가. 청구법인은 1992.5.20. 학교법인 OOO대학교가 100% 출자하여 설립한 의약품 도매법인으로서 5개 OOO대학교 의료원사업장(OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOO O OOOOOOOO, OO OOOOOOOOOO OO)에만 의약품을 납품하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 2011.3.14.부터2011. 4.27.까지의 기간동안 청구법인에 대해 법인세 세무조사를 실시하고, 청구법인이 5개 의료원사업장 중 OOO·OOO·OOO병원(이하 “쟁점사업장”이라 한다)으로부터 약품대금을 150일을 초과하여 회수한 것에 대하여 이를 특수관계자에 대한 부당행위계산 부인대상으로 판단하고, 2006.3.1.～2007.2.28.사업연도(이하 “2007사업연도”라한다)부터2009.3.1.～2010.2.28. 사업연도(이하 “2010사업연도”라 한다)까지의 인정이자 계산액 OOO원(2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)을 익금산입대상으로 한 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라, 처분청은 2011.5.20. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분OO,OOO,OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분OOO,OOO,OOO 원 및 2010사업연도분 OOO원을 각각 경정·고지하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

매출채권의 지연회수로 인한 부당행위계산 부인 규정을 적용하기 위해서는 우선적으로 특수관계에 있는 각 법인세 주체간에 전체적인 매출채권의 회수기일을 산정한 후, 그 회수기일이 건전한 사회 통념 내지 상관행에 비추어 부당하다고 평가되는 경우에 한하여 비로소 각 매출건별로 적정한 회수기일을 초과한 부분에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여야 하는 것인 바, 청구법인이 애초 의료원사업장과 이 건 사업연도분 약품공급계약을 체결하면서는 매출채권의 회수기간을 150일 이내로 약정한 사실 자체가 없으며, 서울 및 수도권 지역의 주요 17개 대형병원들의 의약품 대금 결제일은 150일부터 540일까지 다양하고, 평균 318일로 조사된 사실이 있는 반면, 청구법인과 의료원사업장간의 평균 매출채권 회수기간은 137～147일에 불과하고, 2010년 9월부터 OOO병원을 제외한 의료원사업장과의 약품공급계약서에 회수기간을 150일로 기재한 이유는 실제 회수기간과 무관하게 보건복지부의 의약품거래 투명화시책에 부응하기 위하여 형식적으로 기재한 것일 뿐이므로, 처분청이 임의로 판단한 회수기일 150일을 초과한 지연회수가 존재하지 아니하고, 의료원사업장 중 OOO병원을 제외한 사업장은 일반의약품 및 조영제를 전량 청구법인으로부터 구매하고 있으나, OOO병원만은 일반의약품 중 약 30%와 조영제 전량을 청구법인이 아니라 기존 거래처인 일반도매상으로부터 구매함에 있어서 대금결제기간은 191∼212일인 바, 청구법인의 매출채권 회수기간의 적정여부의 판단은 특수관계가 없는 OOO병원과 제3자간에 정상적인 거래에서 발생하는 회수기간을 기준으로 하는 것이 합리적일 뿐만 아니라, 설령 일부 의료원사업장에 대하여 150일을 초과한 사례가 있다고 하더라도 이는 특수관계자인 학교법인 OOO대학교와의 거래 전체적인 관점에서 평가할 때 부당행위계산 부인대상에 해당하지 아니함에도 불구하고 사업장별로 회수기간을 판단하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인과 의료원사업장은 특수관계자에 해당하고 장기간 거의 독점적으로 거래하는 동안 약품공급계약서상의 회수기간 명시 여부와 상관없이 대금수수가 일정하게 이루어져 왔고, 이 건 과세연도에는 일시적으로 대금지급기간을 명시하지는 아니하였으나, 2005년도 이전 계약서에는 대금지급기간을 150일로 명시한 적이 있으며, 조사 이후 2010년 9월부터는 OOO병원을 제외한 4개 의료원사업장과의 계약 갱신시 대금지급기일을 150일 이내로 명시하고 있으며, 평균 120일 정도의 기간에 매출채권을 회수하고 있는 것 등으로 볼 때, 상호간에 관행적·묵시적으로 매출채권 회수에 대한 기준일수를 150일 이내로 인정하고 있는 것으로 판단되므로, 청구법인이 정당한 사유없이 매출채권을 150일을 초과하여 회수한 행위는 특수관계자인 학교법인 OOO대학교 의료원사업장 중 쟁점사업장의 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로서 이를 부당행위계산 부인 대상으로 보아 150일을 초과한 매출채권 회수액에 대한 인정이자를 계산하고 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 모법인의 일부 의료원사업장으로부터 매출채권을 지연회수(150일 초과)하였다는 이유로 부당행위계산의 부인 규정을 적용하고매출채권에 대한 인정이자를 익금산입하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「법인세법」제52조(부당행위계산의 부인) 제1항 및 제2항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하고, 부당행위계산 부인대상인지 여부는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 조사관청의 조사내용을 보면,의료원사업장은 학교법인 OOO대학교 산하 병원이지만 모두 독립채산제로 운영중이며, 이 건 과세기간동안의 각 의료원사업장에 대한 매출채권 회수기간은 OOO병원은 평균 120일,OOO병원은 270일 이상, OOO·OOO병원은 1년 이상(2009년 9월 이후에는 120일)으로 나타나고, 청구법인과 의료원사업장간 2004.11.1.～2005.10.31. 기간동안의 약품공급계약서상의 대금지급기일은 150일 이내로 명시되어 있으며, 이 건 과세연도(2007～2010사업연도)에는 명시되어 있지 아니하나, 2010.9.1.(2011사업연도) 시작되는 동 계약서에는 OOO병원을 제외한 4개 의료원사업장은 150일 이내로 명시되어 있으나, 약품대금의 조기상환시 매출할인 등 우대를 하거나 지연회수에 대하여 이자 등의 명목으로 금전적 보상을 받거나 제재를 한 사실이 없으며, 2007년 세무조사 당시에도 쟁점사업장의 매출채권 지연회수에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이 건과 같이 150일 초과 회수분에 대하여 인정이자를 계산하여 고지하고 청구법인이 납부하였던 것으로 확인되었고,

