2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 피고는 2013. 11. 7. ‘기동형 취사장비 연구개발’을 위한 용역계약에 대한 입찰공고를 하였고, ‘산업, 수송기계 제조, 판매 등’을 영위하는 회사인 원고는 위 입찰공고에 응모하여 최저가격을 투찰한 업체로서 낙찰되었다.

나. 원고는 2013. 12. 18. 피고와 "계약금액 1원, 계약기간: 2013. 12. 18.부터 2016. 11. 30.까지“로 정하여 ‘기동형 취사장비 연구개발’을 위한 용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 원고는 2016. 8.경 기동형 취사장비를 개발하였고, 전력지원체계 시험평가를 거쳐 2016. 10. 14. 군사용 적합판정을 받았으며, 2016. 11. 15. 위 장비에 관한 국방규격(표준화)을 제정하였고, 2016. 12. 2. 피고로부터 최종적으로 ‘기동형 취사장비의 정부투자 연구개발 사업이 종결되었음’을 통보받았다.

라. 이후 원고는 ‘기동형 취사장비 연구개발’ 사업의 주관부서인 피고 산하 사업단장에게 위 사업에 관한 연구개발 확인서를 발급해 줄 것을 요청하였는데, 피고 산하 사업단장은 2018. 5. 18. “연구개발 확인서의 발급은 행정처분에 해당하고, 행정처분은 처분 당시의 법령이 적용되어야 하므로, ‘기동형 취사장비 연구개발’에 관하여 국방규격(표준화)이 제정될 당시 시행된 구 국방전력발전업무훈령(2016. 8. 25. 국방부훈령 제1949호로 일부개정된 것입니다)이 적용되는 결과, 위 국방부 훈령 제1949호 제113조의 5 제1항에 따라 ‘정부투자’ 연구개발품목에 관하여는 ‘연구개발 확인서’를 발급할 수 없다.”는 내용으로 원고의 요청을 거부하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 6, 7, 16, 19, 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 당사자들 주장의 요지

가. 원고 주장의 요지

이 사건 용역계약 특수조건 제3조에 의하면 제안요청서가 계약의 일부로서 효력을 가지는데, 제안요청서에 ‘적용규정’으로 적시된「2012. 2. 3. 일부 개정된 국방부국방전력발전업무훈령 제1388호(이하 ’훈령 제1388호‘라고 하고, ’국방전력발전업무훈령‘은 ’훈령‘이라고 약칭한다)」은 이 사건 용역계약의 내용에 편입되었다. 따라서 피고는 훈령 제1388호 제114조의 2에 따라 원고에게 연구개발 확인서 발급절차를 이행할 의무가 있다.

나. 피고 주장의 요지

이 사건 용역계약의 내용으로 훈령 제1388호가 편입되었다고 볼 수 없다. 설령 훈령 제1388호가 이 사건 용역계약의 내용으로 편입되었다고 하더라도 이 사건 용역계약은 정부투자 연구개발 품목이므로, 훈령 제1388호 제114조의 2에 의해서도 연구개발 확인서 발급이 불가능하다.

3. 판단

가. 살피건대 갑 제3, 4, 5, 12, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 25호증, 을 제1, 2, 3호증, 을 제4호증의 1내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실들 내지 사정들에 의하면, 당사자 사이에 훈령 제1388호의 전체 규정 모두, 특히 제114조의 2(연구개발 확인서 발급) 부분을 이 사건 용역계약의 계약내용으로 하기로 한다는 의사의 합치가 있었다고 보기 어렵다.

1) 이 사건 용역계약의 계약특수조건 제3조 제1항 제4호에서 ‘제안요청서’를 계약의 일부로서 효력을 가진다고 규정하고 있고, 제안요청서에서는 ‘3. 적용 규정 및 지침’이라는 항목 하에 훈령 제1388호를 적시하고 있기는 하다.

