D의 물적분할 등 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다)은 1977년경 설립되어 유도물 제조ㆍ판매업, 기초화합물ㆍ화공약품 판매업 등을 영위하다가 2008. 12. 19. 이사회결의를 거쳐 창고 및 복합운송부분을 물적으로 분할하여 피고(당시 상호는 ‘주식회사 E’였다가 2009. 12. 21. 현재 상호로 변경됨)를 설립하였다.

D과 피고 주식은 모두 F와 그 가족이 소유하고 있다

D 및 피고 주식을 F가 45.88%, F의 처 H이 25.91%, 아들 I이 8.05%, 아들 J가 7.11 %, 딸 K가 7.0%, 조카 B이 2.75%, 형수 L이 3.30% 각 보유하고 있다. .

D은 2008. 12. 24. 피고에게 회사분할을 원인으로 하여 평택시 G 잡종지 6158.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

이 사건 토지에는 액체저장용 탱크 2기가 설치되어 있는데, 위 탱크에는 항구에 접안한 배에서 저장탱크로 액체를 운송하는 지하배관이 연결되어 있고, 탱크로리차량에 액체를 적재할 수 있는 시설이 장착되어 있다

(이하 위 탱크 2기, 지하배관, 적재시설을 통틀어 ‘이 사건 저장탱크’라고 한다). D은 피고를 물적분할한 이후에도 이 사건 저장탱크를 유형자산에 계상하였고, 이를 기초로 법인세 손금에 해당하는 유형자산감가상각비를 계산하였다.

피고와 D 사이 임대차계약서 작성 등 피고와 D 사이에 2008. 12. 20.자로 다음과 같은 액체화물 저장탱크 사용계약서가 작성되어 있다

(을 제1호증, 피고 상호가 현재 상호로 기재되어 있음, 이하 ‘제1임대차계약서’라고 한다). 제2조 (용어의 정의) 본계약에서 사용되는 용어는 다음 각호의 의미를 가진다.

(1) ‘제품’이라 함은 액체화물인 가성소다를 말한다.

(2) ‘탱크’라 함은 평택시 M 지상 부지 내에 있는 피고 소유의 액체화물 저장탱크로서 6...