가. 원고는 2004. 8. 12. 특수관계자인 주식회사 에어미디어(이하 ‘에어미디어’) 고려아연 주식회사(이하 ‘고려아연’)가 원고의 주식 33.3%를 보유하고, 에어미디어의 주식을 58.31%를 보유하여, 에어미디어는 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항 제4호에 의하여 원고의 특수관계자가 된다.

에게 연리 9%로 90억원을 대여하고(이하 ‘이 사건 대여금’이라 한다), 2004 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 이 사건 대여금을 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제4호 나.

목, 같은 시행령 제53조에 의한 업무무관 가지급금으로 계상하였다.

나. 고려아연, 원고와 주식회사 디아이어쏘시에이츠(DI Associates, 이후 ‘주식회사 로지트 인베스트먼트’로 상호가 변경되었음. 이하 ‘DIA'라고만 한다)는 2005. 5.경 DIA가 고려아연이 보유한 에어미디어 주식 및 경영권을 인수하여 에어미디어의 구조조정을 수행하고, 원고의 에어미디어에 대한 이 사건 대여금 채권의 변제에 갈음하여 향후 에어미디어가 발행하는 전환사채를 인수하는 것을 골자로 하는 구조조정계획에 합의하였다.

다. DIA는 위 구조조정계획에 따라 2005. 5. 10. 고려아연으로부터 에어미디어 보통주(액면가 5,000원) 1,072,686주(약 49.99%임, 이하 ‘쟁점 외 주식’)를 주당 약 280원인 3억원에 매수함에 따라, DIA가 에어미디어의 최대 주주가 되었고, 고려아연은 에어미디어 주식 8.31%만을 보유하게 되었다. 라.

원고는 2005. 7. 4. 이 사건 대여금 90억원에 미수이자를 합한 93억 3,200만원의 변제에 갈음하여 에어미디어가 발행한 주당 전환가액 5,000원, 만기일 2008. 6. 30.로 정하여진 사모...

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