그러나 한편, 이 사건 용역계약의 계약특수조건 제3조 제3항에서는 ‘본 특수조건 등 본건 사업 관련 제반 계약문서에서 규정되지 아니한 사항은 대한민국과 계약상대자의 서면 합의에 의하여 정한다.’고 정하고 있다. 그런데 계약특수조건에서는 원고에게 ‘계약에 명시된 기동형 취사장비 개발 사업을 수행할 의무’(제6조)를, 피고에게 원고의 사업 수행 단계별 필요한 사항을 조정·통제하며 감독 및 검사를 할 의무(제6조) 및 원고에게 정산완료 후 대금을 지급할 의무(제15조)를 각 규정하고 있을 뿐 피고가 원고에게 연구개발 확인서를 발급해 줄 의무에 대해서는 아무런 규정이 없고, 계약특수조건 제3조 제1항 4호에서 계약의 일부로서 효력을 가진다고 규정하고 있는 ‘제안요청서’에도 명시적으로 ‘피고가 원고에게 연구개발 확인서를 발급해 줄 의무가 있다.’고 적시하고 있거나 훈령 제1388호의 제114조의 2가 적용된다는 내용도 없으며, 원고와 피고 사이에 연구개발 확인서 발급과 관련한 별도의 서면 합의를 하였다고 볼 자료도 없다.

나아가 훈령 제1388호 제114조의 2는 ‘① 연구개발기관은 개발품목이 군사용 적합판정을 받고 규격이 제·개정된 경우에는 지체없이 연구개발 확인서를 발급한다. ② 사업관리기관은 연구개발 확인서를 발급하면 개발업체, 소요군, 방위사업청, 기품원, 국과연에 통보하여야 한다.’고 정하고 있어 계약상대방인 피고에게 의무를 부과할 수 있도록 한 규정인 점, 제안요청서는 ‘구매대상의 시험평가 또는 연구개발을 위한 주관기관 선정을 위하여 관련업체의 기술자료, 공급(연구개발)계획, 일정 등의 제안을 요구하는 문서’(훈령 제1388호 별표 1 ‘용어의 정의’ 196번 참고)일 뿐이므로 국가계약 당사자의 권리의무를 직접 규율하는 내용은 제안요청서에 기재할 사항이 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 용역계약의 내용에 연구개발 확인서 발급의무를 명시하지 아니한 채 계약의 일부로서 효력을 가지는 제안요청서에서 보충적으로 적용법규로 훈령 제1388호가 적시되어 있다는 점만으로 곧바로 원고와 피고 사이에 훈령 제1388호를 이 사건 용역계약의 내용으로 편입시키기로 합의하였다고 보기 어렵다.

2) 원고는 훈령 제1388호가 이 사건 용역계약의 내용으로 편입되었기 때문에 이 사건 용역계약 체결 이후 ‘체계개발, 시험평가, 군사용 적합심의, 규격화·목록화’에 이르기까지 ‘기동형 취사장비 연구개발’사업에 관한 모든 절차가 훈령 제1388조에 따라 진행된 것인데, 마지막 절차라고 할 수 있는 ‘연구개발 확인서 발급’만 훈령이 개정되었다는 이유로 적용되지 않는 것은 부당하다고 주장한다.

그러나 ① 이 사건 용역계약 계약특수조건 제8조에서는 체계개발 및 사업승인과 관련한 절차가 규정되어 있고, 제11조에서는 ‘국방전력발전업무훈령 제112조에 의거 개발 및 운용시험평가를 실시한다.’고 규정되어 있으며, 제12조에서는 검수 및 납품과 관련된 사항이 규정되어 있는 등 이 사건 용역계약 체결 이후 진행된 위와 같은 절차에 대해 계약특수조건으로 정하고 있는 점, ② 위와 같은 절차 진행이 훈령 제1388호만의 특수한 형태의 절차라고 보기도 어려운 점, ③ 이 사건 용역계약이 진행되는 과정에서 피고가 원고에게 보낸 공문을 보면, 관련 근거로 훈령 제1388호가 아닌 훈령 제1664호(갑 제12호증), 훈령 제1707호(갑 제13, 14, 15, 17, 20호증), 훈령 제1825호(갑 제18, 19호증), 훈령 제1896호(갑 제4호증) 등 개정된 훈령을 적시하기도 한 점, ④ 훈령 제1664호에서는 ‘업체투자연구개발품목’에 한하여 연구개발 확인서를 발급하는 것으로 개정되었고, 훈령 1707호에서는 ‘업체투자연구개발품목과 정부업체공동투자연구개발품목’에 대하여만 연구개발 확인서를 발급하는 것으로 개정되었는데, 피고가 이 사건 용역계약의 절차 진행 중 훈령 제1388호가 아닌 위 개정된 훈령을 관련 근거로 적시하였음에도 이에 대해 원고가 이의를 제기하거나 훈령 제1388호 제114조의 2에 따른 연구개발 확인서가 발급되는지 문의를 하였다고 볼 만한 정황도 전혀 없는 점 등에 비추어 보면, 훈령 제1388조가 이 사건 용역계약의 내용으로 편입되어 그에 따라 절차가 진행된 것이라고 단정하기도 어렵다.

