가. 청구법인은 OOO 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부한 후, OOO 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액을 계산할 때 공정시장가액비율을 이중적용함으로써 공제세액이 적어져 이중과세되었다는 취지로 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 OOO 이를 거부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

동일한 부동산에 대한 재산세와 종합부동산세는 일정기준액을 기점으로 구분되어 과세기준금액 이하는 재산세, 과세기준금액 초과분은 종합부동산세가 부과되는 이중적 체제를 취하고 있는 것이고, 만일 동일한 과세대상 부동산에 대하여 보유세로서의 성격을 같이 하고 있는 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이는 이중과세의 문제를 발생하게 되므로 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 하는 것이나, 처분청은 종합부동산세 산정에 있어서 공제할 재산세액을 계산할 때 공정시장가액비율을 거듭 적용함으로써 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 실제로 공제되어야 할 재산세액 중 (1-공정시장가액비율)에 상당하는 금액만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세액’을 계산하므로 최종적으로 위 축소된 금액에 상당하는 종합부동산세액을 증가시킨 이중과세에 해당하므로 위법‧부당하다.

나. 처분청 의견

개정(2009.2.4.)된 「종합부동산세법 시행령」은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액에 대하여 종전 종합부동산세 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제하도록 하던 것을 실제 과세되는 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 상당액을 공제하는 것으로 그 계산방법이 개정되었는바, 이러한 개정취지에 맞추어 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 계산한 처분청의 계산방식이 타당하고, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 해당 금액에 대한 재산세 상당액을 「종합부동산세법 시행령」에 따라 공제하고 있어 이중과세 문제는 발생하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청이 종합부동산세 산정에 있어서 공제한 재산세액을 계산할 때 공정시장가액비율을 거듭 적용함으로써 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 실제로 공제되어야 할 재산세액 중 (1-공정시장가액비율)에 상당하는 금액만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세액’을 계산함으로써 위 축소된 금액에 상당하는 종합부동산세액을 증가시킨 이중과세에 해당한다고 주장하고, 이에 대하여 처분청은 관련 「종합부동산세법 시행령」 등에 따라 공제할 재산세 상당액을 계산한 것으로 이 건 처분이 정당하다는 의견이다.

(2) 「종합부동산세법」 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」 제110조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면 “종합‧별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액” 중 “종합‧별도합산과세대상 토지를 합산하여 종합‧별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에서 “종합‧별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합‧별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세의 재산세 공제에 대한 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합‧별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합‧별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액인 점 등에 비추어, 처분청이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것이 정당하다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 종합부동산세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것)

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것)

제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법

제110조(과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지