관련하여 청구법인이 제출한 청구법인의 이사회 결의록의 주요내용은 다음과 같다.

(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 재단법인 OOO는 청구법인과 별도의 정관을 가지고 별도의 이사회를 운영하고 있으며, 독자적인 등기신청능력을 가지고 있는 등 청구법인과 동일한 실체로 보기 어려워 증여 이후 청구법인이 쟁점건물을 직접 사용한다고 보기도 어렵고, 「지방세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10417호로 개정된 것) 제50조 제1항 단서에서 “그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우” 추징한다고 규정하여 매각과 증여의 경우를 함께 규정하고 있으며, 그 부칙 제1조 및 제4조에서 위 법은 2011.1.1.부터 시행하며 동 규정(제50조 제1항 단서) 등의 개정규정은 “이 법 시행 후 최초로 증여하는 경우부터 적용한다.”고 되어 있는바, 청구법인이 쟁점건물을 2011.5.9. OOO에 증여한 사실에 비추어 동 증여에 대해서도 위 추징규정은 적용된다고 보아야 할 것이므로, 처분청이 기 비과세한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.