3) 원고는 이 사건 용역계약에 관한 입찰공고에 참가한 업체들은 제안요청서의 내용을 신뢰하여 ‘연구개발 확인서 발급’이 보장된다고 믿었으며, 원고가 ‘1원’에 이 사건 용역계약을 체결한 것은 위와 같은 신뢰 때문이었는데, 사후적으로 훈령이 개정되었다는 이유만으로 연구개발 확인서 발급절차 이행할 수 없다고 하는 것은 부당하다고도 주장한다.

그러나 ① 원고 이외에 이 사건 용역계약에 관한 입찰에 참가한 업체인 주식회사 오텍은 460,450,000원으로 투찰하였는바, 원고가 연구개발 확인서가 발급될 것이라고 판단하여 ‘1원’에 입찰한 것이 오히려 이례적이라고 보이는 점, ② 제안요청서 ‘7. 참고사항 나. 행정 및 기타사항’ 항목 제7항에서는 ‘사업관리기관은 제안요청서에 제공하는 정보에 대한 정확성을 기하였으나, 각 제안업체는 사업관리기관에서 제공한 정보에 대하여 그 정확성을 스스로 확인하여야 한다.’고 규정하고 있고, 제8항에서는 ‘사업관리기관에 공식적으로 제시한 문서 내용에 대한 해석 권리는 사업기관에 있다.’고 정하고 있는바, 연구개발 확인서가 발급될지 여부가 이 사건 용역계약에 관한 입찰에 참가할지 여부를 결정하는 중요한 판단기준이 되었다면, 적어도 피고에게 그와 관련된 내용을 확인하였을 것으로 보이는데, 원고가 이 사건 용역계약을 체결하기 전에 피고에게 연구개발 확인서 발급과 관련한 확인을 한 것으로 볼 수 있는 자료도 전혀 없는 점, ③ 더구나 피고가 전력지원체계(비무기체계)에서 업체투자연구개발 방식이 아닌 정부투자연구개발 방식으로 전환한 것은 2012. 12.경부터인데, 이 사건 용역계약 체결 당시 정부투자연구개발 방식으로 계약을 체결하더라도 훈령 제1388조에 따라 연구개발 확인서를 발급하여 준다는 업계의 관행이 형성되어 있었다고 볼 자료도 없고, 실제로 훈령 제1388호가 개정되기 전에 정부투자연구개발 방식으로 체결된 5개의 계약(을 제4호증의 1 내지 4 참고)에서 피고가 연구개발 확인서를 발급해 준 사례도 없는 것으로 보이며, 훈령 제1388호가 개정되기 전 정부투자연구개발 방식으로 계약을 체결한 업체들 중 원고를 제외한 나머지 업체들이 피고에게 연구개발 확인서를 발급해 줄 것을 요청하였다고 볼 자료도 없는 점 등에 의하면, 이 사건 용역계약 체결 당시 피고가 원고에게 연구개발 확인서를 발급하여 주기로 하는 내용의 묵시적 합의가 존재하였다고 보기도 어려운 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고의 신뢰를 보호해 줄 가치가 있고 이 사건 용역계약을 비용부담에 따른 분류에 의하면 실질적으로는 업체투자연구개발에 해당한다고 봐서 훈령 제1949호 제113조의 5에 따라 연구개발 확인서 발급 처분을 해야 하는지 여부는 별론으로 하더라도, 훈령 제1388호가 이 사건 용역계약의 내용으로 편입되었기 때문에 피고가 계약상의 채무로서 훈령 제1388호 제114조의 2에 따라 연구개발 확인서를 발급해 주어야 한다고 보기는 어렵다.

나. 따라서 훈령 제1388호가 이 사건 용역계약의 내용으로 편입되었음을 전제로 하는 원고의 청구는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.