2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1982. 2. 16. 설립되어 이천일아울렛 매장을 운영하면서 의류·식품·시계·잡화의 제조판매업, 부동산분양 및 임대업 등의 사업을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2001, 2002 및 2003 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 아래 〈표 1〉 ‘특정매입구매대금(원)’란 기재와 같이 ‘특정매입거래’ 방식으로 납품업체로부터 납품받은 제품을 판매하고 해당 납품업체에 지급한 대금을 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조의2 제1항 에 따라 세액공제대상으로 보고 신고·납부하였다.

〈표 1〉

특정매입거래란 원고가 납품업체와 특정매입거래계약(을 제7호증의 4)을 체결한 다음, 원고가 고객에게 상품을 판매한 시점에 그 판매분만 특정하여 납품업체로부터 매입하는 형태의 거래를 말한다.

다. 피고는 2007. 1. 3. 원고에게, ㉮ 〈표 1〉 ‘특정매입구매대금(원)’란 기재 금액은 구 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호 에서 정한 ‘구매대금’에 해당하지 아니하므로 〈표 1〉 ‘세액공제부인액(원)’란 기재 각 금액 상당은 세액공제대상에서 제외하여야 하는 점(2001, 2002 및 2003 사업연도 법인세의 경우), ㉯ 특례기부금 부인의 점(2003 사업연도 법인세의 경우) 등을 이유로 하여 아래 〈표 2〉 기재와 같이 2001, 2002 및 2003 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분을 하였다.

〈표 2〉

① 증액경정세액에서 신고·납부세액을 공제한 금액에서 원 단위를 절삭한 금액

피고는 그 후 원고에게 2003 사업연도 법인세를 2,094,437,933원으로 감액경정하고, 당초 신고·납부세액과 차액인 572,883,587원(= 2,667,321,520원 - 2,094,437,933원)을 환급하여 주었다.

라. 원고는 2007. 4. 13. 조세심판원에 법인세 증액경정처분 등의 취소를 구하는 심판청구( 조심 2007서1844 )를 하였다. 조세심판원은 2010. 2. 4. 위 ㉯항 경정이유에 관한 주장만을 받아들여 원고의 심판청구를 일부 인용하는 결정을 하였다.

마. 피고는 2010. 2.경 조세심판원 결정 취지에 따라 2003 사업연도 법인세를 2,061,242,400원으로 감액 경정하였다[2007. 1. 3.자 2003년 사업연도 법인세 부과처분의 잔존 고지세액은 265,405,277원[= 298,600,810원 - 33,195,533원(감액분)]이 되었다, 이하 2001 사업연도 법인세 부과처분의 잔존 고지세액 중 원고가 구 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호 에서 정한 ‘구매대금’에 해당하지 않는 것으로 인정하는 부분에 대한 세액인 42,095,496원(피고도 다투지 않는다)을 초과하는 부분과 2002, 2003 사업연도 법인세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다].

[인정 근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 3호증, 을 제1, 3, 4, 7호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고가 한 주장

구 조세특례제한법 제7조의2 제1항 , 제3항 제1호 에서는 구매대금을 ‘재화의 공급’에 대한 대가로 규정하고 있을 뿐 재화의 공급을 받는 매매거래의 성격에 제한을 두고 있지 않다. 원고의 특정매입거래에 따른 구매대금도 위 조항에서 정한 기업의 어음제도 개선을 위한 세액공제 적용대상에 해당한다. 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

원고가 특정매입거래에 따라 납품업체에 결제한 금액은 구 조세특례제한법 제7조의2 제1항 , 제3항 에서 정한 ‘구매대금’에 해당한다. 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다. 그 이유는 다음과 같다.

① 구 조세특례제한법 제7조의2 에서 규정한 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제 제도는 ‘약속어음의 부도로 인하여 중소기업이 연쇄도산하는 사례를 방지하기 위하여 구매기업이 구매대금을 환어음 등 현금화가 용이한 방식으로 결제하는 경우 이에 대한 세제지원을 하여’ 약속어음 결제 관행을 현금성 결제로 유도하기 위하여 2000. 10. 21. 법률 제6231호로 도입되었다. 원고가 특정매입거래에 따라 납품업체에 결제하는 거래대금의 경우에도 약속어음을 결제수단으로 사용할 수 있으므로, 현금화가 용이한 방식으로 결제하도록 유도할 필요가 있다. 따라서 특정매입거래에 따른 결제대금에도 구 조세특례제한법 제7조의2 를 적용하는 것이 기업의 어음제도 개선을 위한 세제 지원의 취지에 맞다.

