2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ○○광역시 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 ○○고등학교를 운영하는 비영리 국내법인으로서 1999년 수익사업에서 발생한 소득이 없다고 보아 법인세(사업연도 1998.3.1.부터 1999.2.28.까지) 신고를 하지 않았다.

나. ○○지방국세청장은 2005.1.7.원고가 ○○증권 ○○지점(구 ○○증권 ○○지점)에 개설된 원고 명의 증권계좌(000-00-000000, 이하 '이 사건 증권계좌'라 한다)를 통하여 ① 1995.1.15.부터 1999.1.25.까지 ○○화학 주식회사의 주식을 양도하여 312.819.870원의 투자유가증권처분이익을 얻었고, ② 1999.1.15. 구 ○○은행 주식회사의 주식225,400주(이하'이 사건 주식'이라 한다)을 양도하여 82,425,010원의 투자유가증권처분이익을 얻었음에도 신고를 누락하였으므로 ○○화학 주식회사주식의 처분이익에 대하여 익금산입하고 사내유보로, 이사건 주식에 대하여는 익금산입하고 대표자 상여처분한다는 내용의 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 2005.1.3.위 주식 처분이익 합계 395,244,880원(=312,819,870원+82,425,010원)을 1999 사업연도의 익금에 산입하여 원고에게 1999년 법인세176,251,650원을 부과(이하'이 사건 부과처분'이라 한다)하고, 이사건 주식의 양도로 인하여 발생한 이익82,425,010원을 당시 원고의 대표자인 이사장 박○○에게 상여로 소득처분한 후 2005.1.6. 원고에게 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라 한다)를 하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사정으로 원고에 대한 이 사건 부과처분 중 이 사건 주식의 처분으로 인한 부과부분 및 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하다라고 주장한다.

(1) 원고 명의의 이 사건 증권계좌를 통하여 이 사건 주식이 거래된 것은 사실이나, 이는 당시 거액의 채무에 대한 연대보증채무를 부담하고 있던 박○○가 강제집행을 당할 우려 때문에 자신의 명의로 증권계좌를 개설하지 못하고, 원고 명의로 이 사건 증권계좌를 이용하여 주식 거래를 하였던 것으로, 이 사건 주식은 박○○가 원고에게 명의신탁한 주식이다.

따라서 실질과세의 원칙상 이 사건 주식의 양도로 인하여 발생한 소득의 납세의무자는 박○○이지 원고가 아니다.

(2) 이 사건 주식이 박○○ 소유가 아니라고 하더라도 원고의 고유목적사업계정이나 수익사업계정 어디에도 이 사건 주식 매수대금 상당의 금원이 지출된 사실이 없으므로 이 사건 주식은 원고 소유의 재산이라고 할 수 없고, 이 사건 주식이 원고 소유라는 점은 과세관청인 피고가 입증하여야 할 것인데 이를 입증하지 못하고 있다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 ○○주식회사가 1978.6.30. 고등보통교육 및 공업에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 설립한 비영리법인으로, 1994년 박○○의 남편인 나○○이 사주로 있던 ○○그룹에 인수되어 1996.4.15. ○○학원으로, 2001.4.24. ○○학원으로 명칭이 변경되었고, 1998.6.30.부터 2006.7.21.까지 박○○가 이사장으로 있었다.

(2) ○○그룹의 계열회사인 ○○주식회사의 과장으로서 박○○의 수행비서였던 황○○은 원고의 위임을 받아 1998.10.30. ○○증권 ○○지점에 원고 명의의 수익증권계좌(000-00-000000, 이하 '이사건 수익증권계좌'라 한다)를 개설한 다음, 같은 날 정○○명의의 계좌(○○투자증권,000000)에서 191,389,398원, 김○○명의의 계좌(○○증권,000000)에서 27,040,785원, 이○○명의의 계좌(○○증권,000000)에서 37,482,950원 합계255,913,134원을 인출하여 위 수익증권계좌로 입금하였다.

(3) 황○○은 원고의 위임을 받아 1998.12.15. ○○증권 ○○지점에서 원고 명의의 이 사건 증권계좌를 개설하고, 같은 달 18. 이 사건 수익증권계좌에 있던 257,125,678원(=255,913,134원+ 이자 1,215,544원)을 다시 이 사건 증권계좌로 옮겼으며, 1998.12.24. 이 사건 증권계좌를 통해 구 ○○은행 주식회사 주식 중 200,000주를, 같은 달 28. 같은 주식중 25,400주를 총257,111,220원에 매수한 후,1999.1.15. 339,536,230원에 양도하여 82,425,010원(=339,536,230원-257,111,220원)의 차익을 남겼으나, 학교법인 회계에 누락하였다.

