가. 피고는 원고에 대한 법인세 통합조사 실시 결과 원고가 이중장부 작성 등 부정한 방법으로 수입금액 등을 누락하여 신고한 사실을 확인하고, 원고에게 2005사업연도부터 2009사업연도까지 법인세 합계 464,405,900원, 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지 부가가치세 합계 132,064,630원을 각 경정고지하고, 원고를 조세포탈혐의로 고발하면서, 아래 표와 같이 합계 1,624,020,449원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)에 대하여는 관련 형사사건의 수사가 진행 중이라는 이유로 사내유보로 소득처분하였다.

구분 2005년 2006년 2007년 2008년 2009년 합계 택시 운송료 508,510,464 337,657,833 278,051,900 2,698,000 1,126,918,197 가스 환불금 택시기사가 일일 가스량 이외에 추가로 가스를 주입할 경우, 택시기사가 우선 가스회사에 현금으로 대금을 지급하면, 원고는 가스회사로부터 다음 달 초에 택시기사가 현금으로 지급한 금액을 돌려받았다.

한편 가스회사는 원고에게 택시기사가 주입한 전체 가스량에 대하여 세금계산서를 발행하고, 원고는 가스회사환불금을 매입원가에서 차감하지 않고 수입금액으로 대체 처리하였다.

161,554,934 250,683,380 412,238,314 가공급여 14,612,400 14,012,324 22,096,754 22,860,903 11,281,557 84,863,938 합계 523,122,864 351,670,157 300,148,654 184,415,837 264,662,937 1,624,020,449

나. 서울지방국세청장은 2012. 9.경 피고에 대한 정기종합감사 실시 결과, 피고가 부당하게 원고에 대한 소득처분을 유예하였다고 지적하였고, 이에 따라 피고는 2012. 12. 31. 쟁점금액을 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 원고의 대표자에게 상여로 소득처분하여 원고에게 2005년 귀속 523,122,864원, 2006년 귀속 351,670,157원, 2007년 귀속 300,148,654원, 2008년 귀속 184,415,837원, 2009년 귀속 264,662,937원의 각...