가. 원고는 2008. 1.경부터 고양시 일산동구 식사동 334 일원의 고양식사 도시개발사업구역 중 A3블럭, A4블럭, A5블럭 및 E4블럭에서 아파트 및 상가(이하 ‘이 사건 아파트 등’이라 한다)를 신축분양하는 사업의 시행자이다.

나. 원고는 이 사건 아파트 등 신축분양에 관하여 작업진행률과 분양률을 기준으로 수입금액을 산정하여 2009 사업연도 법인세를 신고납부하였다.

다. 이 사건 아파트 등의 수분양자들 중 일부가 잔금을 납부하지 않은데다가 벽산건설(주)의 부도로 인하여 2011년경에는 635세대(17.47%)가, 2012년경에는 합계 231세대(6.06%)가, 2013년경에는 합계 426세대(11.80%)가 해당 분양계약을 해제하였다. 라.

원고는 이러한 분양계약의 해제는 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호의 경정청구 사유에 해당된다고 보아 2013. 3. 29. 피고에게 2009 사업연도 법인세 4,179,105,019원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

마. 피고는 예약매출에 대한 분양수입금액을 작업진행률에 의하여 신고납부한 이후 분양계약 해약분이 발생된 경우 분양계약일이 속하는 사업연도의 분양률을 재산정하여 분양수입금액과 원가를 경정할 수 없다는 이유로 2013. 5. 8. 원고에게 경정청구 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

바. 이에 불복하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2015. 1. 12. “이 사건 아파트 등에 대한 분양계약 중 2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 전까지 해제된 분양계약에 대하여는 당초부터 분양계약이 없었던 것으로 하여 2009 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다”는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증 가지번호 있는 것은...

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