항소비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 처분의 경위

원고가 2000 사업연도에 거래처와 거래한 금액 중 매출과 관련한 3,893,035,390원과 매입과 관련한 10,094,862,371원의 합계 13,987,897,761원에 대하여 법인세법 등 관련법령에 따라 법정기한 내에 관할 세무서장에게 제출하도록 되어 있는 매출매입처별계산서합계표를 그 기한인 2001.1.31 까지 피고에게 제출하지 아니하였음을 이유로 하여, 피고가 구 법인세법(2001.12.31 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제76조 제9항의 규정에 의하여 위 금액의 1/100에 해당하는 금액을 가산세로 결정하여 2001.10.4 원고에게 2000 사업연도 분 법인세 139,878,970원을 부과 고지한 사실(이하 "이 사건 부과처분" 이라 한다)은, 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호 증, 을 제1, 2호 증의 각 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 인정된다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 ○○중앙회로부터 선박용 면세유를 공급받고 교부받은 공급가액 9,979,143,638원의 매입계산서 1장과 ○○중앙회 전자계산소로부터 전산시스템의 유지, 보수용역을 받고 교부받은 공급가액 105,644,613원의 매입계산서 1장(공급가액 합계 10,084,788,251원, 위 각 매입계산서를 이하 "이 사건 매입계산서" 라 한다)에 대하여는, 원고가 2001.1.26 부동산임대업에 대한 2000년 2기분 부가가치세 확정 신고를 하면서 매입처별세금계산서합계표에 같이 기재하여 이를 디스켓에 수록한 후 신고서와 함께 피고의 부가가치세신고서 투입함에 투입하여 제출하였으므로, 이 사건 부과처분중 위 매입처별세금계산서합계표에 기재된 위 공급가액 10,084,788,251원에 대한 가산세 100,847,882원의 부과처분은 위법하다.

(2) 구 법인세법 제76조 제9항 본문의 "그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액" 중 같은 항 제2호의 "제121조 제3항의 규정에 의하여 매출매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한 내에 제출하지 아니하거나" 에 적용되는 부분은 헌법상 과잉금지의 원칙 내지 비례의 원칙에 위배하여 국민의 재산권을 침해하고, 헌법상 평등의 원칙에 위배되므로, 위헌인 위 법률규정에 따른 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

(가) 원고가 이 사건 매입계산서가 포함된 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 디스켓에 수록한 다음 2001.1.26 피고의 부가가치세신고서 투입함에 투입하여 제출하였다는 원고의 주장에 대하여 살피건대, 이에 부합하는 증거로는 갑 제5호 증의 1, 제7호 증의 각 기재와 제1심 및 당심 증인 박○○의 각 증언이 있다.

(나) 그런데, 갑 제2호 증의 2, 3, 제4호 증의 1, 2, 3을 제5호 증의 1 내지 5, 제6호 증, 제7호 증의 1, 2, 3 제8호 증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1998 및 1999 사업연도에는 이 사건 매입계산서의 발행자인 ○○중앙회 및 ○○중앙회 전자계산소로부터 부가가치세가 면제되는 거래에 관하여 교부받은 매입계산서를 법인세법에 따른 매입처별계산서합계표에 기재하여 피고에게 제출하였는데, 2001.1.27 피고에게 법인세법에 따른 2000 연도 분 매입처별계산서합계표를 제출하면서는 이전과 달리 이 사건 매입계산서를 위 매입처별계산서합계표에 함께 기재하여 제출하지 아니한 사실, 원고는 2001.1.26 부가가치세로 103,130원을 납부하였는데, 원고가 같은 날 피고에게 제출하였다고 주장하는 2000년 2기분 부가가치세 확정 신고서(갑 제4호 증의 2)및 그에 첨부된 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서합계표(갑 제4호 증의 3)에 의하면 원고의 부동산임대료로 인한 2000년 2기분 부가가치세의 과세표준은 1,031,375원이고, 위 매입처별세금계산서합계표상 원고의 부동산임대업과 관련된 매입세금계산서의 기재는 없는 사실, 피고가 작성하여 관리하고 있는 2000년도 세금계산서합계표 전산매체접수관리대장(을 제6호 증)에는 원고의 세금계산서합계표와 관련한 전산매체의 제출사항이 기록되어 있지 않고, 원고가 피고로부터 부가가치세 확정 신고가 되어 있지 않다는 사실을 통보받고 부가가치세 확정 신고서를 피고에게 모사 전송한 2001.2.22 이전에는 원고의 2000년 2기분 부가가치세 확정 신고 내역이 피고의 전산망에 입력되어 있지 않았던 사실이 인정된다.

(다) 그렇다면, ① 법인세법에 따른 매입처별계산서합계표와 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서합계표는 신고대상거래 및 신고대상기간, 제출기한을 각 달리하는 것일 뿐만 아니라, 원고가 1998 및 1999 사업연도에는 이 사건 매입계산서와 같은 거래로 교부받은 매입계산서를 법인세법에 따른 매입처별계산서합계표에 기재하여 제출한 바 있으면서도, 유독 2000 사업연도에는 이전과 달리 이 사건 매입계산서를 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서합계표에 같이 기재하여 부가가치세 신고서와 함께 제출하였다고 함은 납득하기 어려운 점, ② 그러면서도 원고는 2000 사업연도에 ○○중앙회나 전자계산소가 아닌 다른 거래처로부터 부가가치세 면세거래에 관하여 교부받은 매입계산서는 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서합계표가 아니라 별도로 작성된 법인세법에 따른 매입처별계산서합계표에 기재하여 피고에게 제출하였는바, 이 사건 매입계산서만을 다른 면세거래로 인하여 교부받은 매입계산서와 달리 취급할 아무런 이유가 없는 점, ③ 원고의 부동산임대로 인한 2000년 2기분 부가가치세 과세표준은 1,031,375원에 불과하고 부동산임대와 관련한 매입세액이 없어 2000년 2기분 부가가치세 확정 신고시에 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출할 필요가 없었음에도 굳이 부가가치세 확정 신고시 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출하면서 그곳에 법인세법에 따른 매입처별계산서합계표에 기재하여야 할 이 사건 매입계산서를 함께 기재하였다고 함은 수긍하기 어려운 점, ④ 피고가 작성, 관리하는 관리대장이나 전산상으로 원고가 주장하는 2000년 2기 부가가치세 확정 신고서 또는 매입처별세금계산서합계표가 피고에게 제출되었음을 인정할 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매입계산서가 포함된 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 디스켓에 수록한 다음 2001.1.26 부가가치세 신고서 투입함에 투입하여 제출하였다는 원고의 주장에 부합하는 위 각 증거는 믿기 어렵고, 갑 제4호 증의 1, 2, 3, 제 6호 증의 1, 2, 제8호 증, 제9호 증의 1, 2의 각 기재만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(라) 따라서, 원고가 매입처별계산서합계표를 그 제출기한 내인 2001.1.31까지 제출하지 아니하였음을 이유로 한 이 사건 부과처분은 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

구 법인세법 제76조 제9항 본문의 "그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액" 중 같은 항 제2호의 "제121조 제3항의 규정에 의하여 매출매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한 내에 제출하지 아니하거나" 에 적용되는 부분이 납세자의 재산권을 침해하거나 헌법상 평등의 원칙에 위배되어 헌법에 위반된다고 할 수 없으므로(헌법재판소 2006.7.27일자 2004헌가13 결정 참조), 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인 바, 제1심 판결은 이와 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.