가. 청구인은 1971.12.18. ～ 1989.7.25. 취득한 OOOO OOO OO동 93-3 전 311㎡, 같은 동 97-4 전 2,073㎡, 같은 동 97-5 전 131㎡, 같은 동 107-6 전 812㎡, 합계 3,327㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2010.3.4. OO개발공사에 양도하고, 2010.5.24. 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정( 「조세특례제한법」제69조 제1항)을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 쟁점토지는 1989.10.25.「도시계획법」에 따라 주거지역 등으로 변경되었다가 2009.12.31.「OOOO OO세계박람회지원 특별법」및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 자연녹지지역으로 재차 변경된 후 2010.3.4. 공익사업 시행자인 OO개발공사에 협의매수되었다.

다. 처분청은 OO개발공사가 쟁점토지 보상가액 산정기준일을 2009.12.23.으로 정하여 재차 용도지역 변경하기 전 토지(주거지역 등)로 보상금을 산정·지급하였고, 2009.12.31. 용도지역을 재차 변경한 사유가 공익사업시행자의 사업목적상 편의를 위하여 변경(OOOO OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)하였으며, 쟁점토지는 주거지역으로 편입된 날인 1989.10.25.부터 3년이 경과한 2010.3.4. 양도되었다는 이유로 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 배제하고, 공익사업용 토지에 대한 감면(감면율 20%)을 적용하여 2010.11.15. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 16,613,320원을 경정·고지하고, 농어촌특별세는 자경농지라는 이유로 비과세하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 주거지역으로 편입되었으나 양도당시에는 자연녹지지역으로 재지정된 후에 농지로 양도되었고, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하여 양도소득세 감면요건을 충족하고 있는데도 처분청이 주거지역 편입일로부터 3년 이후에 양도되었다는 이유로 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 주거지역으로 편입된 날인 1989.10.25.부터 3년이 경과한 2010.3.4. 양도되었고, 2009.12.31. 용도지역을 재차 변경한 사유가 공익사업시행자의 사업목적상 편의를 위한 것이어서 국토의 이용 및 개발과 보전을 위한 계획 수립 및 집행을 위한 토지의 용도변경과는구분되며, OO개발공사가 쟁점토지 보상가액 산정기준일을 2009.12.23.로 정하여 용도지역을 재차 변경하기 전 토지(주거지역 등)로 보상금을 산정·지급(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)한 점으로 보아 처분청이 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주거지역 등으로 편입된 날부터 3년이 지난 농지가 보상금이 지급되어 양도되기 전에 자연녹지지역으로 변경되어 공익사업의 시행자에게 협의매수된 경우 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[괄호생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[괄호생략]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 양도소득세 조사서 등 심리자료에 의하면, 쟁점토지는 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 지난 후에 양도되었고, 2009.12.31. 자연녹지지역으로 용도지역을 재차 변경한 사유가 공익사업시행자의 사업목적상 편의를 위한 것이며, 쟁점토지 보상가액 산정기준일을 2009.12.23.로 정하여 용도지역을 재차 변경하기 전 토지(주거지역 등)로 보상금을 산정·지급하였으므로 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 공익사업용 토지에 대한 감면(감면율 20%)을 적용하여 과세하였으며, 청구인은 쟁점토지 소재지에서 1932.5.10. 태어나서 현재까지 계속하여 거주하면서 쟁점토지를 자경하였음이 영농보상내역서, 경작사실확인서 및 조사일 현재 경작농지 확인(사진첨부)에 의하여 확인되므로 농어촌특별세는 비과세한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지는 8년 이상 자경 농지에 대한 양도소득세 감면 대상이라고 주장하면서, 쟁점토지가 2009.12.31. 자연녹지지역으로 지정되어 양도당시에도 자연녹지지역으로 지정되어 있는 토지이용계획열람서 및 청구인이 쟁점토지 소재지에 계속 거주하여 자경한 것으로 나타나는 주민등록표 등을 제시하고 있다.

(3) 청구인의 세무대리인인 세무사 이OO은 「국세기본법」제58조 및 같은 법 시행령 제47조의 규정에 의한 의견진술(2011.3.23.)을 통하여 쟁점토지는 8년 이상 자경하였고 양도일 현재 자연녹지지역인 농지로서 감면 요건을 충족하고 있는데도 처분청이 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 지난 후에 양도되었다는 이유 등으로 감면을배제하여 과세한 처분은 부당하다고 진술하였다.

(4) 살피건대, 처분청은 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 지난 후에 양도되었다는 이유 등으로 양도소득세 감면을 배제하였으나, 쟁점토지는 1989년에 주거지역으로 지정되었으나 청구인들은 2009.12.31. 자연녹지지역으로 재차 변경된 이후에 양도하여 2010.3.4. 양도당시에는 쟁점토지가 주거지역이 아니었고, 청구인은 섬지역인 쟁점토지 소재지에서 태어나 계속 거주하면서 쟁점토지를 자경한 사실이 인정되어 농어촌특별세는 비과세된 점이 처분청의 조사서 등에의하여 확인되는 점을 감안하면 쟁점토지는 8년 이상 자경농지에 대한양도소득세 감면대상으로 보이므로(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO) 처분청이 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 지난 후에 양도되었다는 이유 등으로 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 취소되어야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.