청구법인 대표이사는 문답서에서 OOO병원 등 지방 의료원사업장은 수익성이 낮아 자금사정상 채권이 늦게 회수되었고, 대금지급기한을 이 건 과세기간을 포함하여 5년간 기재하지 아니하다가 2010.9.1. 계약서부터 다시 기재한 이유에 대하여 의료원사업장 중 OOO병원을 제외한 OOO·OOO병원의 장기 채권을 모두 회수하였고, OOO병원을 제외한 의료원사업장은 모두 120일 이내에 회수되고 있기 때문에 실제 기준으로 반영하였다고 진술하였으며, 2007년 세무조사시 확인서에 의하면, 매출채권 지연회수분에 대하여 의료원사업장으로부터 이자수익을 얻거나 세무조정시 인정이자 등을 익금산입하지 아니한 이유는 인정이자 산정기준일을 정하기 어려웠기 때문이었다고 진술한 것으로 되어 있다.

(3) 의약품 매출채권 회수기간과 관련한 조사자료를 보면, 의약전문 인터넷신문 OOO뉴스의 자료인 ‘104개 도매업체 2009년 매출채권 회전일 현황’ 및 ‘매출 300억원 이상 도매업체 2008년도 매출채권 회전일 현황’에는 의약품 도매업체들의 2007～2009년 매출채권 평균회전일은 97～103일로 나타나지만, 동 매체의 ‘서울 및 경기지역의 주요 17개 대형병원들의 의약품 대금 결제일’ 조사자료(2010.6.22.)에는 최대 22개월, 평균 10.7개월에 약품대금을 결제하는 것으로 나타나고, 조사관청 조사시 확인된 청구법인과 의료원사업장간의 매출채권 회수기간은 137∼147일, OOOO병원과 일반도매상간 이 건 과세기간 동안의 매출채권 회수기간은 191∼212일인 것으로 나타난다.