② 구 조세특례제한법 제7조의2 제3항 에서는 “ 제1항 과 제2항 에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.”고 하면서, 제1호 에서 구매대금을 “구매기업이 그 기업의 사업 목적에 맞는 경상적 영업활동과 관련하여 판매기업으로부터 재화를 공급받거나 용역을 제공받고 그 대가로 지급하는 금액”이라고 정의하고 있다. 원고는 특정매입거래에서 납품업체가 반품이 가능한 조건으로 납품한 재화의 물품대금에 대하여 판매대금에서 일정 수수료를 차감하고 지급하는 방식으로 결제하였고, 그 거래 과정에서 원고는 납품업체로부터 납품업체가 ‘공급하는 자’, 원고가 ‘공급받는 자’인 세금계산서를 받아, 이를 근거로 부가가치세를 신고·납부하였다(다툼 없는 사실, 을 제7호증, 변론 전체의 취지). 따라서 원고가 납품업체에 결제한 금액은 경상적 영업활동과 관련하여 납품업체로부터 재화를 공급받고 그 대가로 지급한 금액에 해당한다.

③ 피고 또한 특정매입거래에 따른 구매대금을 부가가치세법상 원고의 매입세액으로 보았고, 법인세법상 원고의 손금으로 산입하였으며(갑 제3호증, 을 제3호증), 한편 구 조세특례제한법 제7조의2 는 법인세에서 세액을 공제하는 특례에 관한 조항이다. 위와 같이 특정매입거래에 따른 구매대금을 법인세법상 원고의 손금으로 산입하고 부가가치세법상 원고의 매입세액으로 본 것은 납품업체와 원고 사이의 거래를 인정한 것을 전제로 한 것인데, 구 조세특례제한법 제7조의2 제3항 에서 정한 ‘구매대금’의 해석과 관련하여서만 납품업체와 원고 사이의 거래를 부정하고 ‘구매대금’에서 제외하는 것은 세법의 통일적·유기적 해석에 반한다.

④ 피고는, 공정거래위원회 고시 제2001-9호(2001. 7. 6. 고시)에서 대규모소매점업자(매장면적의 합계가 3,000㎡ 이상인 동일점포에서 일반소비자가 일상적으로 사용한 여러 종류의 상품을 소매하는 사업을 영위하는 자)가 납품업자로부터 상품을 수탁하여 판매하고 재고품은 반품하는 거래를 특정매입거래로 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 특정매입거래에 따른 구매대금은 구 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호 에서 정한 구매대금으로 볼 수 없다고 주장한다. 위 고시 제2조 제7항에서는 대규모소매업자가 납품업자로부터 상품을 수탁하여 판매하고 재고품은 반품하는 거래형태를 특정매입거래라고 규정하여 특정매입거래에 관하여 정의하고 있을 뿐, 특정매입거래에 따른 구매대금을 구 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호 의 구매대금 또는 법인세법상 손금에서 제외하여야 한다거나, 부가가치세법상 매입에서 제외하여야 한다고 규정하고 있지 않다. 또한 위 고시는 불공정거래행위를 규제하여 공정하고 자유로운 경쟁을 촉진하기 위한 목적으로 제정된 것으로 구 조세특례제한법 제7조의2 제1항 , 제3항 과 그 취지가 다르므로, 구 조세특례제한법 제7조의2 제1항 , 제3항 을 해석하는 데 적용할 수도 없다(위 고시 제2조 제1, 2, 7항에 따르면, 위 고시에서 특정매입거래는 매장면적의 합계가 3,000㎡ 이상인 동일점포에서 일반소비자가 일상적으로 사용한 여러 종류의 상품을 소매하는 사업자인 대규모소매업자에게 적용되는 것이므로, 구 조세특례제한법 제7조의2 의 적용대상인 ‘중소기업’과 적용기준이 일치하지도 않는다).

⑤ 특정매입거래의 경우, 납품업체의 입점 계약, 상품코드 등록, 판매방식과 판매가격 결정, 서비스 통제권 등이 원고에게 있고, 고객에게 발행하는 영수증도 원고 명의로 발급되며, 신용카드 수수료 또한 원고가 부담한다(갑 제3호증, 을 제7호증의 7).

따라서 특정매입거래를 단순한 위탁매매라고 볼 수도 없다.

3. 결론

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.

[[별 지] 관계 법령: 생략]