(4) 이 사건 증권계좌에는 원고가 1998.12.14. ○○주식회사로부터 ○○주식회사 주식350,000주(원금 461,727,120원, 이자28,272,880원 합계490,000,000원)를 대물로 변제받아 입금되었는데, 위 주식은 1999.1.15.부터 같은 달 25.까지 위 증권계좌를 통해 802,819,870원에 양도되어 312,819,870원(=802,819,870원-490,000,000원)의 차익을 남겼고, 원고는 이를 학교법인 회계에 반영하였다.

(5) 원고는 2004.9. ○○지방국세청장에게 이 사건 증권계좌가 원고 소유의 실명계좌라는 확인서(을 제4호증)를 제출하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제5,6호증, 을 제3,4호증, 을 제9 내지 12호증의 각 기재, 증인 황○○의 일부 증언, ○○증권 ○○지점장, ○○증권 ○○지점장, ○○증권 ○○지점장에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것이나, 주식 거래로 인한 차익에 대하여 과세를 하는 경우, 과세관청으로서는 그 주식의 거래계좌가 납세자 명의의 거래계좌라고 보이는 경우에도 실은 차명계좌인 때에는 실질과세의 원칙상 과세의 대상이 되는 거래나 수익이 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 보아야 할 것이지만, 사실상 그 수익이나 거래가 귀속되는 자가 따로 있다는 점은 이를 주장하는 자에게 그 입증책임이 있다.

(2) 원고의 위 주장들을 함께 판단한다.

살피건대, 위 인정사실에 나타난, ① 이 사건 수익증권계좌및 증권계좌는 원고의 위임을 받은 황○○이 원고 명의로 개설한 점, ② 이 사건 주식 거래는 원고 명의의 이 사건 증권 계좌를 통해 이루어진 점, ③ 원고가 이 사건 주식 거래 등에 관한 세무조사에서 이 사건 증권계좌가 원고 소유의 실명계좌라고 확인한 점 등에 비추어 보면, 피고로서는 원고의 실명계좌인 이 사건 증권계좌를 통하여 이루어진 이 사건 주식이 원고의 소유임을 일응 입증하였다 할 것이다(이 점에서 원고의 두 번째 주장은 받아들이지 않는다).

나아가 이 사건 주식이 박○○가 원고의 명의로 된 차명계좌에 신탁하여 둔 것이라는 원고의 첫 번째 주장에 대하여 보건대, 위 인정사실 및 변론에 나타난 다음과 같은 사정 즉, 원고가 이 사건 증권계좌가 원고 소유의 실명계좌라고 인정한 점, 이 사건 주식의 매입자금이 정○○,김○○,이○○의 계좌에서 원고 명의의 이 사건 수익증권계좌를 거쳐 이 사건 증권계좌로 이동된 사실은 인정되나, 위 정○○ 등의 계좌에 입금된 돈이 박○○ 개인의 자금이라고 볼 자료는 없는 점, 박○○는 거액의 채무에 대하여 강제집행을 회피하기 위하여 이 사건 증권계좌를 이용하였다고 주장하나, 정○○등의 계좌도 일종의 차명 계좌인데 이를 굳이 감독관처의 엄격한 감독을 받는 학교법인인 원고 명의로 옮긴다는 것은 선뜻 납득이 가지 않는 점, 박○○ 자금을 관리하였다는 황○○도 위 정○○ 등의 계좌개설에는 관여하지 아니하였다고 진술하고 있는 점 등에 비추어, 갑 제5호증의 기재 및 증인 황○○의 일부 증언은 믿지 아니하고, 갑 제6호증의 기재, ○○증권 ○○지점장, ○○증권 ○○지점장, ○○증권○○지점장에 대한 각 사실조회결과만으로는 이 사건 주식이 박○○가 원고에게 명의신탁한 주식이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 주식을 원고의 소유로 보고 그 처분이익에 대한 이 사건 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유가 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

법인세법〔2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것〕

제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각호의 금액은 이를 익금으로 본다

1. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항의 규정에 의한 외국법인세액(세액공제된 경우에 한한다)에 상당하는 금액

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조(소득처분)

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령〔2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것〕

제11조(수익의 범위)

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액〔도급금액·판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다〕. 다만, 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율(이하"정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

제106조(소득처분)

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당,이익처분에 의한 상여,기타소득,기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것. 끝.