청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 대지 516.7㎡와 그 지상건물 1,374.41㎡(위 토지 및 건물을 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.5.19 취득하여 92.7.14 청구외 OOO등 3인에게 총 2,200,000,000원에 양도하면서 매매계약서상 토지가액(1,940,000,000원)과 건물가액(260,000,000원)을 구분하여 계약을 체결하였고 92년 제2기분 부가가치세 신고시 건물공급가액을 위 매매계약서상 금액인 260,000,000원으로 하여 해당 부가가치세를 신고납부하였다.

처분청은 쟁점부동산중 건물공급분에 대한 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 청구법인이 신고한 내용을 부인하고 쟁점부동산의 장부가액(토지 575,725,753원, 건물 1,406,874,475원)을 기준으로 안분계산한 금액인 1,419,221,540원을 건물가액으로 결정하여 93.7.17 청구법인에게 92년 제2기분 부가가치세 161,941,010원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.9.15 심사청구를 거쳐 93.12.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 쟁점부동산을 토지가액(1,940,000,000원)과 건물가액(260,000,000원)으로 구분하여 양도하였는데도 처분청은 동 실지거래가액을 인정하지 않고 쟁점부동산의 장부가액(토지 575,725,753원, 건물 1,406,874,475원)으로 부가가치세 과세표준을 안분계산하여 건물공급분에 대하여 과세하였는바, 쟁점부동산중 건물분 장부가액이 토지가액보다 훨씬 많은 것은 쟁점부동산을 89년 취득당시 전소유자가 그 용도를 음식숙박업 건물로 사용하였던 관계로 청구법인이 이를 업무시설로 용도변경하는 과정에서 소요된 자본적 지출(인테리어 비용 등)이 건물계정에 계상된 이유이고 이 건 양도시에는 장부가격을 고려치 않고 정상적인 건물가액(약 10년된 건물로서 평당 600,000원정도)으로 거래한 것이므로 이 건 경우는 실지거래가액으로 과세함이 타당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

부가가치세의 과세표준을 계산함에 있어 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 양도하는 경우 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 규정에 의하여 91.1.1 이후 거래분부터는 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분계산하도록 되어 있는 바, 쟁점부동산의 경우 청구법인의 장부상 토지가액이 575,725,753원, 건물가액이 1,406,874,475원으로 구분기장되었음이 확인되므로 이를 기준으로 안분계산하여 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 쟁점부동산중 건물에 대한 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 매매계약서에 구분기재된 가액을 실지거래가액으로 인정할 것인지 또는 장부가액을 기준으로 안분계산할 것인지 여부를 가리는데 다툼이 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.”고 규정하고 있고, 동조 제4항에서 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.”고 규정하면서, 그 제1호에서 “주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액”, 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.” 그 제3호에서 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계

첫째, 청구법인이 제시한 쟁점부동산에 대한 매매계약서(92.7.14 OOO외 2인과 매매계약체결)를 보면 총거래가액 2,200,000,000원중 토지가액 1,940,000,000원, 건물가액 260,000,000원으로 구분기재되어 있는데 동 건물가액을 92.10.26 한국감정원에서 감정평가한 가액(513,763,600원)과 비교하여 보면 그 가격수준이 50.6%에 불과할 뿐만 아니라 청구법인이 위 OOO등과의 거래시 건물가액을 260,000,000원으로 평가한 합리적인 근거제시를 하지 못하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때 청구법인이 주장하는 건물가액 260,000,000원은 시가를 반영한 실지거래가액이라고 인정하기 어렵고 양 거래당사자간에 임의로 정한 근거없는 가액으로 보여진다.

둘째, 쟁점부동산에 대한 장부가액을 보면 청구법인이 89.5.19 쟁점부동산을 취득할 당시 토지 499,600,284원, 건물 424,541,716원으로 구분기장하였는데 그 후 건물에 대한 용도변경(숙박시설에서 업무시설)을 하는 과정에서 건물내부구조변경 및 인테리어 공사 등으로 인한 자본적 지출액을 취득시의 장부가액에 추가 계상함으로써 92.7.14 쟁점부동산을 양도할 당시에는 토지가액 575,725,753원, 건물가액 1,406,874,475원으로 각각 계상되었으며 각사업년도마다 이 가액을 기초로 하여 감가상각을 하였음이 청구법인이 제시한 장부 등에 의해 확인된다.

셋째, 위와 같이 쟁점부동산중 건물의 경우 청구법인이 양도할 당시에는 그 용도 및 구조가 변경됨에 따라 취득시보다 그 재산적 가치가 현저히 증가되었고 쟁점부동산을 청구법인으로부터 양수한 청구외 OOO 등은 건물의 용도 등을 다시 변경함이 없이 쟁점부동산을 그대로 타인에게 임대하였던 사실 등으로 미루어 보면 청구법인과 위 OOO 등은 쟁점부동산에 대한 매매계약시 실제 건물가액의 평가는 장부가액을 상당부분 반영하여 거래한 것으로 봄이 타당하다 하겠다.

위 사실들을 종합하여 보면, 쟁점부동산중 건물의 실지거래가액을 260,000,000원으로 보아야 한다는 청구주장은 이를 인정하기 어렵고 이 건 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 쟁점부동산 양도당시의 확인된 장부가액을 기준으로 안분계산한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.