상고비용은 피고가 부담한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제4항은 "내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항・제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9 제2항 및 제121조의17 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다"고 규정하고 있다.

나. 원심은 제1심 판결 이유를 인용하여, ① 원고가 2005년부터 2006년까지 수도권과밀억제권역에 있는 AA공장을 수도권 밖에 있는 BB OO읍 및 CC OO군으로 이전한 사실(이와 같이 이전한 AA공장을 이하 '지방이전공장'이라고 한다), ② 원고는 2005 내지 2010 사업연도 각 법인세 신고시 지방이전공장에 대하여 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에서 정한 세액감면을 적용함과 동시에 나머지 사업장에 대하여는 구 조세특례제한법 제11조, 제24조, 제25조의3, 제26조, 제104조의 14, 15 등에서 정한 투자세액공제를 적용하여 법인세를 신고한 사실, ③ 피고는 원고가 중복지원 배제에 관하여 규정한 구 조세특례제한법 제127조 제4항에 위반하여 세액감면과 투자세액공제를 동시에 적용함으로써 투자세액공제액만큼 과다공제를 받았다는 이유로 2012. 5. 16. 원고에게 2007 내지 2010 사업연도 각 법인세(2007, 2008 사업연도는 가산세 포함)를 부과하는 처분을 한 사실, ④ 이후 감사원 심사청구절차에서 원고의 청구를 일부 인용하는 결정이 이루어짐에 따라 피고가 2013. 6. 13. 위 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 가산세를 감액경정한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, ① 구 조세특례제한법 제127조 제2항, 제3항, 제5항, 제6항의 각 규정은 조세혜택의 중복지원 여부를 내국인이나 거주자가 아닌 투자자산이나 사업장 등을 기준으로 판단하도록 정하고 있는 점, ② 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제127조 제4항은 '제6조 등의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조 등의 규정은 적용하지 아니한다'라고만 되어 있다가, 위 개정 이후 '내국인이 동일한 과세연도에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다'고 규정되었으나, 이는 납세의무자에게 선택권을 부여하기 위한 것일 뿐 '내국인'을 기준으로 중복지원 여부를 판단하도록 한 것으로 볼 수 없는 점, ③ 구 조세특례제한법이 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되면서 제127조 제10항에서 "제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다"는 규정을 신설한 것은 사업장별로 구분경리하여 세액감면과 세액공제를 달리 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 않는다는 기존 유권해석을 확인하는 규정인 점, ④구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호에서 정한 세액감면은 납세의무자의 전체소득이 아니라 지방이전공장에서 발생하는 소득만을 대상으로 한 것이므로, 구분경리한 다른 사업에 관한 법인세에서 그 사업에 대한 투자액 중 일정 금액을 세액공제받는 것은 중복지원이라고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 지방이전공장에 대하여 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에서 정한 세액감면을 받음과 동시에 나머지 사업장에 대하여는 구 조세특례제한법 제11조, 제24조, 제25조의3, 제26조, 제104조의 14, 15 등에서 정한 투자세액공제를 받는 것은 구 조세특례제한법 제127조 제4항에서 정한 중복지원 배제대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.

다. 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 조세특례제한법 제127조 제4항의 해석에관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

원심판결 이유를 관련 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 이유로 원고가 세액감면대상인 지방이전공장과 투자세액공제대상인 나머지 사업을 구분하여 경리하였다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 논리와 경험의 법칙에 반하여 사실을 인정하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.