(4) 우리 원의 심리과정에서 청구법인이 추가로 제출한 제약회사OOO 발행 세금계산서, 거래명세표 전산관리 내역, 매입대금 결제 증빙(일괄단체 거래내역 조회표) 및 매입처(제약회사)별 의료원사업장별 전산관리 화면(의약품유통관리, 매입·매출세금계산서 전산관리 내역), 매출대금 회수 증빙(청구법인 통장 사본) 등의 자료에 의하면, 청구법인은 제약회사로부터의 매입시점에 거래명세서상 품목, 가액, 공급받는 각 의료원사업장을 구분·표시하여 전산으로 입력하고, 이후 매출대금 회수 및 매입대금 지급시점까지 매입처(제약회사)별로 전산상으로 관리하며, 특정 의료원사업장으로부터 관련 의약품의 매출대금을 회수하여 대응되는 매입처에 매입대금을 지급하는 것으로 나타나며, 2009년 12월 기준 OOO약품과 의료원사업장간의 회수 및 지급기간은 120일과 270일로 동일하거나 OOO·OOO병원의 경우 채권회수기간은 120일인데 비해 채무지급기간은 이보다 30일 늦은 150일인 것으로 나타난다.

(5) 청구법인(심판청구대리인)은 2012.4..25. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 각 의료원사업장이 독립채산제로 운영되고, 부가가치세 신고는 각 사업장별로 하고 있으나, 의료원사업장은 별도의 법인이 아니므로 법인세 신고를 학교법인 OOO대학교에서 하고 있으므로 부당행위계산부인 대상인지 여부도 각 의료원사업장이 아니라 청구법인과 특수관계에 있는 학교법인 OOO대학교와의 거래분 전체를 대상으로 판단하여야 한다는 취지의 의견진술을 한 바, 학교법인 OOO대학교의 종합재무제표 등에 의하면 법인·대학수익사업 외에 부속병원회계를 포함하여 작성하고 있는 것으로 되어 있는 것으로 확인된다.

(6) 살피건대, 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정하고, 특수관계자 간의 거래에서 발생된 외상매출금 등의 회수가 지연된 경우에도 사회통념 및 상관습에 비추어 부당함이 없다고 인정되는 때는 이를 부당행위계산 부인대상으로 보지 아니하며, 부당행위계산이라고 하기 위해서는 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우이거나, 이러한 의도는 없더라도 경제인의 입장에서 부자연하고 불합리한 행위나 계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하여 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인 바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 뿐만 아니라(대법원 2001두7268, 2002.9.4 같은 뜻), 상거래에 있어서는 거래당시의 유동자금의 규모, 거래의 조건, 사업장의 지역적 특수성 등으로 인하여 일반적으로 채권의 조기 또는 지연회수가 병존할 수 있는 바, 동일한 거래에 있어서도 일반거래처에 대한 회수기일 또는 지급기일 등을 기준으로 이를 초과한 기간에 대해 인정이자 계산을 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다.

이 건의 경우, 청구법인과 각 의료원사업장간의 채권회수기일이 동일하지 아니하고, 평균적으로 보아서 150일을 초과하지 아니할 뿐만 아니라, 이 건 과세기간에 청구법인과 의료원사업장간의 약품공급계약서상에 매출채권 회수기간이 명시되어 있지 아니한 점, OOO병원과 청구법인 외 다른 의약품도매상간의 채권회수기간이 150일을 초과하는 점, 서울·경기지역 대형병원들의 대금결제일이 평균 10.7개월로 나타나는 점, 청구법인이 매입처인 제약회사에 매입대금을 지급한 기간과 의료원사업장으로부터의 매출채권 회수기간이 동일하거나 오히려 매입대금 지급기간이 늦은 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점사업장과 거래를 함에 있어서 특수관계에 있지 아니한 다른 병원, 제약회사 또는 의약품도매상간의 거래에서는 인정되기 어려운 경제적 합리성을 무시하여 조세의 부담을 부당히 감소시키는 행위를 하였다고 단정하기 어렵다 할 것이다.따라서, 처분청이청구법인과 의료원사업장간의 거래에 있어서 매출채권 적정 회수기간을 150일로 정하고, 그 중 쟁점사업장과의 거래분에 대한 150일 초과분을 지연회수한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하고 인정이자를 익금산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.