2. 항소비용은 각자 부담한다.

피고가 2013. 3. 21. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(과소신고가산세 xxx,xxx,xxx원, 납부불성실가산세 x,xxx,xxx,xxx원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결을 청구취지와 같이 변경한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심 판결서 이유 중 제2항과 같이 고쳐쓰는 것 외에는 제1심 판결서 이유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

가. 제1심 판결서 이유 중 제2의 라. 1)항 부분(7쪽 밑에서 6줄부터 20쪽 4줄까지)을 아래와 같이 고친다.

『1) 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당하는지 여부

가) 관련 법리

구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다고 규정하고 있고 [제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호], 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 '상호 등'이라고 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각재산으로 한다고 규정하고 있다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).

이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치를 평가 하였는지 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다(대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결 참조). 그 이유는 다음과 같다.

(1) 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.

세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 '영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건'은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.

(2) 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것이 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.

(3) 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유ㆍ무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금(구 법인세법 제16조 제1항 제2호 가목) 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.

나) 이 사건에 관한 판단

앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 위 금액은 관련 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 그 밖의 영업상의 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려워서 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. 이처럼 법인 합병의 경우 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖추지 못하였으므로, 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 아니한다.

일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있다. 합병법인인 원고 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서, 합병 신주의 가치가 피합병법인의 순자산가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다.

따라서 이 사건 처분 중 원고가 회계장부에 계상한 이 사건 영업권이 세법상 법인 합병 법령에서 정한 영업권임을 전제로 위 영업권 상당 금액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 후 감가상각자산으로 손금 추인한 부분은 위법하다(이 사건 영업권에 관한 원고의 주위적 주장이 이유 있어 이를 인용하므로, 가산세 면제에 관한 예비적주장은 나아가 살펴보지 아니한다).』

나. 제1심 판결서 이유 21쪽 밑에서 6~8줄의 ( ) 부분을 아래와 같이 고친다.

『(피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액의 범위 안에서 각 사업연도의 과세표준 계산에서 이를 공제할 수 있는 것인데, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제13호증의 각 기재에 의하면, 원고(이 사건 합병 이전에는 ○○○○○)는 합병으로 승계받은 사업(온라인 여행사업 부문)을 구분기장한 사실을 인정할 수 있고, 원고의 온라인 여행사업 부문에서의 손익상황은 2007 사업연도 영업손실이 x억 x,xxx만 원인 사실은 앞서 본 바와 같다. 그렇다면 2007 사업연도에는 원고가 승계한 피합병법인의 사업부문에서 소득금액이 발생하지 아니하였으므로, 이러한 점에서도 원고의 이 사건 이월결손금에 관한 공제 주장은 이유 없다)』

3. 결론

제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소와 피고의 항소는 모두 이유 없어 기각한다.

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