조세특례제한법 제105조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 배합사료 가공ㆍ판매업 등을 영위하는 회사로서, 1984. 6. 30. 양산시 교동 00 소재 사료 제조 공장인 양산공장을, 2002. 6. 12. 양산시 상북면 외석리 00-0 소재 계란 산란장인 청림1농장을 각 개업하여 해당 사업을 영위한 사업자이다.

나. 원고는 양산공장에 관한 2004년 2기분 부가가치세 신고시 양산공장에서 생산하여 청림1농장에 공급한 가액 228,323,600원 상당의 사료(이하 '계쟁사료'라 한다)를 농민에게 공급한 것으로 보아 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제105조 제1항 제5호에 따라 영(0)의 세율을 적용하여 신고하였다.

다. 그런데 서울지방국세청은 2009. 10.경 원고에 대하여 실시한 세무조사에서, 계쟁 사료를 공급받은 청림1농장은 농민이 아니어서 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호의 영의 세율이 적용되지 않는다고 보아 피고에게 과세자료를 송부하였고, 그에 따라 피고는 2010. 1. 19. 원고에 대하여 2004년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 39,796,520 원을 경정ㆍ고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 17호증, 을 1호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 자가공급한 재화가 면세사업에 사용, 소비된 경우를, 부가가치세 부과대상인 재화의 공급으로 보는 자가공급의 하나로 규정한 구 부가가치세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20626호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고만 한다) 제15조 제1항 제1호는 그 근거법령인 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법'이라고만 한다) 제6조 제2항의 포괄위임에 터잡은 것인데 위 조항은 포괄위임금지원칙, 실질적 법치주의 및 실질적 조세법률주의, 자유주의경제질서를 위반하여 위헌무효이다. 그런데 계쟁사료는 양산공장 부설 영남사료기술연구소의 사료연구개발을 위한 실험ㆍ연구용으로 사용되었으므로 부가가치세법 기본통칙 6-15-1 제2호가 정하는, '자기 사업상의 기술개발을 위하여 시험용으로 사용, 소비한' 자가공급으로서 부가가치세법 부과대상인 재화의 공급에 해당하지 않는다(청림1농장이 독립한 사업장이 아님을 전제로 하는 주장취지이다).

(2) 그렇지 않고 청림1농장이 독립한 사업장이라 하더라도, 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2009. 2. 4. 대통령령 제21306호로 개정된 것) 제2조가 정하는 농민이거나 위 규정에서 농민으로 보는 사립학교의 축산실습농장에 준하므로, 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호에 의하여 영의 세율이 적용되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 자가공급인지 여부

갑 3 내지 17호증의 기재와 증인 조AA의 증언에 의하면, 원고가 양산공장 내에 영남사료기술연구소를 두고 사료의 연구개발을 진행하여 온 사실, 산란계 사료의 연구개발을 위하여 다수의 실험용 산란계를 사육할 필요가 있었고 농림수산식품부 고시인 사료공장 위해요소중점관리기준에서는 사료공장 내에 동물의 사육이나 서식을 금지하고 있으므로 양산공장 외부에 별도의 산란계 사육장을 두고 실험용 사료를 공급하여 산란계 사료의 연구개발을 진행할 필요성이 있었던 사정은 인정된다. 그러나 한편, 청림1농장은 양산공장과 별개로 사업자등록이 된 독립사업장으로서 연매출액이 2004년 401,981,342원, 2005년 686,870,360원, 2006년 585,481,643원, 2007년 806,448,650 원에 달한 사실은 다툼이 없거나 을 2, 3호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 바, 위와 같은 청림1농장의 독립성과 사업규모를 참작할 때 청림1농장은 독립한 사업장이고, 청림1농장에서의 계쟁사료의 사용, 소비는 부가가치세법 제6조 제1항 이 정하는 재화의 공급에 해당할 뿐 제6조 제2항에 따라 재화의 공급으로 의제되는 자가공급이라고 할 수 없으며(원고 또한 처음부터 별개 사업장에 대한 재화의 공급임을 전제로 거래하고 부가가치세 신고를 한 것이다), 앞서 본 바와 같은 청림1농장의 설립 목적이나 실험ㆍ연구의 필요성 등 사정만으로는 위 인정에 장애가 되지 않는다.

따라서 자가공급임을 전제로 재화의 공급으로 의제되는 대상인지 여부를 따지는 원고의 위 가.(1)항 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다(나아가, 재화의 공급으로 간주 하는 자가공급의 범위를 대통령령에 위임한 부가가치세법 제6조 제2항의 경우, 위 조항을 비롯한 부가가치세 관련법령의 입법취지와 해당 조항들을 유기적, 체계적으로 파악할 때 그 위임 내용의 대강을 충분히 예측할 수 있다고 보이므로 헌법상 포괄위임금지원칙, 실질적 법치주의 및 실질적 조세법률주의, 자유주의경제질서에 위반된다고 볼 수 없으며, 청림1농장의 계란 생산, 판매는 면세사업에 해당함은 다툼이 없거나 을 2호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다. 그렇다면 설령 원고의 주장대로 계쟁사료의 사용, 소비를 동일한 사업장 내의 재화의 이동 즉 자가공급으로 보더라도, 이는 부가가치세법 제6조 제2항, 시행령 제15조 제1호에 의하여 재화의 공급으로 간주되는 자가공급이 되므로 결론에 있어 다름이 없다).

(2) 영의 세율의 적용 여부

조세특례제한법 제105조 제1항 제5호, 구 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2005. 2. 19. 대통령령 제18709호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항에 의하면, 위 특례규정 제2조 제1항 각호 에 규정된 농민에게 공급하는 축산업용 사료의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 영 의 세율을 적용한다.

그런데 원고가 위 특례규정 제2조 제1항 각호에 규정된 농민에 해당된다고 인정할 아무런 자료가 없으며, 한편 원고 주장과 같이 계쟁사료의 공급을 학교법인의 축산 실습농장에 사료를 공급하는 것과 그 목적, 기능상 같은 것으로 볼 아무런 증거가 없을 뿐만 아니라 나아가 이를 전제로 농민인 학교법인에 원고와 같은 사업자가 포함된 다거나 포함되는 것으로 유추적용할 아무런 근거가 없다(뿐만 아니라 학교법인의 축산 실습농장에 사료를 공급하는 것에 대하여 영의 세율을 적용하는 규정은 2009. 2. 4. 위 특례규정의 개정으로 신설되었고 위 개정 특례규정의 부칙 제1조, 제2조 제1항에 의하면 위 개정 특례규정은 2009. 2. 4. 후 재화를 공급하는 분부터 적용하므로 계쟁사료의 공급에 대하여는 시기적으로 보아 위 개정 특례규정이 적용될 여지도 없다).

따라서 영의 세율을 적용하여야 한다는 위 가.(2)항 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분은 적법하고 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.